در جولاى ۱۹۹۴ رونالدو زامورا رهبر اکثريت مجلس نمايندگان از حزب لاکاس به ائتلاف ملى مردم پيوست. چند روز بعد او و ۱۹ عضو ائتلاف ملى مردم از ائتلاف حاکم استعفاء نمودند. با اين وجود، حزب لاکاس با حزب LDP ائتلاف نمودند که حزب لاکاس - لابان ناميده مى‌‌شد. اتحاد حاکم که همچنين از حزب ناسيوناليست، حزب ليبرال و لاکاس - لابان تشکيل شده بود، ۱۵۸ کرسى از ۲۱۵ کرسى مجلس نمايندگان و ۱۹ کرسى از ۲۳ کرسى سنا را به‌‌دست آورد.


در اکتبر ۱۹۹۴ مذاکرات بين حکومت و جبهه دمکراتيک ملى در هلند ادامه يافت امّا به‌خاطر عدم توافق در مورد اصرار جبهه دمکراتيک ملى در اعطاء امنيت به مذاکره‌کنندگان حکومت براى گفتگوهاى بيشتر که قرار بود در مناطقى از فيليپين که ادعا مى‌شد توسط جبهه دمکراتيک ملى کنترل مى ‌گردد، شکست خورد. در مى ۱۹۹۵ بحث‌هائى که براى ماه ژوئن برنامه‌ريزى شده بود به‌وسيلهٔ دستگيرى سترو لياماس، عضو رهبرى جبهه دمکراتيک ملي، مورد تهديد قرار گرفت. با پيروى حکومت از تقاضاى جبهه دمکراتيک ملى براى آزادى لياماس گفتگوهاى صلح در ماه ژوئن در بلژيک آغاز گرديد. حکومت متعاقباً اعلام کرد که عبور ايمن همهٔ اعضاءِ گروه جبهه دمکراتيک ملى جهت مذاکرات آينده در فيليپين را تضمين مى‌نمايد امّا براى شرکت در جلسات خارج معتبر نخواهد بود. جبهه دمکراتيک ملى شرايط جديد را نپذيرفت و سيزون اعلام کرد که مذاکرات صلح تا پايان مدت رياست‌جمهورى راموس در سال ۱۹۹۸ به‌تأخير مى‌افتد.


در دسامبر ۱۹۹۴، برخوردهائى بين نيروهاى حکومتى و جبههٔ آزاديبخش اسلامى مورو در کوتاباتوي شمالى به‌وقوع پيوست. جبههٔ اسلامى مورو توسط آتش‌بس حکومت تحت پوشش قرار گرفته بود امّا حزب شرکت‌کننده در مذاکرات صلح نبود و به شکل گسترده‌اى مظنون بود، با جمع‌آورى سلاح و استخدام نظاميان جوان که از پيروى جبههٔ آزاديبخش ملى مورو ناراضى هستند، از مذاکرات بين جبههٔ ملى آزاديبخش مورو و حکومت امتياز کسب کرده است. مذاکرات بين حکومت و جبههٔ ملى آزاديبخش مورو در ميندانائو در ژانويه ۱۹۹۵ ادامه يافت و در پايان اعلام شد که حکومت با ايجاد حکومت موقتى جبههٔ آزاديبخش ملى مورو در ميندانائو به‌شرط تائيد کنگره و برگزارى رفراندوم موافقت کرده است. در آوريل حمله‌اى به‌وسيلهٔ ۲۰۰ شبه نظامى در شهر بزرگ مسيحى‌نشين آيپيل در ميندانائو صورت گرفت که بيش از ۵۰ غيرنظامى قتل‌عام شدند و حمله مزبور به ابوسياف نسبت داده شد. اعضاء گروه جداشدهٔ جبههٔ ملى آزاديبخش فيليپين، شوراى فرماندهى اسلامي، متهم شد که در حمله به آيپيل شرکت داشته است که تلاشى براى کارشکنى در مذاکرات صلح اعلام شد. به‌هر حال راموس قول داد تا مذاکرات با جبههٔ ملى مورو را ادامه دهد.


در ۸ مى ۱۹۹۵ انتخابات براى رقابت بر سر ۱۲ کرسى از ۲۴ کرسى سنا و ۲۰۴ کرسى انتخابى در مجلس نمايندگان، و همچنين ۷۶ سمت فرماندارى ايالتى و بيش از ۱۷۰۰۰ پست حکومتى محلى برگزار شد. در ميندانائو خشونت‌هاى گسترده باعث شد که انتخابات تا ۲۷ مى به تعويق افتد. در مدت مبارزه راموس اعلام کرد که انتخابات بايد به‌عنوان رفراندوم دربارهٔ مدت سه سالهٔ کار او برگزار شود و تأکيد کرد که کابينه او به‌سمت آزادسازى اقتصادى جلو خواهد رفت. جزب لاکاس يک اتحاد انتخاباتى با يک حزب ميانه‌رو اسلامى براى انتخابات مجلس نمايندگان در ميندانائو تشکيل داد تا حمايت فراگير ملى را کسب نمايد. احزاب مخالف که توسط سايرر احزاب حمايت مى‌شدند بر ناکامى دولت در جلوگيرى از اعدام يک خدمتکار محلى فيليپينى در سنگاپور ، که متهم به دو قتل بود و حملهٔ جدائى‌طلبان مسلمان به آيپيل، تبليغات خود را بر ناتوانى آشکار حکومت در حمايت از منابع ملى در داخل و خارج تمرکز کردند.


