در فدراسيون مالزى قوه قضائيه شامل دادگاه عالى شبه‌جزيره مالايا دادگاه عالى صباح و ساراواک و دادگاه‌هاى پائين‌تر از آنها و دادگاه فدرال مى‌باشد. دو دادگاه عالى مزبور به نام‌هاى دادگاه عالى شبه‌جزيره مالايا و دادگاه عالى بورنئو خوانده مى‌شوند. دادگاه فدرال در کوالالامپور واقع است و اين دادگاه که بالاترين مرجع قوه قضائيه است، شامل يک رئيس و دو نفر از رؤساى دادگاه‌هاى عالى فوق‌الذکر و چند قاضى فدرال است. هر موضوعى که در اين دادگاه مطرح مى‌شود بايد حداقل توسط رئيس و سه قاضى (يا تعداد بيشترى قاضي) بنا به دستور رئيس اين دادگاه بررسى و مورد مداقه قرار گيرد. در صورت غيبت رئيس دادگاه فدرال عضو ارشد رياست را به عهده خواهد داشت. دادگاه فدرال حق رسيدگى به تمام قوانينى را که به تويب مجالس فدرال و يا مجامع قانونگذارى ايالتى مى‌رسد، دارد. در مواردى که بين مجامع قانونگذارى با يکديگر و يا با پارلمان فدرال اختلافى وجود داشته باشد دادگاه فدرال مرجع رسيدگى است. همچنين اشخاصى که در موارد جنائى توسط دادگاه‌هاى عالى محکوم شده باشند حق استيناف از اين دادگاه را دارند.