در آگوست ۱۹۹۳ چند سازمان دموکراتيک ملى به‌دنبال شکاف حزبى فرو پاشيدند که در ميان آن‌‌ها اتحاديه تجار مستقل، کيلوسانگ مابوبوکيد فيليپين (جنبش ملى زارعان)، اتحاديهٔ دانشجويان فيليپينى و سازمان سياسى باگنگ اليانسانگ ماکابايان - اتحاد ناسيوناليست جديد قرار داشتند. در مارس ۱۹۹۴ اعضاء پيشين کيلوسانگ مابوبوکيد و ديگر فدراسيون‌هاى مستقل، يک سازمان کارگرى و کنفدراسيون ملى کار را تشکيل دادند.


در آوريل ۱۹۹۳ به‌دنبال تجديد نظر گسترده در پليس ملى فيليپين که در آن فساد زيادى در حال گسترش بود، راموس دستور داد صدها پرسنل شامل ۶۳ نفر از ۱۹۴ افسر ارشد اخراج شوند. ضرب‌الاجل سپتامبر براى انحلال پليس شخصى متعاقباً تا پايان نوامبر تمديد شد امّا تا ان تاريخ نيز پيشرفت چندانى حاصل نشد.


در جولاى ۱۹۹۳ راموس اجازه داد تا جسد فرديناند مارکوس براى تشئيع جنازهٔ شخصى در استان مادرى او بدون هيچ‌گونه تشريفات نظامى از هاوائى به فيليپين آورده شود. تشييع حنازه که در سپتامبر انجام شد فقط توسط تعداد کمى از هزاران حاميان او برگزار شد. ماه بعد ايملدا مارکوس به فساد متهم شد و به ۱۸ سال زندان محکوم گرديد.


در اکتبر ۱۹۹۳، چهار رهبر کمونيست متشکل از رامولو کينتانار و آرتورو تابارا، دبيرکل فرماندهى مرکزى فيليپينى ارتش جديد مردم از حزب کمونيست اخراج شد و ارتش جديد مردم از شناسائى صلاحيت سيزون امتناع کرد. در دسامبر ۱۹۹۳ سيزون پيشنهاد حکومت در مورد تمديد اعتبار برگهٔ سفر به‌مدت ۶ ماه که در ماه فوريه مطرح شده بود را پذيرفت که او را قادر ساخت تا در مذاکرات پيشنهادى در ويتنام شرکت کند.


در فوريه ۱۹۹۴ شورشيان نظامى اعلام کردند که مذاکرات صلح بين حکومت و آنها منوط به آزادى ۶ زندانى نظامى ادامه مى‌يابد. در ماه‌هاى بعدى راموس براى همهٔ شورشيان و اعضاء نيروهاى امنيتى که توسط نيروهاى دولتى در خلال عمليات‌هاى ضد شورشى دستگير شده بودند، عفو عمومى صادر کرد.


در ژانويه ۱۹۹۴ قيمت نفت به‌دنبال تحميل ماليات توسط راموس در سپتامبر ۱۹۹۳ که عمدتاً به‌دليل ثبات بودجه قيمت نفت به‌وجود آمد، افزايش يافت. گروهى از سازمان‌هاى سوسياليست خودمختار به رهبرى عناصرى از حزب کمونيست، که فيليپين چپ ناميده مى‌شدند، مبارزهٔ عمومى را در اعتراض به افزايش قيمت‌ها به راه انداختند که اولين بحران دوران راموس را به‌وجود آوردند. اتحاديهٔ تجارى کنگرهٔ فيليپين تهديد به اعتصاب عمومى کرد و الکس بنکايو که هنوز فعال بود سه شرکت بزرگ نفتى در کشور را با بمب مورد حمله قرار داد. در پايان فوريه ماليات‌ها لغو گرديد و کميته‌اى براى تحقيق در شيوهٔ جايگزين عوارض دولتى به‌وجود آمد.


اولين مذاکرات رسمى بين حکومت و جبههٔ آزاديبخش ملى مورو در اکتبر ۱۹۹۳ در جاکارتا صورت گرفت، چيزى که به‌موجب موافقت‌نامهٔ تريپولى پيش‌بينى شده بود. در ماه نوامبر دو طرف تفاهم‌نامه‌اى را امضاء نمودند و با آتش‌‌بس موقت موافقت کردند. در واکنش به روند مذاکرات، خشونت‌هاى بيشترى در جنوب به‌وقوع پيوست، از جمله حمله به کليساى بزرگ کاتوليک رومى در شهر داوائو که به‌دنبال آن حملات تلافى‌جويانه به سه مسجد توسط مسيحيان افراطى انجام شد. در ژانويه ۱۹۹۴ مدت آتش‌بس مورد موافقت قرار گرفت مشروط به‌ اين‌که حکومت و نيروهاى شورشى در جاى خود باقى بمانند و از اعمال تحريک‌آميز خوددارى کنند.


