تا ۱۹۶۲ دو کشور روابط دوستانه‌اى در چارچوب ASA٭ داشتند؛ ولى با از بين رفتن ASA مالزي، فيليپين و اندونزى موافقت کردند که با ايجاد مافيليند (Maphilindo)، و مشورت و همکارى‌هاى دوجانبه را ادامه دهند.


٭ Association Southeast ASIA سال ۱۹۶۱ با عضويت مالايا، فيليپين و تايلند به‌عنوان چارچوبى براى همکارى‌هاى منطقه‌اى (اقتصادي، فرهنگي، علمى و اداري) تشکيل شد ولى مدت زيادى نپائيد و از ميان رفت.


پيوندهاى تاريخى مردم دو کشور هميشه يکى از عوامل اصطکاک بين دو کشور بوده است. مثلاً ادعاء فيليپين نسبت به ايالت صباح از آن جمله مى‌باشد. اساس ادعاء بر اين استوار است که دولت فيليپين معتقد است سلطان سولو اين منطقه را به کمپانى بورنئو شمالى انگليس در ۱۸۷۸ اجاره داده است ولى مالزى مى‌گويد که اين سرزمين به کمپانى مزبور واگذار شده است. به هر حال تلاش‌هاى مانيل براى کنترل مجدد آن سرزمين (که قبلاً توسط سلطان‌نشين ”سولو“ اداره مى‌شد) از اوايل ۱۹۶۲ شروع شد و در اوايل ۱۹۶۳ يعنى زمانى که دولت انگلستان رسماً صباح را به کنترل فدراسيون مالايا سپرد، به اوج خود رسيد. دولت فيليپين در اين تاريخ نماينده‌اى نزد دولت انگلستان اعزام نمود، ولى دولت انگلستان در پاسخ گفته بود که وضعيت بورنئوى شمالى هيچ‌وقت مورد سئوال قرار نگرفته است و بعد از اين جزئى از فدراسيون مالايا خواهد بود. لذا فيليپين از شناسائى فدراسيون سر باز زد و مالزى هم سفير خود را از آن کشور فراخواند، و بدين ترتيب روابط ديپلماتيک بين دو کشور قطع شد. روابط دو کشور مجدداً در ژوئن ۱۹۶۶ عادى گرديد. ولى مسائل ناشى از اختلافات ارضى حل و فصل نگرديد.


فيليپين در ۱۹۶۸ قضيه صباح را دوباره مطرح نمود و در تابستان همان سال مذاکراتى در بانکوک بر سر آن درگرفت و مالزى پيشنهاد فيليپين را مبنى بر طرح دعوى فوق در دادگاه بين‌المللى لاهه رد کرد، با چاپ نقشه جديد فيليپين در ۱۹۶۸ که قسمت زيادى از صباح را نيز در برمى‌گرفت، اختلافات شديدتر شد. به‌طورى که بار ديگر مالزى روابط ديپلماتيک خود را با فيليپين به حال تعليق درآورد و موافقت‌نامه کنترل و مبارزه با قاچاق را (که دو کشور در اوايل همان سال به امضاء رسانده بودند) فسخ نمود و در اکتبر ۱۹۶۸ فيليپين دوباره پيشنهاد نمود که اختلافات ارضى فيمابين در دادگاه جهانى مطرح گردد. هم‌زمان با اين پيشنهاد در کوآلالامپور تظاهراتى همراه با شورش به وقوع پيوست و بالاخره با تشکيل کنفرانسى وزراء خارجه آسه‌آن٭ (دسامبر ۱۹۶۹) در کوآلالامپور روابط ديپلماتيک بين دو کشور مجدداً برقرار شد. شرکت نماينده فيليپين در اين کنفرانس نشان‌دهنده اين واقعيت بود که دو کشور مايل نيستند اختلافات دو جانبه آنها به روابط آنها در آسه‌آن لطمه‌اى وارد آورد.


٭ مالزى و فيليپين هر دو از اعضاء اتحاديه ملل جنوب شرقى آسيا ”آسه.آن“ هستند. اين اتحاديه اقتصادى که تا حدودى اهداف سياسى را نيز دنبال مى‌کند از ۱۹۶۷ به‌وجود آمد و ديگر اعضاء آن سنگاپور تايلند و اندونزى و برونئى مى‌باشند.


کم‌کم از اواسط دهه ۱۹۷۰ نشانه‌هائى از تمايل دو طرف براى همکارى و حل اختلافات ديده شد. در اوت ۱۹۷۵ دولت فيليپين اعلام نمود که به‌خاطر حفظ منافع و همکارى‌هاى منطقه‌اى فعلاً از ادعاهاى خود صرف‌نظر خواهد کرد و در عوض دولت مالزى نيز اقداماتى در جهت جلوگيرى از ارسال اسلحه و تدارکات از ايالت صباح براى جدائى خواهان مسلمان فيليپين به عمل آورد. زيرا کمک نظامى به جدائى خواهان مسلمان (ضد حکومت) فيليپين نيز يکى از عوامل خصومت بين دو کشور بوده است.


