انتخابات رياست‌جمهورى فيليپين در ۱۱ مى ۱۹۹۸ عليرغم بر جاى گذاشتن تعداد ۵۳ کشته، يکى از آرام‌ترين و کم خشونت‌ترين انتخابات در کشور بود. همان‌گونه که نظرسنجى‌ها پيش‌بينى کرده بود، استرادا بازيگر مشهور سينما با کسب ۳۹/۹ درصد از آراء مأخوذه پست رياست‌جمهورى را از آن خود نمود. نزديک‌ترين رقيب او دو ونشيا بود که ۹/۱۵ درصد آراء را کسب کرده بود. استرادا نام خانوادگى خود را به‌نام حرفه خود پيوند زد و ژوزف اجرکيتو استرادا شد و حزب مبارزه براى توده‌هاى ملى فيليپين که ۶۶ کرسى در مجلس نمايندگان را به‌دست آورده بود (در مقايسه با ۱۰۶ کرسى حزب لاکاس به حزب - مبارزه براى توده‌هاى فيليپينى - LMP) تغيير نام داد. آراء به‌دست آمده نشان داد که بيشترين آراء استرادا از سوى گروه‌هاى اجتماعى - اقتصادى سطح پائين به‌دست آمده است. بر خلاف همهٔ کانديداهاى ديگر، استرادا اعتبار عمومى و مبارزه خود را از طريق هويت توده‌اى خويش به‌دست آورده بود. على‌رغم زمينهٔ طبقاتى متوسط از لحاظ تحصيل، او به کوتاهى در تکميل تحصيلات خود افتخار مى‌کرد. استرادا به‌عنوان شهردار سابق، سناتور و معاون رئيس‌جمهور ده‌ها سال تجربهٔ سياسى داشت، اما بر خلاف بسيارى از سياستمداران ديگر در دورهٔ مارکوس، عنوان سياستمداران سنتى را به‌همراه نداشت. در واقع انتخابات سال ۱۹۹۸ گرايش پس از مارکوس، رشد سياستمداران مردمى و کاهش آن‌چه که سيستم ضعيف حزبى ناميده مى‌شد را ادامه داد.


به‌موازات استرادا، چند بازيگر سينما و مشهور به پست‌هاى ملى و محلى منصوب شدند. در حالى‌که کانديداهاى لاکاس - NUC اکثريت کرسى‌هاى کنگره را به‌دست آورده بودند، پس از اين‌که نتايج انتخابات اعلام شد بيش از يک‌ دوم آنها به حزب مبارزه براى توده‌هاى فيليپينى پناهنده شدند.


کابينه استرادا و جمع متشاوران وى يادآور ائتلاف رنگين بود که در اوائل دوران رياست‌جمهورى آکينو را برجسته مى‌کرد. در ميان آن‌ها مديران تجارى چيني، ثروتمند، دوست صميمى مارکوس و متحدان سياسى او، دوستان دوران شهردارى استرادا در سن خوان و فعالانى که سابقاً با جنبش کمونيست و جناح چپ سازمان‌هاى غيردولتى در ارتباط بودند، وجود داشتن. در فضاى بازسازى بعد از انتخابات، راموس پست مشاور عالى را که از مدل نخست وزير سابق برداشته شده بود، قبول کرد. در ژولاى ۱۹۹۸ کوجوانکو رئيس و مديرعامل شرکت سن‌ميگوئل شد، پستى که او در دوران مارکوس به‌عهده گرفت و به‌نظر مى‌رسيد که حکومت مى‌خواهد از ادعاهاى قانونى عليه او و ديگر دوستان مارکوس از جمله لوسيرتان صرفنظر کند. استرادا اعلام کرد که قصد داردکميسيون رياست‌جمهورى دولت خود را که در دوران آکينو براى محاکمه دوستان مارکوس به‌وجود آمده بود، منحل نمايد. استرادا همچنين خواستار سازش با خانوادهٔ مارکوس دربارهٔ ادعاهاى حکومتى نسبت به حساب‌هاى بانکى مارکوس در سوئيس شد. به هرحال، استرادا هنگامى‌که موافقت نمود تا جنازهٔ رئيس‌جمهور سابق، مارکوس، براى تدفين در قبرستان ملى قهرمانان دفن شود فرياد اعتراض عمومى را برانگيخت و او مجبور شد از موضع خود عقب‌نشينى کند. در حالى‌که نسبت به دو سلف خويش، استرادا مواضع اصلاحى بيشترى نسبت به رهبران دوران مارکوس اتخاذ مى‌کرد و براى توسعه فعاليت‌هاى اقتصادي، وى بر سياست آزادسازى اقتصادى و خصوصى‌سازى که در دوران راموس شروع شده بود، تأکيد داشت.