در ژانويه ۱۹۹۴ دونشيا براى اصلاح قانون اساسى و ايجاد نظام تک پارلماني، شروع به فعاليت نمود. وى معتقد بود توسعهٔ کشور به‌دليل سيستم سياسى فعلى به تأخير افتاده است. ابتدا موضوع در مجلس نمايندگان در مى ۱۹۹۳ به‌واسطهٔ مانع قانونى سنا توسط گروه‌هاى مخالف مورد بحث قرار گرفت. بسيارى از سناتورها پيشنهاهائى را ارائه مى‌کردند که برخى آن‌را تلاشى براى گسترش رهبرى راموس تفسير مى‌کردند. با توجه به اين‌که از نظر قانون‌اساسى رئيس‌جمهور براى يک دوره انتخاب مى‌شد و دورهٔ حکومت راموس در سال ۱۹۹۸ پايان مى‌يافت، ظن عمومى بر اين بود که راموس به‌موجب سيستم پيشنهادى جديد نخست وزير مى‌شود.


در فوريه ۱۹۹۴ دادگاه فدرال هاوائى ۱۲۰۰ ميليون دلار به‌جهت خسارات کيفرى به ۱۰۰۰۰ فيليپينى که در دوران رياست‌جمهورى مارکوس شکنجه شده بودند، اعطاء کرد. به‌دنبال اين، دادگاهى در اکتبر ۱۹۹۲ تشکيل شد که قربانيان نقض حقوق بشر در رژيم مارکوس خواستار دارائى او به‌عنوان غرامت شدند. ايملدا مارکوس اعلام کرد که او عليه اين تصميم استيناف خواهد کرد. وکلاى حکومت فيليپين به استناد فرمان آکينو که تصريح مى‌کرد همهٔ دارائى‌ها باز پس گرفته شده از خانوادهٔ مارکوس بايد فقط جهت برنامهٔ اصلاحات ارضى حکومت خرج شود، دادخواست متقابلى را به‌ثبت رساندند. در ژانويه ۱۹۹۵ دادگاه هاوائى دستور داد که دارائى مارکوس براى پرداخت به بيش از ۷۷۴ دلار خسارات به ۱۰۰۰۰ قربانى پرداخت شود. در پايان آن ماه دادگاه عالى فيليپين دستور داد که ثروت بيش از ۵۰۰ شرکت که توسط حاميان پيشين مارکوس کنترل مى‌شد، مسدود شودو در آگوست ۱۹۹۵ مقامات سوئيسى انتقال حدود ۴۷۵ ميليون دلار از بانک سوئيس به‌وسيلهٔ مارکوس به‌ حسابى در فيليپين را تائيد کردند.


در ژوئن ۱۹۹۴ حکومت هجومى عليه ابوسياف، گروهى جدائى‌طلب مسلمان که مسئول اعمال تروريستى از جمله ‌آدم‌ ربائى بود را در جزيره جنوبى جولو و باسيلان آغاز کرد. به‌‌تلافى حملات نظامي، ابوسياف اقدام به بمب‌گذارى در شهر زامبونگا کرد که منجر به مجروح شدن ۲۸ غيرنظامى شد. در روزهاى بعد نيروهاى مسلح دفاتر گروه در جزيرهٔ جولو را تصرف کردند که گروه ابوسياف را وارد کرد تا ۷۴ گروگان مسيحى در باسيلان را دستگير کنند. بسيارى از گروگان‌ها سريعاً آزاد شدند امّا به‌تلافى اعدام‌هاى بى‌رويه حکومت، ۱۵ نفر از گروگان‌ها کشته شدند. در اوسط ماه ژوئن، ۲۰ نفر از ۲۱ گروگان باقى‌مانده به‌دنبال وعدهٔ پرداخت باج به‌وسيلهٔ مقامات محلى و وساطت جبههٔ آزاديبخش ملى مورو آزاد شدند. با اين وجود ابوسياف براى جلوگيرى از حملات حکومت يک گروگان را که يک کشيش کاتوليک رومى بود، نزد خود نگه داشت. به‌دنبال آن سربازان حکومتى دفاتر اصلى گروه در باسيلان را تصرف کردند و کشيش بعداً بدون صدمه آزاد شد. در مى ۱۹۹۴ راموس در تصويب قانون سيستم مالياتى VAT براى جبران ضررهاى عوارض افزايش يافته از لغو ماليات قيمت نفت، موفقيت کسب نمود. مخالفت عمومى نسبت به سيستم VAT نيروى فزاينده‌اى را در ماه ژوئن به‌جنبش در آورد. VAT موضوعى بود که مورد توجه احزاب مخالف قرار گرفت و ائتلاف فراگيرى براى مخالفت با ان را سازمان داد. سناتورهائى که در ابتدا از لايکه حمايت کردند، طرفتدارى از لغو آن‌ را آغاز کردند. در پايان ماه ژوئن دادگاه على دستورى به مجلس داد که اجراء VAT را از اوايل ماه ژولاى مشروط به ۷ دعوى نمود که ادعا مى‌شد قانون‌اساسى را مورد نقض قرار داده است. در ماه آگوست دادگاه عالى حکم داد که VAT قانونى است امّا با توجه با استيناف‌خواهى گروه‌هاى مخالف نمى‌تواند به اجرا درآيد.