هنگامى که صفويان براى تعليم مراسم شرعى تشيع حاجت به عده‌اى از عالمان دين يافتند مراکز مهم و اصلى تجمع اينگونه عالمان مذهبى بيشتر در عراق عرب و بحرين و جبل عامل لبنان بود. شاه اسمعيل و پسرش شاه طهماسب براى تعليم اصول و فروع مذهب امامى اثنى‌عشرى نخست از عالمان معدودى که در ايران و در دسترشان بود استفاده کردند. اما به سبب فقدان عالمان کافى براى آموختن اصول و فروع دين اسلام بر طريقهٔ مذهب امامى اثنى‌عشرى مجبور شدند که دست نياز به جانب عالمان شيعى مذهب کشورهاى عربى زبان دراز کنند و در نتيجه از آغاز تا اواخر عهد صفويان به‌تدريج گروه بزرگى از آنان به ايران مهاجرت کردند و در اين کشور باقى ماندند.


عالمان مذکور با تعليمات خود در ايران و عراق حوزه‌هائى براى دانش‌هاى دينى پديد آوردند، و در اين حوزه‌ها بر اثر حمايت پادشاهان صفوى و گنج افشانى‌هاى آنان و ديگر مالداران و صاحبان جاه و مقام، به‌سرعت گروه بزرگى از عالمان مذهبى جديد تربيت و در سراسر ايران پراکنده شدند.


کسب احترام روزافزون اينگونه عالمان و برخوردارى آنان از رفاه و تن‌آسانى فراوان نه تنها موجب غلبه و نفوذ اجتماعى آنها گرديد بلکه در طبقات جوان که دنبال سوادآموزى و کسب دانش بودند، شوقى وافر به فراگرفتن دانش‌هاى مذهبى و درآمدن در صف عالمان دين پديد آورد، و اين شوق چنان قاهر و غالب بود که هر که از اين پس راه مدرسه مى‌پيمود منحصراً در آرزوى آموختن دانش‌هاى شرعى و در مقدمهٔ آنها، زبان عربى، بود و گفتى که همگان دانش را منحصر به همين دو رشته از اطلاعات مى‌شمردند و آن ديگر دانش‌ها را که در حوزهٔ علمى اسلامى رايج بود يا بر طاق نسيان نهادند و يا جز براى برآوردن نيازهاى دينى بدان‌ها نپرداختند.


بر اثر توجه به کسب دانش‌هاى دينى ايجاد مدرسه‌هاى مذهبى رواج گرفت و براى آنها تعيين موقوفه‌ها و مستمرى‌ها و تقديم نذرها و نيازها بيش از آنچه در روزگاران پيشين بود، باب شد.


در عهد صفويان رياست دينى بر عهدهٔ ”صدرالشريعه“ بود. صدر عهده‌دار همهٔ کارها و سازمان‌هاى مذهبى بود و از جانب او در شهرها نماينده‌اى با عنوان ”شيخ‌الاسلام“ براى بست و گشاد مسائل شرعى و مراقبت در اجراء قاعده‌ها و قانون‌هاى دينى گماشته مى‌شد و پيدا است که عالمان محلى با وى همکارى داشتند، مگر آنکه گاه ستيزه‌هائى ميان آنها درمى‌گرفت. از اواخر سدهٔ يازدهم هجرى به‌جاى صدرالشريعه کسى با عنوان ”مُلاباشى“ يعنى رئيس ملايان رعايت و اجراء احکام شرع را زير نظر مى‌گرفت و اين ملاباشيان در عهد پادشاهان اخير صفوى نفوذ بسيار و در امور مملکت دخالت و تأثير فراوان داشتند.


از جملهٔ کارهاى صدرالشريعه و شيخ‌الاسلام تشکيل ”جماعات“ و برگزاردن ”جمعات“ بود. مراد از جماعات فراهم آمدن مردم براى بعضى مراسم مذهبى مانند تشکيل مجلس‌هاى سوگوارى يا مجلس‌هاى ”احياء“ و اينگونه کارها بود. ”جمعات“ يعنى نمازهاى جمعه هم به‌وسيلهٔ همين دسته برگزار مى‌شد.


به فرمان پادشاه به يکى از عالمان بلند مقام شرع عنوان ”اقضى‌القضاة“ داده مى‌شد و او قاضيان شهرها را معين مى‌کرد، به همان نحو که از قديم متداول بود.


عالمان مذهبى شيعه در عهدى که مطالعه مى‌کنيم از حيث تأمين معاش در درجات گوناگون قرار داشتند. بيشتر مجتهدان بزرگ و مراجع را از پادشاهان مستمرى و وظيفهٔ خاص بود و گاه به فرمان شاهان برايشان مسکنى خريده مى‌شد و گذشته از اين سهم امام يعنى مالياتى که مى‌بايست به امام زمان پرداخت، از جانب ثروتمندان معتقد در اختيار آنان گذارده مى‌شد و يا مى‌بايست که به حکم اداء وظيفه گذارده شود، و بر سر همهٔ اينها از عايديِ موقوفهٔ مدرسه‌ها و مسجدها و تکيه‌ها به مدرّسان و پيش‌نمازان و برگزارندگان منقبت‌ها و تعزيت‌هاى پيشوايان دين سهمى مى‌رسيد و متولّيان اوقاف توزيع اين سهميه‌ها را برعهده مى‌گرفتند.