قوه قضائيه ضعيف‌ترين قوا در بين سه قوه اصلى حکومت است. خصوصاً آنکه در طول هفده سال حکومت نظاميان بر شيلى نفوذ ايشان به منظور صحت عملکرد خود به ضعف قوه قضائيه بيش از پيش کمک نموده است. شاخه‌هاى اصلى سيستم شيلى عبارتند از:


۱. دادگاه عالى

مشتمل بر ۱۷ عضو که توسط رئيس جمهور و از ميان معرفى شدگان توسط دادگاه‌ها منتصب مى‌شوند. رياست دادگاه عالى از ميان اعضاء دادگاه انتخاب مى‌گردد.


۲. دادگاه استيناف (Court of Appcal) در سرتاسر شيلى و در شهرها بخش‌هاى مختلف کشور وجود دارد. اعضاء اين دادگاه‌ها از ليستى که از سوى دادگاه عالى به رئيس جمهور تسليم مى‌نمايند انتخاب مى‌شوند. تعداد اعضاء اين دادگاه‌ها متغير خواهند بود. رؤسا و قضات اين دادگاه‌ها نمى‌توانند پس از سن ۷۵ سالگى عهده‌دار امور باشند.


۳. دادگاه عالى انتخابات


۴. دادگاه نظامى