پيشگيرى از سوءتغذيه پروتئين - انرژى (PEM) به ‌علت تعدد و پيچيدگى عوامل به وجود آورندهٔ آن، فرآيند مشکلى است. از اين ‌رو يک راهبرد واحد، جامع و ارزان و مناسب که بتواند در همه‌ جا براى کاهش شيوع يا شدت سوءتغذيهٔ پروتئين - انرژى به‌ کار رود، وجود ندارد. براى دستيابى به سلامت تغذيه‌اى و پيشگيرى از سوءتغذيهٔ پروتئين - انرژى مجموعه‌اى از فعاليت‌ها درجهت کنترل سه علت زمينه‌اى سوءتغذيه يعنى غذا، بهداشت و مراقبت لازم است.


به ‌طور کلى افزايش دريافت انرژى در کسانى که در معرض خطر سوءتغذيهٔ پروتئين - انرژى هستند، ضرورى است. در دهه‌هاى ۵۰ و ۶۰ ميلادى اين باور وجود داشت که دريافت ناکافى پروتئين علت اصلى سوءتغذيه پروتئين - انرژى است. به‌ همين دليل اصرار زيادى بر مصرف مواد غذائى غنى از پروتئين به ‌عنوان راه‌حل اصلى براى مشکل بزرگ سوءتغذيه در جهان بود. اين راهبرد نامناسب، اذهان را از نياز اصلى کودکان که دريافت غذاى کافى بود، منحرف ساخت. امروزه تأکيد کمترى بر مصرف غذاهاى تکميلى غنى از پروتئين مثل گوشت، ماهى و تخم‌مرغ است، که از نظر اقتصادى نيز دسترسى به آنها براى بسيارى از خانواده‌هائى که کودک سوءتغذيه‌اى دارند، به ‌تقريب غيرممکن است. اگرچه پروتئين يک ماده مغذى ضرورى است اما سوءتغذيهٔ پروتئين - انرژى بيشتر با کمبود دريافت غذا همراه است تا کمبود دريافت پروتئين. زمانى که رژيم‌هاى غذائى بر پايهٔ غلات، نياز به انرژى را تأمين کنند، به‌طور معمول قادر به تأمين پروتئين مورد نياز نيز هستند، بخصوص اگر حاوى مقادير متوسطى حبوبات و سبزى‌ها باشند. بنابر اين توجه اصلى در پيشگيرى بايد به افزايش دريافت کل غذا و همين‌طور کاهش ابتلاء به عفونت باشد.


اقدام‌هائى که مى‌تواند در کاهش خطر ابتلاء به عفونت در کودکان، در قالب بخشى از مراقبت‌هاى اوليهٔ بهداشتى صورت گيرد، شامل اين موارد است:


- ترويج و حمايت از تغذيهٔ انحصارى با شير مادر در ۶ ماه اول زندگى


- تشويق به ادامهٔ شيردهى در کنار شروع تغذيه تکميلى


- آموزش مادران در زمينهٔ تهيه و استفادهٔ بهينه از غلات، حبوبات و ساير مواد غذائى محلى در تهيه غذاى تکميلى


- گسترش پوشش واکسيناسيون کودکان در برابر بيمارى‌هاى عفونى شايع


- آموزش خانواده‌ها در زمينه اسهال و اهميت درمان مناسب به‌ويژه با محلول‌هاى درمانى خوراکى (ORS)


- پايش وضعيت تغذيهٔ کودکان از طريق توزين منظم آنان و تنظيم کارت رشد


- تأمين آب آشاميدنى سالم


- آموزش رعايت بهداشت فردي، محيطى و مواد غذائى


- درمان داروئى عفونت‌هاى انگلى در کودکان در کنار اقدام‌هاى بلندمدت براى انگل‌زدائى


بهبود وضعيت تغذيهٔ مادر قبل و در طول باردارى اهميت زيادى در پيشگيرى از تولد نوزاد کم‌وزن و سوءتغذيهٔ احتمالى آينده دارد. علاوه بر ارتباط مستقيم وضعيت تغذيه مادر با وزن جنين، مادر مبتلا به سوءتغذيه توانائى لازم در انجام مسئوليت‌هاى خود و مراقبت از خانواده را هم ندارد. به‌تازگى براساس وزن مادر و کودک راهبرد تازه‌اى براى شناسائى مناطقى که براى کنترل سوءتغذيه اولويت بيشترى دارند، پيشنهاد شده است.