در دوره قرن هفتم و هشتم در بغداد هنوز مدرسهٔ نظاميه باقى بود و ناصر خليفه عباسى بر آن موقوفه‌ها و کتابخانه‌اى افزود اما طبعاً بعد از بناى مدرسهٔ مُسْتَنصريه از اهميت آن کاسته شد. مدرسهٔ مُسْتَنصريه که در گيرودار حمله مغولان آسيب ديده بود در سال ۶۶۸ به فرمان عطاملک جوينى حاکم بغداد تعمير شد. ديگر مدرسه‌هاى بغداد در اين عهد عبارت بود از مدرسهٔ شرابيّه که اقبال شرابى (م ۶۵۳) در سال ۶۲۸ آن را در بازار عجم بنا کرد، مدرسهٔ مجاهديه که مجُاهدالدّين اِيبک از اميران آخر دورهٔ عباسى آن را در سال ۶۳۷ براى حنبليان ساخت، مدرسهٔ بَشيريّه که يکى از کنيزکان مُسْتَنصر به سال ۶۵۳ آن را بنا کرد، مدرسهٔ عصمتيه که زوجهٔ عطاملک جوينى به سال ۶۷۱ آن را در بيرون بغداد ساخت. ابن فُوَطى در کتاب خود ”حوادث الجامعه“ از مدرسه‌هاى ديگرى در بغداد نام برده است که بعضى از آنها پيش از قرن هفتم ساخته شده و هنوز باقى مانده بود مانند مدرسهٔ تَتَشيّه، مدرسهٔ سعاده، مدرسةالاصحاب، مدرسهٔ عبدالقادر گيلانى و مدرسه‌هاى ابوحنيفه و المرجانيه.


در ايران نيز با همهٔ ويرانى‌هائى که در آن راه يافته بود ابن‌ِ بَطوطه سياح مشهور از مدرسه‌هائى نام برده است از آنجمله مدرسه‌اى که در شوشتر منسوب به شرف‌الدّين موسى‌بن صدرالدّين سليمان بود و ابن‌ِ بَطوطه خود در آن سکونت کرد، مدرسه‌اى در ايذج مرکز حکومت اتابکان لرستان که در آن مسجدى در خارج آن حمامى وجود داشت و اطراف آن را باغ‌ها احاظه مى‌نمود، مدرسه‌هائى که اين سياح در شيراز ديد، مدرسهٔ زيبا و مهمى در نيشابور بعد از حملهٔ مغول بنا شده بود و ابنِ‌بَطوطه آن را از مدرسه‌هاى خراسان و عراقين بهتر شمرده بود، دو مدرسه در خوارزم، و مدرسه‌اي، در کنار مشهد امام هشتم.


از مدرسه‌هائى که در دورهٔ تسلط مغولان ايجاد شد يکى مدرسه‌اى بود در بخارا که سيورقتينى مادر مونکاقاآن بانى آن بود. غازان‌خان نيز در شام تبريز که بعدها شام‌ غازان يا شنب‌غازان خوانده شد بر گرد مقبرهٔ عظيمى که براى خود ساخت بناهاى وسيعى از جمله دارالکتب باخازن و فراش خانگاه و بيت‌القانون و رضدخانه‌اى که در آن مدّرس درس علوم حکمى مى‌گفت و مدرسه‌اى براى شافعيان و مدرسه‌اى براى حنيفان بنا کرد و موقوفه‌هائى براى نگاهداشت آنها تعيين نمود. بعد از وى جانشين او سلطان‌محمد خدابنده نيز بر گرد مقبرهٔ بزرگى که در شهر سلطانيه براى خود ساخت مسجدها و خانقاه‌ها و مدرسه‌ها و دارالسياده‌ها بنا کرد و ملک‌هائى بر آنها وقف کرد و نيابت توليتش را به خواجه رشيد‌الدّين فضل‌الله وزير داد. در اين مؤسسه‌ها ده مدرّس و بست مُعيِد و صد طالب علم و بيست صوفى و دوازه حافظ قرآن و هشت مؤذن و چهار معلم (آموزگار کودکان) کار مى‌کردند و ماهانه هر مدرس را هزار و پانصد دينار و هر مُعيِد را هفتصد و پنجاه دينار و هر طالب علم و صوفى و حافظ مؤذن و معلم کُتاب را صد و بيست دينار مى‌دادند (نفايس‌الفنون چاپ کتابفروشى اسلاميه، ج۲، ص ۸-۲۵۷) سلطان‌محمد خدابنده مدرسهٔ سيّارى هم به همراه خود در اردو داشت که وصّاف‌الحضره از آن به‌نام ”مدرسهٔ سيار سلطاني“ ياد مى‌کند و هر جا که اردوى سلطان متوقف مى‌شد اين مدرسه سيار توقف مى‌نمود و به کار خود مى‌پرداخت. صندوق‌هائى از کتاب نيز همراه اين مدرسهٔ سيار سلطانى حمل مى‌شد که هرگاه مدرسان و محصلان را به کتاب حاجت افتد بدان‌ها رجوع کنند.


