امتياز اين رأى براى مسلمانان، وسعت قابل توجه منطقه مرکزى مشترک بود که تقريباً تمامى امکانات شهر از جمله فرودگاه، سه نيروگاه برق آبي، ايستگاه راه‌آهن و سه منبع تهيه آب آشاميدنى را در برمى‌گرفت و نتيجتاً وابستگى سيستم حياتى مسلمانان به بخش‌هاى تحت کنترل کروات‌ها را به‌نحو مؤثر کاهش مى‌داد. به‌دنبال اعلام اين رأى که قوياً از سوى مسلمانان و کشورهاى اتحاديه اروپا مورد حمايت قرار گرفت، کرواسى تحت حمايت آمريکائيان کارشکنى خود را در سطح بسيار وسيع آغاز نمود. شهروندان کروات بخش غربى موستار با تحريک رهبران خود مقر اروپائى موستار و اتومبيل شخصى هانس کوشنيک را مورد حمله قرار داده و خسارات زيادى به آنها وارد ساختند. کرواسى اين رأى را مغاير با توافقات دايتون اعلام نمود و اظهار داشت که به هيچ وجه آن را نخواهد پذيرفت. نهايتاً براى حل اين مناقشه اجلاس دو روزه رم در اوايل اسفند ۱۳۷۴ تشکيل گرديد که در آن آمريکا در پشت سر کرواسى طرح کوشنيک را رد نمود و مسلمانان را مجبور به پذيرش اجراء خواست کروات‌ها مبنى بر تشکيل يک منطقه کوچک مرکزى مشترک و شش منطقه مجزاء نمود.


همچنين در اين نشست بر لزوم اجراء به موقع انتخابات موستار در ۳۱ مى ۱۹۹۶ توسط سازمان امنيت و همکارى در اروپا تأکيد گرديد. اما در تاريخ فوق نيز احزاب مسلمان موستار به‌دليل فراهم نشدن شرايط لازم جهت برگزارى انتخابات از جمله عدم بازگشت بسيارى از آوارگان موستاري، انتخابات را تحريم کردند، متعاقب اين مسئله OSCE شهرهاى اسلو، استکهلم، برن و بن را براى موستارى‌هاى آواره در اروپا جهت شرکت در انتخابات تعيين و تاريخ ۳۰ ژوئن ۹۶ را براى برگزارى انتخابات اعلام نمود. براساس آخرين نتيجه رسمى اين انتخابات، مسلمانان موستار تحت رهبرى صفت اروچه‌ويچ موفق شدند بااختلاف اندکى بر کروات‌ها پيشى گرفته و شهردار منطقه مرکزى مشترک را از خود انتخاب کنند. در شش منطقه مجزاء ديگر نيز مسلمانان و کروات‌ها هر يک به‌طور مساوى اداره سه منطقه تحت کنترل خود را به‌دست گرفتند.


مسأله فکرت عبديچ و طرفداران آواره وى که تا اواسط تيرماه سال جارى در اردوگاه کوپلانسکو (کرواسي) مستقر بودند نيز يکى ديگر از مشکلات موجود ميان کرواسى و بوسنى بوده و هست. عبديچ و طرفدارن او در پس سقوط وليکاکلادوشا توسط سپاه پنجم ارتش بوسني، به داخل کرواسى گريخته و تخت حمايت کروات‌ها قرار گرفتند. گفته مى‌شود که مقامات زاگرب سعدى دارند عبديچ را به‌عنوان مهره‌اى در دست خود نگاه دارند تا شايد روزى از آن به‌عنوان يک آلتراناتيو در بوسنى استفاده کنند. موضوع اعلام موجوديت دوباره هرتسگ بوسنا از سوى شوراى عالى کروات‌هاى بوسنى در اوايل تيرماه سال جارى نيز از جمله موارد اختلاف برانگيز جديد در روابط مسلمانان و کروات‌ها محسوب مى‌گردد.


