”مرشدان کامل“ از هنگامى به کاميابى‌هاى نهائى رسيدند که بهانه‌هاى دينى را بر مقالات خانقاهى افزودند، صوفيانى سرسپرده را به حربهٔ تعصب مجهز کردند و به جان مخالفان خود انداختند و چنان کردند که سر از پاى نشناخته به قربانگاه مى‌رفتند و مى‌کشتند يا کشته مى‌شدند. چنين نهضتى که تعصب کور آتش‌افروزِ آن بود، جز با سخ‌کُشى و خشونت کار نمى‌توانست داشت و چنين نيز بود. شاه اسعميل خود اين سختگيرى‌ها و خشونت‌ها را به بهانهٔ اطاعت از فرمان امامان دين آغاز کرد و پيروانش نيز با يقين قاطع به‌درستيِ آن هنجار راه او را دنبال کردند.


نخستين لهيب اين تعصب به سال ۹۰۶ هـ نزديک شماخى در جنگ با امير خليل‌الله شروانشاه زبان کشيد. سپس در جنگ شاه اسمعيل با الوند ميرزاى بايندرى در شرور ديده شد که چون به تبريز وارد شد تصميم قاطع به رسمى کردن تشيع گرفت و دستور داد تا مؤذنان مساجد و معابد لفظ اشهدانّ علياً ولى‌الله داخل کلمات اذان سازند و از هرکس امرى مخالف آن ديده شود سرش از تن بيندازند.


اعلام رسميت تشيع به همين حد خاتمه نيافت بلکه با کشتار عده‌اى و سکوت اجبارى عده‌اى ديگر همراه بود. صاحب تاريخ عالم‌آراى صفوى مى‌نويسد: از شش بهر مردم تبريز تنها دو بهر کيش دوازده امامى داشتند و هنگام لعن بر خليفگان سه‌گانه ”بيش باد و کم مباد“ گفتند و آن چهار بهر ديگر نيز از بيم شمشيرهاى برهنهٔ قزلباشان چنين کردند. اما گويا واقعه بدين‌گونه پايان نگرفت و در اين داستان تبّرا و تولّايِ تبريزيان بسيار سرها ”علف شمشير“ سرخ‌کلاهان گشت و اين معنى از اشارهٔ يک بازرگان ونيزى که در تبريز بود آشکار است و حتى به تصريح يکى ديگر از آنان مجموع کسانى که در اين حادثه و حادثه‌هاى همانند بعدى در تبريز به قتل رسيدند به بيست هزار تن بالغ گشت.


سفا‌ک‌ترين کس از ميان پيروان شاه اسمعيل در راه مبارزه با اهل سنت و کشتار بى‌امان آنان، نجم ثانى اميريار احمد اصفهانى، وزير معروف او بود. وى در جنگل‌هاى فَرارُود با سنيان آن ديار رفتارهاى بسيار خشن داشت و بسى از آن بيچارگان را گروها گروه به تيغ قزلباشان سپرد. از جمله بدترين قتل‌عام‌هاى نجم ثانى در آن ديار کشتار گروها گروه قرْشى است. وى حتى از کشتار جمعى سيّدان سنى مذهب آن قلعه خوددارى نکرد و گفت: ”سيّد سنى را ما سيد نمى‌دانيم!“ و سپس آنها را که در مسجد تحصن جسته بودند يکجا طعمه شمشيرها کرد چنانکه در آن قتل عام مجموعاً پانزده هزار تن به جرم سنى بودن طعم هلاک چشيدند.


در آن ايام رسم چنان بود که به اسيران جنگ ابلاغِ تشيع مى‌نمودند و بنابر اصطلاح قزلباشان از آنان مى‌خواستند تا ”على‌وليّ‌الله“ بگويند. اگر مى‌گفتند رستگار مى‌شدند و اگرنه يا به قتل مى‌رسيدند و يا در آتش مى‌سوختند؛ و اين وضع درست ما را به ياد نخستين دوران ابلاغ دين اسلام و نشر آن مى‌افکند که هم از آغاز کار اسلام بر محصوران و اسيران عرضه مى‌شد و اگر پذيرفته نمى‌آمد کار به جنگ و کشتار مى‌کشيد. قزلباشان نيز چنين بودند، به مخالفان پيشنهاد تبرّا و تولّا مى‌کردند، اگر مى‌پذيرفتند آسوده بودند وگرنه بى‌درنگ جان بر سر کار مخالفت مى‌نهادند.


اين رفتار را شاه اسمعيل و سرخ‌کلاهان، همه جا به يک شيوه داشته‌اند حتى نسبت به عالمان و فاضلان از اهل سنت هم اعمال مى‌کردند چنانکه بسيارى از آنان چون قاضى ميرحسين ميبدى و اميرغياث‌الدين محمد اصفهانى بدين‌گونه به قتل رسيدند.


گروهى ديگر از دانشمندان سنى که فرصت گريز داشتند به خاک عثمانى يا به هند رفتند و يا به فرارود پناه بردند و از آن جمله‌اند مصلح‌الدين شافعى لارى از دانشمندان بزرگ قرن دهم، ملاعبدالعلى بيرجندى و خواجه مولاناى اصفهانى (م ۹۲۰ هـ) و اميرعبدالوهاب شيخ‌الاسلام تبريز و...