شناسائى توالى‌هاى RNA يا DNA مخصوص هر پاتوژن در نمونه‌هاى بالينى روش بسيار مهمى در تشخيص ميکروبيولوژيک است. تمام اين روش‌ها براساس ويژگى بالاى جفت‌هاى بازى واتسون - کريک طراحى شده‌اند. روش‌هائى براى تشخيص مستقيم تعدادى از پاتوژن‌ها در نمونه‌هاى بالينى وجود دارد (مثلاً L. پنوموفيلا، کلاميدياتراکوماتيس، تريکومونا واژيناليس، مايکوپلاسما هومينيس، و ژيارديا لامبليا). روش‌هاى ديگرى نيز براى اثبات نتايج کشت وجود دارد (مثلاً براى سوش‌هاى مايکوباکتريوم و سالمونلا). حساسيت و ويژگى اين آزمايشات با کشت يا EIA برابرى مى‌کند. روش‌هاى تقويت اسيد نوکلئيک نيز وارد کارهاى بالينى شده است. PCR مشهورترين اين روش‌ها است و از روش‌هاى تشخيصى رايج بسيار حساس‌تر است. ولى اين روش حتى بر اثر آلودگى کم، نتايج مثبت کاذب نشان مى‌دهد. در حال حاضر روش‌هاى تقويت‌سازى براى شناسائى مايکوباکتريوم توبرکولوزيس، N. گونوره، M. هومينيس و C. تراکوماتيس در دسترس هستند.