بعد از تشکيل فدراسيون مالزى (مرکب از شبه‌جزيره مالزى و صباح و ساراواک) دولت فيليپين براى مبارزه با فدراسيون مسلمانان جنوب فيليپين را مسلح نمود و با برانگيختن احساسات آنها نسبت به مسلمانان صباح، قصد جدا کردن صباح را از مالزى داشت. ولى بعدها مسلمانان جنوب فيليپين (ميندانائو) کمک نظامى مى‌‌رساند، و قصد او ايجاد يک دولت مستقل متشکل از صباح و جزاير فيلييپين (ميندانائو، پالاوان، سولو، تاوى تاوى و باسيلان) مى‌باشد. اين ادعاء فيليپين برخى اوقات مورد تأييد ديگر منابع نيز قرار مى‌گرفت، و مطرح مى‌شد که ايالت صباح مالزى به جنوب فيليپين اسلحه و مهمات جنگى ارسال مى‌دارد. اين تسليحات توسط قايق به‌طور قاچاق به جنوب فيليپين فرستاده مى‌شود و حکومت مالزى نيز در مورد برنامه‌هاى ايستگاه راديوئى صباح که براى مردم جنوب فيليپين به نفع جدائى خواهان مسلمان، پخش مى‌شود تسأهل مى‌کند.


در اواخر نوامبر ۱۹۸۱ ”انريله“ وزير دفاع فيليپين اظهار داشت که اردوگاه تعليم شورشيان در صباح وجود دارد، که مشغول تهيه برنامه عليه حکومت فيليپين قبل از برگزارى انتخابات مجمع ملى آن کشور در ۱۹۸۴ مى‌باشد. اين اتهام با يک گزارش از مقامات نظامى فيليپين تکميل شد که ادعاء مى‌کرد يک قايق موتورى که قصد حمل اسلحه از صباح براى شورشيان ايالت جنوبى ميندانائورا داشت دستگير شده است.


در اين اثناء بعضى از اعضاء مجمع ملى فيليپين نيز لايحه‌اى را تقديم مجلس کردند که براساس حقوق تاريخى فيليپين بر صباح تنظيم شده بود. اگرچه مارکوس فوراً مانع ادامه بحث نمايندگان در مجمع ملى شد، ولى وزير اعظم ايالت صباح عکس‌العمل شديدى در مقابل گفتگوهاى مجمع ملى فيليپين نشان داد و در دسامبر همان سال از کوآلالامپور خواست، مادامى که اين‌گونه ادعاهاى فيليپين و اتهامات آن به دولت صباح مبنى بر کمک به شورشيان ضد مارکوس ادامه دارد، روابط ديپلماتيک با اين کشور را قطع کند.


درخواست وزير اعظم صباح در مورد قطع روابط ديپلماتيک از طرف دولت مرکزى رد شد و ماهاتير در پاسخ اين درخواست گفت، مارکوس وى را مطمئن ساخته است که اظهارات ”انريله“ نظر شخصى وى بوده است. ماهاتير در ضمن اظهار اميدوارى کرد که مارکوس سعى نمايد ادعاء مربوط به صباح کنار گذاشته شود.


مسئله صباح برخلاف ظاهر قضيه هنوز مطرح مى‌باشد. ولى از آنجا که هر دو کشور سياست طرفدارى از غرب و ضديت با کمونيزم را دنبال مى‌کنند و در منطقه‌اى حساس واقع هستند که مورد توجه هر دوابر قدرت است، و نيز برنامه‌هاى مشترکى را در چارچوب اتحاديه آ.سه‌.آن دنبال مى‌کنند، خواه‌ناخواه بايد روابط دوستانه‌اى داشته باشند، و اختلاف خود را به نحو مسالمت جويانه‌اى حل و فصل نمايند. با سقوط مارکوس‌ور وى کار آمدن خانم آکينو تلاش بسيارى براى خاتمه بخشيدن به مسئله صباح صورت گرفت، به‌ويژه به هنگام برگزارى اجلاس سران کشورهاى آ.سه.آن در مانيل، نخست‌وزير مالزى به‌طور ضمنى شرکت خود در اين اجلاس را مشروط به‌دست کشيدن کامل فيليپين از ادعاء خود نسبت به صباح نمود، و در پى آن پارلمان فيليپين در همين زمينه لايحه‌اى را به تصويب رساند.