تهاجم به اوگاندا از سوى تانزانيا برنامه‌ريزى و اجراء شد، به‌اين ترتيب که ۴۰ هزار نيروى تانزانيائى که نيروى اصلى مبارزه با مخالفان را تشکيل مى دادند، در اوگاندا مستقر گشته بودند. پس از خلع ”ايدى امين “ در اوگاندا پروفسور ”يوسوفولول “ يک يوگاندائى مسيحى به‌جاى وى در نظر گرفته شد. به‌دليل يک رشته مسائل حساب شده اين شخص هم به بريتانيا تبعيد شد و ”بيناسا “ يک بوگاندائى ديگر به‌جاى وى تعيين گرديد. هنگامى‌که ”ابوته“ پس از يک اقامت بسيار طولانى در تانزانيا به اوگاندا بازگشت بسيار واضح بود که هنوز جاه‌طلبى‌هاى خود را از دست نداده است. ”بيناسا“ نيز محکوم به تبعيد شد، بدين ترتيب اعضاء باگاندا يکبار ديگر در موقعيت شکست خورده‌اى قرار گرفتند. ضربه پنهانى هنگامى وارد شد که کنگره مردمى اوگاندا متعلق به ابوته در انتخابات تقلب کرده و ابوته براى بار دوم به رياست‌جمهورى اين کشور انتخاب گرديد. حضور نيروهاى تانزانيا در کشور همواره ابوته را در طرح‌هاى او کمک مى‌کرد. هم ”يوسوفولول “ و هم ”بيناسا“ سعى کردند نايرره رئيس‌جمهور تانزانيا را مجبور به‌عقب کشيدن قواى خود از اوگاندا کنند؛ تنها پس از آنکه ”پائولو موانگا “ وزير دفاع کابينه ”ابوته “ که دست راست وى بود به‌شدت تحت کنترل قرار گرفت، نايرره به‌طور جدى خروج نيروهاى خود را از اوگاندا مدنظر قرار داد.


نيروهاى تانزانيائى که پول کمى دريافت مى‌کردند مبتکرين کشتار و غارت در کشور اوگاندا به‌شمار مى‌رفتند. جامعه بين‌المللى ”ابوته “ را به‌عنوان ناجى اوگاندا معرفى کرد و تمامى درها را که براى تحت فشار قرار دادن امين بسته شده بود باز کرد. بدين ترتيب موج خشونت و بى‌رحمى به موازت آزار و اذيّت مسلمانان ايالت نيل غربى بالا گرفت. همچنين گزارش‌هائى از ضرب و شتم مسلمانان تا حد مرگ در مساجد ”بوسوگا “ و ”بوگاندا “ به چشم مى‌خورد. در قتل و غارت‌ها و حملات ارتش اوگاندا برخى از کشيش‌هاى مسيحى نيز کشته شدند و اين مسائل به‌طور وسيعى توسط وسايل ارتباط جمعى فاش شد. کشتار مسلمانان در اوگاندا به‌ندرت در مطبوعات خارج يا داخل اين کشور منعکس شد. جدا از کشتار کاتوليک‌ها در بوگاندا ”آکولى‌ها “ (يک مرکز ديگر کاتوليک‌ها) که درجات ارتش را تشکيل مى‌دهند، از سوى ”لانگو“ ( يک پروتستان و قبيله ابوته ) تحت فشار قرار گرفتند تا تسويه شوند.


اکثر افسران عالى‌رتبه ارتش از ”لانگو“ بودند. تخمين زده مى‌شود که مسلمانان حدود ۲۰% از جمعيت کشور را تشکيل مى‌دهند. در ايالات نيل غربى آنان حدود ۸۰% و دربوگاندا ۳۰% جمعيت را تشکيل مى‌دهند، چنانچه مسلمانان حتى در تمامى کشور هم پراکنده مى‌شدند شمار کشته‌شدگان اين قدر زياد نبود. براى مبلغان مسيحى و قدرت‌هاى استعمارى مانند انگليس، کشور آفريقائى اوگاندا هميشه يک فضاى استراتژيک خاصى را در قاره آفريقا احاطه کرده است. اسلام در کمربند ساحلى آفريقاى شرقى ريشه دواند و به‌سرعت از سودان به‌طرف جنوب آفريقا گسترش يافت. اسلام از طريق بازرگانان مسلمان و به‌وسيلهٔ راه‌هاى تجارى از شرق آفريقا به بوگاندا رسيد. در حقيقت ”کاباکاموآنواگا “ اعتقاد خود به اسلام را در سال‌هاى ۱۸۹۰ ابراز داشت، انگليسى‌ها که از اين اوضاع مطلع بودند يک ”بانتوستان “ (شهرک سياه‌پوست‌نشين مسيحى ) در جنوب سودان ايجاد کردند تا از اسلامى شدن تمامى منطقه جلوگيرى به‌عمل آورند.


از اواسط سال ۱۹۶۰ گزارش‌هاى رسيده از اوضاع داخلى اوگاندا چندان خوشايند نبوده و عموماً نشان دهنده تجاوز، شکنجه و قتل عام مردم بى‌گناه به‌دست رهبران بوده است. اوگاندا به‌عنوان يکى از توسعه يافته‌ترين کشورهاى آفريقائى سياه مطرح بود. با اين وجود، چند سالى پس از استقلال، اوگاندا با حکومت‌هائى بى‌ثبات و مبتنى بر ترور و خشونت دائمى روبه‌رو بود.


اين روند به‌وسيلهٔ اولين نخست وزير او ”آپولوميلتون “ در سال ۱۹۶۴ به‌نظم درآمد. وى آن را به شاگرد خود ژنرال ”ايدى امين “ داد. حکومت نظامى ۹ ساله امين، توسط خود ”ابوته“ در برگشت مجدد به قدرت تکميل گرديد (۱۹۸۵- ۱۹۸۰) ژنرال ”اوکله تو“ در طول حکومت کوتاه با کاتوليک‌هائى با نفوذ سازش چندانى نداشت و دولت ”يوروى موسوينى“ براى به‌دست گرفتن کنترل کامل کشور به‌طور دائم درگير جنگ داخلى بود.