براساس بينانيه‌اى که در آستانه دو جمهورى چک و اسلواک توسط پارلمان اين کشور منتشر شد، دو کشور تعهد کامل خود را نسبت به قراردادها و موافقت‌نامه‌هاى امضاء شده در زمان نظام فدرال اعلام نمودند. براساس اين اقدام کليه اسنادى که در زمان گذشته بين ايران و چکسلواکى سابق به امضاء رسيده بوده معتبر و در مناسبات اقتصادى با دو کشور مستقل چک و اسلواک نيز قابل استناد بودند. لکن از آنجائى‌که موافقت‌نامه بازرگانى و پرداخت بين دو کشور که در سال ۱۹۷۷ به امضاء رسيده بود بر پايه مبادلات تهاترى بود که ديگر اعتبارى نداشت لازم بود سند جديدى متناسب با شرايط جديد امضاء گردد. بنابراين در سال ۱۳۷۲ همزمان با برگزارى بيستمين نمايشگاه بين‌المللى تهران وزير صنعت و تجارت اين کشور به تهران سفر و موافقت‌نامه جديد بازرگانى و پرداخت بين دو کشور را به امضاء رساند. اين موافقت‌نامه در سال ۱۳۷۴ به تصويب مجلس شوراى اسلامى و شوراى نگهبان رسيد. به‌علاوه نخستين اجلاس کميسيون مشترک همکارى‌هاى اقتصادى و فنى دو کشور نيز در ارديبهشت ۱۳۷۳ در پراگ برگزار گرديد که طى آن مقامات اقتصادى دو کشور براساس شرايط جديد زمينه‌هاى همکارى را بررسى و در يادداشت تفاهمى که در پايان به امضاء رسيد پيرامون چگونگى اجراء آنها توافقاتى صورت گرفت.


مهم‌ترين تحولات در روابط اقتصادى دو کشور در اين دوران به شرح ذيل است:


۱. سفر معاون وزير صنعت و تجارت جمهورى چک به تهران در خرداد ماه ۱۳۷۲ جهت شرکت در دومين نمايشگاه صنعت سنگين


۲. سفر وزير صنعت و تجارت چک به تهران در مهرماه ۱۳۷۲ و شرکت در نمايشگاه بين‌المللى تهران


۳. سفر وزير صنايع سنگين جمهورى اسلامى ايران به پراگ و برگزارى نخستين اجلاس کميسيون مشترک دو کشور در ارديبهشت ۱۳۷۳


۴. سفر وزير کشاورزى جمهورى اسلامى ايران به چک و مذاکره با مقامات اقتصادى اين کشور در خصوص توسعه مناسبات به‌ويژه در بخش کشاورزى


۵. سفر وزير صنعت و تجارت جمهورى چک به تهران در مهر ماه ۱۳۷۵ و مذاکره پيرامون چگونگى حل مشکل احداث نيروگاه برق در ايرانشهر


برگزارى نمايشگاه اختصاصى جمهورى اسلامى ايران در پراگ توسط اداره کل بازرگانى استان تهران در آذر ماه ۱۳۷۵ از جمله تحول مهم در مناسبات اقتصادى دو کشور و تلاشى در جهت معرفى توانمندى‌هاى اقتصادى - صادراتى ايران در بازار چک بوده است.