اولین بار در سال 1361 "معاونت حمل‌ونقل جاده‌ای" به‌عنوان یکی از پنج معاونت "وزارت راه و ترابری" در ساختار تشکیلاتی این وزارتخانه مطرح گردید. در آخرین وضعیت سازمانی، قبل از جدا شدن از "وزارت راه و ترابری"، این معاونت به‌عنوان یکی از 9 معاونت وزارتخانه بود.