موضوع مهم ديگر اين بود که چگونه دولت استرادا مى‌تواند برنامهٔ بازار اقتصاد آزاد را با وعده‌هاى خود به مردم دربارهٔ کاهش فقر، امنيت غذائى و توسعهٔ کشاورزى با يک کسرى بودجه قريب‌الوقوع و مشکلات بالقوه واقعى در اصلاح سيستم مالياتي، مطابقت دهد. در تلاش براى اجراء بعضى از سياست‌هاى ضعيف پيشين، وزير اصلاحات ارضى جديد و رئيس سابق جبهه دمکراتيک ملي، هراشيو مورالس - Horacio Morales انتخاب شد. مورالس ادعا کرد که در چهار سال آينده برنامه اصلاحات ارضى CARP را که از ۱۰ سال پيش آغاز شده بود، کامل خواهد کرد. اين در حالى بود که بعضى از کمونيست‌هاى سابق در حکومت استرادا نظام جديد را به‌خاطر اين‌که مانند آکينو و راموس عمل مى‌کند، محکوم کردند. مدت کوتاهى پس از رياست جمهوري، در ۳۰ جولاى استرادا رعايت حقوق بشر را مورد تائيد قرار داد و از رهبران تبعيد شدهٔ جبهه دمکراتيک ملى در فيليپين براى ادامهٔ مذاکرات دعوت نمود. همچنين با فشار جدائى‌طلبان مسلمان در ميندانائو غربي، يکى از اولويت‌هاى استرادا تجديدنظر در عمل سازمانى منطقهٔ خودمختار در ميندانائو مسلمان‌نشين بود.


در سال ۲۰۰۰ دولت استرادا به‌سبب معضلات سياسي، اجتماعى و تا حدودى اقتصادى و تبليغاتى مؤثر مخالفين دولت و برخى مطبوعات و در عين‌ حال افزايش بهاى تمامى فراورده‌هاى نفتي، نيمى از حاميان خود را در بين طبقات مختلف مردم از دست داد و در نظرسنجى‌هاى انجام شده فقط ۴۴ درصد از مردم به رئيس‌جمهور خود اعتماد نمودند. در مقابل، استرادا با ترميم هيئت دولت و تغيير وزراء کشور، دارائي، بازرگانى و مطبوعات، برکنارى مشاورين متعدد و اعلام عدم پيگيرى اصلاح قانون اساسى و تلاش در جهت بهبود ارتباط با بخش خصوصى و کليسا و ايجاد کميته‌هاى تخصصى براى اخذ تصميمات مهم، از جمله تشکيل يک گروه ويژه در مورد مسائل ميندانائو و تشکيل دو کميسينون عالى اقتصادى براى اخذ تصميمات مهم و مشورتي، کاهش قابل توجه مصاحبه‌هاى مطبوعاتى و حتى تلاش جهت تغييير برخى از رفتارهاى شخصى و همچنين تشديد عمليات نظامى در ميندانائو و تصرف اردوگاه‌هاى MILF، سعى نمود که از کاهش بيشتر محبوبيت خود احتراز نموده و ملت را منسجم نمايد.


با اين‌حال در اواخر سال ۲۰۰۰، وى به رشوه‌خوارى از مراکز غيرقانونى قمار، خيانت به اعتماد عمومى مردم و نقض آشکار قانون اساسى متهم گرديد که در پى آن رؤساى ستاد و فرماندهان نيروهاى مسلح فيليپين و بيشتر وزراى کابينه استرادا به اعتراضات مردمى پيوستند و خواستار استعفاءِ وى شدند.


به‌دنبال اين وقايع، در اکتبر سال ۲۰۰۰ خانم گلوريا آرويو معاون وقت رئيس‌جمهور فيليپين و جانشين قانونى رئيس‌جمهور با استناد به از دست دادن اعتماد خود به رهبرى استرادا از سمت خود در کابينه دولت به‌عنوان وزير رفاه اجتماعى استعفاء کرد و جبهه مخالف مستقلى را در برابر استرادا تشکيل داد. همچنين نمايندگان مخالف استرادا در مجلس فيليپين نيز خواستار استيضاح وى به اتهام رشوه‌خوارى شدند و در پى آن روشنفکران مخالف استرادا به‌ رهبرى خانم کورازون آکينو رئيس‌جمهور پيشين اين کشور، از وى خواستند از قدرت کناره‌گيرى کند.


با توجه به اتهامات مطرح شده عليه استرادا و تشکيل دادگاه جهت بررسى اتهامات وارده، دادگاه عالى فيليپين وى را از سمت رياست‌جمهورى خلع نمود و خانم آرويو را به رياست‌جمهورى منصوب کرد.