فصل سوم قانون اساسي، اصول مربوط به قوه مجريه را دربرمى‌گيرد. براساس اصل سى‌وهفتم، رياست‌جمهورى که فردى مسلمان است در رأس حکومت قرار دارد. رئيس‌جمهور عهده‌دار قوه مجريه و نگهبان آن مى‌باشد (اصل ۳۸.) رئيس‌جمهور براى مدت پنج سال از طريق انتخابات سراسري، آزاد، مستقيم و مخفى انتخاب مى‌گردد. وى نمى‌تواند بيش از سه بار متوالى خود را براى مقام رياست‌جمهورى نامزد کند. (اصل ۴۰). همان‌طور که اصل ۴۰ بيان مى‌دارد، رئيس‌جمهور بايد براساس انتخابات برگزيده شود، اما نه بورقيبه و نه بن علي هيچ‌کدام بر اين اساس به قدرت نرسيده‌اند. حبيب بورقيبه با انتصاب مجلس مؤسسان ملى به اين مقام رسيد، بن علي نيز با يک کودتاى سفيد به اين پست دست يافت.


سياست عمومى حکومت و اجراء آن برعهدهٔ رياست‌جمهورى است. وى در خصوص اجراء و نظارت بر سياست عمومى کشور مسئول بوده و مجلس را در جريان قرار مى‌دهد. رئيس‌جمهور اعضاء حکومت را انتخاب کرده، و آنان در برابر وى مسئول مى‌باشند. (اصل ۴۳) قانون اساسى و ساير قوانين و مقررات بايد به امضاء رئيس‌جمهور رسيده و سپس از طرف مجلس شوراى ملى صادر مى‌گردد.


رئيس‌جمهور حق وتوى قوانين را نيز دارد، بدين‌گونه که رئيس‌جمهور حق رد قوانين و مقرراتى که به تصويب مجلس رسيده است را دارا است. فرماندهى کل قوان نيز با رئيس‌جمهور است (اصل ۴۶). وى امضاء معاهدات و اعلان جنگ و صلح را برعهده دارد. رئيس‌جمهور تمامى مقامات کشورى و لشکرى را تعيين مى‌کند.


با توجه به اين اصول مى‌بينيم که رئيس‌جمهور از اختيارات وسيعى برخوردار است که همين اختيارات فوق‌العاده، نظام به اصطلاح پارلمانى را به‌سوى يک نظام ديکتاتورى شخصى هدايت نمود.


اصل پنجاه و يکم قانون اساسى مصوب مجلس مؤسسان ملي، ناظر به اين معنا است که در صورت خالى بودن مقام رياست‌جمهورى به علل فوت، استعفا و يا ثبوت ناتواني، کابينه از ميان خود شخصى را جهت عهده‌دارى مقام رياست‌جمهورى به‌صورت موقت تعيين و تصويب‌نامهٔ مربوط را فوراً به رئيس مجلس شوراى ملى تقديم مى‌دارد. مجلس بنا به دعوت رئيس مجلس ظرف پنج هفته از شروع خالى شدن پست رياست‌جمهورى جهت انتخاب جانشين وى تشکيل جلسه مى‌دهد تا براى بقيهٔ مدت تصدى رياست‌جمهورى از بين نامزدهاى معرفى شده که داراى شرايط لازم باشد، اقدام نمايد.


اين اصل بعداً دستخوش تغيير شد و در آن تعيين گرديد، که در صورت خالى شدن پست رياست‌جمهوري، نخست‌وزير بلافاصله جانشين رئيس‌جمهور خواهد شد. زين‌العابدين‌بن‌على رئيس‌جمهور فعلى از همين اصل استفاده نموده و قدرت را در دست گرفته است.


يکى از اختياراتى که رئيس‌جمهور طبق اصل شصت قانون اساسى مصوب سال ۱۹۵۹ از آن برخوردار است، تقاضاء تجديدنظر در قانون اساسى است، که در تاريخ گذشته پس از استقلال، چند بار به وقوع پيوسته است. از جمله تغيير اصل ۴۰ که بر مبناى آن رئيس‌جمهور نمى‌تواند بيش از سه بار انتخاب شود. حبيب بورقيبه با تغيير آن خويش را رئيس‌جمهور مادام‌العمر ناميد.


به‌موجب اصل شصت، رئيس‌جمهور يا حداقل ۲/۱ اعضاء مجلس شوراى ملي، حق درخواست تجديدنظر در قانون اساسى را دارند، مشروط بر آنکه کيان جمهوري مشمول آن نگردد.