بررسی پروتئین‌های مربوط به سرطان با کمک یک مدل رایانه‌ای

به گزارش ایسنا و به نقل از ام.آی.تی نیوز، ابداع پروتئین‌های ترکیبی که می‌توان از آنها برای درمان سرطان یا بیماری‌های دیگر استفاده کرد، به زمان زیادی نیاز دارد. در این فرآیند، باید میلیون‌ها پروتئین ابداع کرد؛ سپس برای یافتن پروتئین‌هایی که با هدف درست در ارتباط هستند، باید این مجموعه بررسی شود.

زیست‌شناسان دانشگاه "ام.آی.تی"(MIT)، روشی ابداع کرده‌اند که در آن، برای پیش‌بینی نحوه تعامل توالی‌های متفاوت پروتئین با هدف مورد نظر، از مدل‌سازی رایانه‌ای استفاده می‌شود. "امی کیتینگ"(Amy Keating)، استاد زیست‌شناسی و مهندسی زیستی دانشگاه ام.آی.تی و سرپرست این پروژه گفت: این راهبرد، نمونه‌های بیشتری را بررسی می‌کند و کنترل بیشتری را در مورد ویژگی‌های گوناگون پروتئین‌ها ارائه می‌دهد.

وی افزود: روش ما، حوزه وسیع‌تری را در اختیار پژوهشگران می‌گذارد تا بتوان از میان آنها راه حل بسیار متفاوتی با نقاط قوت و قابلیت‌های جدید پیدا کرد. ما امیدواریم که بتوانیم راه حل‌های احتمالی بیشتری برای افزایش بازدهی موفقیت‌های ابتدایی خود ارائه دهیم.

کیتینگ و همکارانش، از این روش برای تولید چندین پپتید استفاده کردند که می‌توانند پروتئین‌های گروه خاصی موسوم به "بی‌سی‌ال2" (Bcl-2) که به رشد سرطان کمک می‌کند، هدف قرار دهند.

در این روش جدید، ابتدا یک مدل رایانه‌ای ابداع شد که می‌تواند اتصال توالی پپتید را به پروتئین هدف نشان دهد. پژوهشگران برای ابداع این مدل، ابتدا حدود 10 هزار پپتید را انتخاب کردند و اتصال آنها را به اعضای خانواده  پروتئین بی‌سی‌ال2 مورد بررسی قرار دادند.

آنها علاوه بر توالی‌هایی که اتصالی نداشتند، توالی‌هایی که در حال حاضر، از اتصال آنها مطمئن هستند نیز انتخاب کردند؛ در نتیجه مدل رایانه‌ای توانست داده‌ها را در مورد طیف وسیعی از توانایی‌های اتصال ترکیب کند.

مدل رایانه‌ای با استفاده از این مجموعه داده موفق شد چگونگی تعامل هر پپتید را با هدف مشخص کند. پژوهشگران با استفاده از این مدل موفق شدند نحوه تعامل توالی‌ها با هدف را نیز پیش‌بینی کنند.

این مقاله، در مجله "National Academy of Sciences" به چاپ رسید.

انتهای پیام