بيمارى که بينائى وى منحصراً به‌علت کدورت قرنيه مختل شده باشد، موردى براى انجام پيوند قرنيه مى‌باشد؛ البته به‌شرطى که چشم بيمار، ديگر ملتهب نباشد و به کدورت موجود حداکثر فرصت، براى بهبود خودبه‌خودى داده شده باشد (معمولاً ۱۲-۶ ماه). از جمله علل موفقيت اکثر پيوندهاى قرنيه مى‌توان، نبودن عروق و لنفاتيک در قرنيه طبيعى و عدم حساس شدن قبلى به آنتى‌ژن‌هاى اختصاصى قرنيه را نام برد؛ اما به‌ويژه در افرادى که قرنيه آنها توسط بيمارى‌هاى التهابى آسيب‌ديده، واکنش‌هائى در برابر پيوند قرنيه رخ مى‌دهد.


سيستم آنتى‌ژنى HLA ممکن است نقش مهمى در رد پيوند ايفا کند؛ اما مطالعات اخير سودى براى HLA typing در پيوندهاى با ريسک زياد نشان نداده است. در همين مطالعات انجام ABO blood typing اثر محافظتى اندکى در پيوندهاى با ريسک زياد داشته است.


هر دو مکانيسم هومورال و سلولى در واکنش‌هاى پيوند قرنيه دخالت دارند. رد پيوند زودرس (۴-۲ هفته بعد از جراحي) از نوع واکنش‌هاى با واسطهٔ سلولي، به‌وسيلهٔ لنفوسيت‌هاى سيتوتوکسيک مى‌باشد. اين لنفوسيت‌ها از محيط قرنيه به طرف مرکز آن حرکت کرده و regect line را به‌وجود مى‌آورند. رد پيوند ديررس، ممکن است هفته‌ها تا ماه‌ها پس از پيوند قرنيه رخ دهد. اين نوع واکنش‌ها ممکن است با واسطهٔ آنتى‌بادى باشند.


اساس درمان دفع پيوند قرنيه، استفاده از کورتيکواستروئيدها است، که به‌صورت تجويز مکرر قطره‌هاى چشمى تا فروکش کردن نشانه‌هاى بالينى (پرخونى ملتحمهٔ دور ليمبوس، کدر بودن قرنيه، وجود سلول و پروتئين در اتاق قدامى و وجود رسوبات کراتيک در اندوتليوم قرنيه)، مى‌باشد. در صورت تأخير درمان ممکن است علاوه بر قطره‌هاى چشمى استروئيدي، نياز به استروئيدهاى سيستميک يا پرى‌اکولر نيز باشد. سکيلوسپورين خوراکى به‌طور موفقيت‌آميزى در درمان رد پيوند قرنيه به‌کار رفته است.