رژيم ابوته سياست استعمارگرانه بريتانيا را که مبتنى بر رفتار با مسلمانان به‌عنوان شهروندان درجه دو بود، ادامه داد. جاى تعجب نبود که مسلمانان در صفحه اول مخالفان رو به‌ افزايش رژيم وابستهٔ ”ابوته“ قرار داشتند. نگرانى ويژه پس از براندازى ”کاباکاشيب “ (رژيم سلطنتى بوگاندا) و معرفى منشور مشترک بود که هر دو تهديد مستقيمى براى اسلام به‌نظر مى‌رسيدند. هدف از اين براندازى تخريب اتحاد سياسى مسلمانان بوگاندا بود؛ در حالى‌که اين منشور حيله‌اى جهت گسترش روابط ابوته با اسرائيل و افزايش اين رژيم بود. او به‌عنوان يک عامل مهم صهيونيسم عليه اسلام در اين منطقه فعاليت مى‌کرد و حتى نگرانى بزرگترى به‌شمار مى‌رفت. صهيونيست‌ها به‌سرعت به اهميت استراتژيکى اوگاندا پى‌بردند. چند ماه پس از استقلال ”ابوته“ در سال ۱۹۶۳ از اسرائيل ديدن کرد. در همين سال ”گلداماير“ وزير امور خارجه اسرائيل به کامپالا آمد و متعاقب آن ساير رهبران عالى‌رتبه اسرائيل مانند ”اشکول “ نخست‌وزير در سال ۱۹۶۶ ”آباابان“ وزير خارجه اين کشور در سال ۱۹۶۹ از اين کشور بازديد کردند.


صهيونيست‌ها همانند استعمارگران در جستجوى کنترل منبعى در رودخانه نيل بودند تا بتوانند از مسلمانانى که در اين رودخانه که تا مصر امتداد دارد زندگى مى‌کنند، رشوه بگيرند. اوگانداى شمالى به‌عنوان پايگاهى جهت تأمين اسلحه براى اراضى آيناتا در جنوب سودان، مورد استفاده اسرائيلى‌ها قرار داشت. تنها پس از سقوط رژيم ”ابوته “ و اخراج اسرائيلى‌ها از اوگاندا توسط ”ايدى امين“ بود که بر سر مسئله جنوب سودان يک ”توافق صلح آميز“ صورت گرفت. ذکر اين مسئله جالب توجه است که با بازگشت مجدد ”ابوته “ به‌قدرت در اوگاندا بحران جنوب مجدداً در سودان بروز کرد.


اسرائيلى‌ها نيز از آغاز دهه پنجاه توجه خود را به اوگاندا آغاز کرده و به‌منظور حفظ خطوط مواصلاتى خود با جنوب سودان (که تسليح و سازماندهى نيروهاى مسيحى مخالف در آنجا صورت مى‌گرفت) پايگاه‌هائى در شمال اوگاندا، برپا نمودند و براساس برخى اقوال صهيونيست‌ها در نظر داشتند که از اين طريق به‌نفوذ خود در حبشه دوران ”هايله سلاسى “ استحکام و استمرار بخشند. تا اين که با روى کار آمدن ”ابوته “ اسرائيل به اهداف خود جامه عمل پوشاند.