تا انتخابات عمومى ۱۹۵۵ موضع سازمان همچنان نامعلوم باقى ماند. اکثريت سروزيران شامل ايالات پيشرفته شبه‌جزيره از موضع داتوعون حمايت مى‌کردند. در اين ايام داتوعون علاوه بر وزارت امور ايالت خود، مکانيزم دولت را در مبارزات سياسى خود به‌خوبى در دست داشت. او در عين حال از حمايت رهبران با نفوذ مالايائى نظير نيک احمد کامل، و محمود محى‌الدين برخوردار بود.


در بعد از آوريل ۱۹۵۳ سروزيران طرفدار داتوعون، کنفرانسى ملى به‌منظور انجام تلاش‌هائى متمرکز براى کشاندن حزب مستقل مالائى تشکيل دادند. کنفرانس توسط کنگره هندى‌هاى مالايا و نيز انجمن چينى‌هاى تنگه‌ها مورد حمايت قرار گرفت. در اين کنفرانس رهبرى حزب مستقل مالايائى از انتقال تدريجى به خودمختاري، نسبت به سازمان حمايت مى‌کرد. در اين کنفرانس، کنگره هندى‌هاى مالايائى نمايندگان خود را به نشانه اعتراض به موضع محافظه کارانه سازمان در قبال نفوذ حزب مستقل مالايا فراخواند. سازمان با تشکيل کنوانسيونى ملى با کنفرانس ملى مقابله کرد. اين مقابله حمايت اساسى مالايائى‌ها را نيز با خود همراه ساخته بود. غير از سازمان، حزب پان اسلاميک مالايا، اتحاديه شبه‌جزيره مالائي، و انجمن مالايائى‌هاى وفادار کلانتان در اين کنوانسيون نمايندگانى اعزام نمودند. اين اتحاد خواهان برگزارى انتخابات تا پايان ۱۹۵۴ و کسب ۷۵ کرسى در شوراى قانونگذارى فدرال شد. ولى اين تقاضاها به نتيجه نرسيد.


در انتخابات عمومى اوت ۱۹۵۹ اتحاد مذکور ۷۴ کرسى از کل ۱۰۴ کرسى مجلس قانونگذارى فدرال را به‌دست آورد. مخالفان عمده اين انتخابات در مقابل سازمان عبارت بودند از جبهه سوسياليست و حزب پان اسلاميک مالائى در انتخاب ايالتي، سازمان ايالات کلانتان و ترنگانو را از دست داد ولى در انتخابات بعدى آنها را به‌دست آورد. در فاصله ۱۹۵۹ تا ۱۹۶۱ سازمان به لحاظ داخلى کاملاً متحد و از نظر خارجى مطمئن بود. در ۱۹۶۱ عبدالرحمن پيشنهاد تشکيل مالزى را که شامل سنگاپور، ساراواک، برنئوى شمالى و برنئو را داد که مورد مخالفت شديد اندونزى و فيليپين قرار گرفت و هنگامى که عکس‌العمل مالزى به تجاوز نظامى تبديل شد، اکثر مردم به حمايت از اتحاد پرداختند، اين تحول موجبات پيروزى اتحاد را در انتخابات عمومى ۱۹۶۴ فراهم ساخت.


تقريباً بعد از اينکه مالزى تأسيس شد، دسته‌بندى‌هاى ميان جناح‌هاى مختلف گسترش يافت. حزب اقدام خلق سنگاپور از يک طرف و گروه‌هاى مختلف شبه‌جزيره مالايا از طرف ديگر با يکديگر پرداختند. براى بسيارى آشکار شد که رهبرى حزب اقدام خلق قصد دارد اين حزب را جانشين انجمن چينى‌هاى مالزيا به‌عنوان نماينده قانونى چينى‌ها نمايد. از اين بس رابطه ميان سازمان و انجمن چينى‌ها به دليل موضع مالايا نسبت به سنگاپور به‌شدت تيره شد.


در شبه‌جزيره حزب اقدام خلق مبارزه‌اى را در مقابل مزاياى اجتماعى مالايائى‌ها و گروه‌هاى بومى شروع کرد و شعار مالزى متعلق به همه مردم مالزى است را مطرح کرد. تنش‌هاى نژادى تشديد شد، تلاش‌هاى مربوط به پيدا کردن راه حل به جائى نرسيد و سرانجام سنگاپور در ۱۹۶۵ از مالزى جدا شد.


على‌رغم جدائى مالزي، درگيرى‌ها و تنش‌هاى نژادى ادامه يافت. در ماه مه ۱۹۶۹ عبدالرحمن دو تن از رهبران سازمان به نام ماهاتير را از احزب عزب و ديگرى به نام موسى حسام را تبعيد کرد. در ضمن حالت فوق‌العاده اعلام شد.


سرانجام کشور با نظارت عبدالرزاق تحت اداره يک شوراى اقدام ملى قرار گرفت. عبدالرحمن در سپتامبر ۱۹۷۰ استعفاء کرد و عبدالرزاق عهده‌دار تماى اداره مملکت شد. او تمامى تلاش خود را براى آشتى ميان گروه‌هاى مختلف و اعاده ثبات سياسى نمود. گفتگوها ميان گروه‌هاى مخالف نظير حزب متحد خلق ساراواک، حزب پيشرفت خلق پيراک آغاز شد و بالاخره در ژانويه ۱۹۷۳ سازمان در ايجاد ائتلاف با نيروهاى مخالف و حتى پارتاى اسلام در همه سطوح موفق گرديد. اين ائتلاف بزرگ جبهه ملى را ايجاد کرد تا در انتخابات سال بعد رقابت نمايد.


عبدالرزاق در اوايل ۱۹۷۶ به‌طور ناگهانى درگذشت و حسين عون رهبرى را عهده‌دار شد. تا نيمه اين سال توازن قدرت به سود طرفداران عبدالرحمن رقم خورد. همه همکاران دوران عبدالرزاق عبدالصمد مسئول نشريه نيو استرتيس تايمز دبيرکل قبلى به نام عبدالله احمد و عبدالله مجيد به بهانه کمونيست بودن دستگير شدند. حتى تقاضاى ويژه‌اى براى عبدالرحمن به‌عنوان بازگشت به رهبرى حزب مطرح شد.


تا مارس ۱۹۷۸ رهبرى بخش طرفدار عبدالرحمن به نام هارون اوريس بعد از محاکماتى با اتهام فساد به زندان رفت و حسين عون، ۸ جولاى ۱۹۷۸ را براى انتخابات عمومى اعلام کرد که طى آن جبهه ملى پيروزى شگرفى به‌دست آورد.


در مجمع عمومى بيست و نهم سازمان در نيمه سپتامبر ۱۹۷۸ توسط سليمان فلسطين رهبرى طرفدار جناح عبدالرحمن و ادريس، رهبرى حسين عون به معارضه کشيده شد. ولى نتيجه اين رقابت‌‌ها تقويت موضع حسين عون به‌عنوان جانشين قانونى عبدالرزاق بود.


امروزه با گذشت نزديک ۵ دهه سازمان ملى مالاياى متحد نه فقط به‌عنوان يک حزب سياسى بلکه مهم‌ترين نهاد اجتماعى جامعه مالايائى در آمده است.