این مرکز از سال 1372 با عنوان «مرکز مطالعات و تحقیقات اخلاق پزشکی» در حوزه معاونت دانشجویی، فرهنگی، حقوقی و مجلس وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تأسیس شد و از سال 1383 تحت حوزه دانشگاه علوم پزشکی تهران با عنوان «مرکز تحقیقات اخلاق و تاریخ پزشکی» به فعالیت های خود به خصوص در حوزه پژوهش سرعت و گسترش بیشتری بخشید.