خواجه رشيد‌الدّين فضل‌الله در شهر سلطانيه مدرسه و خانقاه و دارالسياده‌اى ساخت و در يزد به فرمان او مدرسه‌ و خانقاهى ساختند ( سال ۷۱۵) که به مدرسهٔ رشيد معروف شد. وزير ديگر اولجايتو يعنى تاج‌الدّين عليشاه نيز در تبريز مسجدى و در آن زاويه و مدرسه‌اى بنا کرد.


از مدرسه‌هاى ديگر قابل ذکر ”مدرسهٔ کردوجين“ در شيراز و ”مدرسهٔ درب نو کرمان“ از آثار سيورغتمش ابن قطب‌الدّين شاه جهان قراختائيان کرمان، و نيز مدرسه‌هائى که در يزد و ميبد وجود داشت. مدرسه‌هائى هم پيش از اين دوره ساخته شده و در اين دوره ناحيت‌هاى ويران‌ناشدهٔ ايران باقى مانده بود. از آن دسته هستند: مدرسه‌هاى يزد مرکز حکومت اتابکان يزد مانند مدرسه‌اى که اتابک عزالدّين (۶۰۴م) بنا کرد، مدرسه‌اى که کيکاوس فرزند عزالدّين ساخت، و مدرسه‌هاى صفوتيّه، نصريتّه، رُکنيه، شمسيه و چندين مدرسهٔ ديگر (براى آگاهى بيشتر از وضع مدرسه‌هاى يزد در اين دوره نيز مدرسهٔ و رصد وقت ساعت آن رجوع کنيد به تاريخ ادبيات در ايران ج ۳ بخش اول صفحه‌هاى ۱۵-۲۱۲). گذشته از اينها در ابرقو و اصفهان و کازرون و شيراز و قم و کاشان و ساوه و رى و همدان و قزوين و سلطانيه و تبريز مدرسه‌ها و خانقاه‌ها و مؤسسه‌هاى خيريهٔ متعدد به همت شمس‌الدّين محمد (م ۷۳۳) فرزند رکن‌الدّين محمدبن نظام‌الحسينى به‌وجود آمد.


در اين دوره در همه جاهائى که امارت‌هاى محلى بر سر کار بودند مانند پيش از مغول به ايجاد مدرسه‌ها، که البته صبغهٔ دينى داشت، توجه مى‌کردند مثلاً در ميانه‌هاى قرن هشتم هجرى در شيراز تعداد مدرسه‌ها و خانقاه‌ها و مسجدها و ابواب‌الخير به پانصد مى‌رسيد و بر آنها موقوفه‌هاى بى‌شمار معين شده بود. (نزهةالقلوب، تهران، ۱۳۳۶، ص ۱۳۸) و در مازندران و کرمان و شهرهاى خراسان حاکمان محلى مدرسه‌هاى متعدد ايجاد کرده بودند.