اين اقدام اخير کروات‌ها موجب گرديد تا آقاى ايوب گانيچ نيز خواستار استيضاح و برکنارى يادرانکو پرليچ وزير امور خارجه کروات بوسنى و هرزگوين گردد. گفته مى‌شود که در دايتون مسلمانان و کروات‌ها توافق کرده بودند تا دولت خودساخته کروات‌ها موسوم به هرتسگ بوسنا برچيده شود و در مقابل پست وزارت امور خارجه به يک کروات واگذار گردد. على ايحال کروات‌ها در مقابل موضوع برکنارى پرليچ شديداً واکنش نشان داده و تهديد کردند که عزل وى مى‌تواند کليه توافقات قبلى مسلمانان و کروات‌ها را به مخاطره اندازد. برخى معتقد هستند که اعلام موجوديت دوباره هرتسگ بوسنا بيشتر به اختلافات موجود ميان آمريکا و اتحاديه اروپا باز مى‌گردد زيرا اتحاديه اروپا از افتادن هرچه بيشتر کرواسى به دامان آمريکائيان ناخشنود بوده و معتقد است که تشکيل اتحاديه‌اى از کشورهاى يوگسلاوى سابق تحت هر عنوانى که باشد مى‌تواند از يکه‌تازى آمريکائيان در منطقه بکاهد.


گفته مى‌شود که يکى از دلايل اصلى در عضويت کرواسى در شوراى اروپا (۴ ژوئن ۹۶) عدم موافقت کرواسى با اين طرح بوده است. کرواسى نيز در پاسخ به اين اقدام اتحاديه اروپا و تهديد آنان به امکان از سرگيرى تمام مسائل گذشته، اقدام به اعلام موجوديت دوباره هرتسگ بوسنا نموده است. با اين تفاصيل و به خاطر بسيارى دلايل کوچک و بزرگ ديگر که در اين مجموعه مجال بحث ندارند، مى‌توان گفت که مسلمانان و کروات‌ها تا برقرارى يک زندگى مسالمت‌آميز واقعى در کنار يکديگر راه طولانى در پيش دارند و تا زمانى که اعتماد متقابل حاصل نگردد و کروات‌ها به‌دليل احساس برترى خود دست از مطالبه امتيازات بيشتر بر ندارند، ايجاد يک فدراسيون کارآمد غيرممکن به‌نظر مى‌رسد.


با اين‌حال ناگفته نماند که در طول چند ماه بعد از امضاء موافقت‌نامه دايتون اقدامات و توافقاتى ميان رهبران کرواسى و بوسنى و هرزگوين براى تقويت همکارى‌ها صورت گرفته است ليکن همه آنها همچنان بر روى کاغذ اجراء نشده باقى مانده و تأثير چندانى در بهبود مناسبات نداشته است. ازجمله اين اقدامات، تشکيل شوراى همکارى کرواسى و بوسنى و هرزگوين به رياست آقايان توجمان و بگوويچ است که نخستين نشست آن در تاريخ ۱۴/۱۰/۷۴ در سارايوو و دومين نشست در زاگرب مورخ ۲۳/۲/۷۵ برگزار گرديد. در طى اين نشست‌ها توافقاتى درخصوص استفاده بوسنى از بندر پلوچه، عبور آزاد اتباع کرواسى از منطقه ساحلى بوسنى در نئوم، رسيدگى به وضعيت اموال و دارائى بوسنى در کرواسى و بلعکس، لغو رواديد عبور اتباع بونسائى از کرواسي، بسته شدن کمپ کوپلنسکو، شتاب بخشيدن به اسکان مهاجران شهرهاى استولاتس، يائيتسه، بوگووينو و تراونيک، فراهم‌سازى زمينه تردد آزاد مردم، اختصاص حداقل يک کرسى به نماينده اقليت بوسنيائى‌ها در مجلس کرواسي، تحرک بخشيدن به گفتگوهاى مربوط به روابط مسلمانان و کروات‌هاى فدراسيون بوسني، تعيين مرزها و ترکيب ايالات فدراسيون و شتاب در تهيه و تصويب قانون دفاعى فدراسيون در راستاى توافقات واشنگتن صورت گرفت.