به‌دليل روند شمارش قديمى آراء و لزوم ارزيابى تقلب مخالفين در انتخابات جدول‌بندى آراء انتخابات بسيار کند بود. گرچه تناقضات آشکارى در طرفدارى از کانديداهاى حامى راموس به‌وسيلهٔ کميتهٔ انتخاباتى کشف شد، ولى اعلام گرديد که انتخابات به‌ شيوهٔ آزاد و عادلانه هدايت شده است. در نتيجه ائتلاف حاکم اکثريت غالب (۷۰ درصد) از کرسى‌هائى مجلس نمايندگان و لاکاس - لابان، ۹ کرسى از ۱۲ کرسى سنا را به‌خود اختصاص دادند.


در دسامبر ۱۹۹۵ رافائل آلوانان مجبور شد تا از مقام خودش به‌عنوان وزير کشور و حکومت محلى به‌دليل تداوم سطح بالاى فساد و بى‌کفايتى استعفاء دهد. جانشين او رابرت باربز - که در آوريل ۱۹۹۶ منصوب شد قبلاً از اعضاء پليس مانيل و اداره کل بازرسى ملى بود که قصد داشت سلطهٔ فارغ‌التحصيلان آکادمى نظامى فيليپين را در ساختار حکومتى کاهش دهد.


در ژانويه ۱۹۹۶ عقب‌نشينى LDP از اتحاد با حزب لاکاس، راموس را با اقليت در سنا تنها گذاشت که پايه‌هاى برنامهٔ اصلاحات او را تهديد مى‌کرد اما هنوز اکثريت واقعى در مجلس نمايندگان با او بود. کابينهٔ راموس به‌شکل فزاينده‌اى محبوبيت خود را در نتيجهٔ افزايش جرم و جنايت، کمبود غلات (به‌دليل ضعف مديريت) و تورم روبه رشد از دست داد علاوه بر اين، قانون جديد مالياتى سرانجام در ژانويه به اجرا در آمد و در ماه فوريه افزايش قيمت نفت رسماً اعلام گرديد. آنگارا رئيس LDP ادعا کرد که اين حزب هيچ امتيازى در مقابل کمک به کابينه براى تصويب قانون جديد ماليات دريافت نکرده است.


در سال ۱۹۹۵ مذاکرات رسمى صلح بين حکومت و جبهه ملى آزاديبخش مورو در جاکارتا با توجه به پيشنهاد ايجاد منطقهٔ خودمختار وسيع در ميندانائو ادامه يافت در ماه آگوست ميسوارى موافقت نمود تا براى اولين‌بار رفراندوم (چنان‌که در قانون تصريح شده است) قبل از ايجاد منطقهٔ خودمختار انجام شود اما براى تضمين اين‌که رفراندوم عادلانه برگزار گردد، ايجاد سريع حکومت موقتى جبهه آزاديبخش مورو را خواستار شد.


در آوريل ۱۹۹۶ دو انفجار بمب در شهر زامبوانگا به‌شکل وسيعى به ابوسياف و ديگر گروه‌هاى مخالف مذاکرات صلح نسبت داده شد. در ماه ژوئن اعلام شد که جبهه آزاديبخش مورو و حکومت سرانجام به توافق در مورد پيشنهاد راموس جهت ايجاد يک شوراى اجرائى انتقالى به‌عنوان شوراى فيليپين جنوبى براى صلح و توسعه دست يافته‌اند که قدرت را از اختيار رئيس‌جمهور خارج مى‌کرد. ۵ عضو شوراى مذکور که به‌وسيلهٔ ميسوارى سرپرستى مى‌شد هماهنگى حفظ صلح و تلاش‌هاى توسعه در ۱۴ ايالت از ۱۰ شهر در ميندانائو را با کمک ۸۱ عضو مجمع مشورتى و شوراى مشورتى مذهبى به‌عهده داشتند. پس از مدت ۳ سال، يک رفراندوم در هر ايالت و شهر براى تعيين اين‌که آيا به منطقهٔ خودمختار ميندانائو ملحق خواهد شد يا نه برگزار خواهد شد.