عواملى که در کولونيزاسيون ميکروب نقش دارند به اين ارگانيسم اجازه مى‌دهند با وجود عوامل دفاعى و محيط اسيدي، اين ميکروب در سطح مخاط معده حضور پيدا کند، تداوم يابد و ايجاد ضايعه نمايد. عوامل مؤثر در کولونيزاسيون عبارتند از:

تحرک

منحنى‌شکل بودن همراه با فلاژن‌هاى آن اين ميکروب را قادر مى‌سازد تا به‌ سرعت حرکت نمايد و خود را از مناطقى که pH پائين دارند به ‌منطقه‌اى که pH نزديک طبيعى است برساند تا محيط رشد مناسب را فراهم آورد. شکل کم‌تحرک آن خاصيت بيمارى‌زائى چندانى ندارد.

اوره‌آز

اين ميکروب بيش از ساير ارگانيسم‌ها قادر به ترشح آنزيم اوره است و براى کولونيزه‌ شدن نقش اساسى دارد، به‌نحوى که بدون آن قادر به فعاليت در محيط اسيد نمى‌باشد. ولى سازوکار (مکانيسم) اصلى آن مشخص نيست.

ايجاد هيپوکلريدرى

يکى از مراحل حياتى ميکروب براى ايجاد عفونت، گذشتن از سد اسيد معده است. در مواردى که عفونت به‌صورت حاد مشاهده مى‌شود ميزان ترشح اسيد کاهش مى‌يابد. اينکه هليکوباکتر پيلورى چگونه موجب کاهش موقت اسيد مى‌شود، مشخص نيست. ولى واسطه‌هائى ازجمله پروتئين‌هاى مهارکننده، اسيد، ليپوپلى ساکاريدها و سيتوکين‌هاى ترشح‌شده در مخاط در آن نقش دارند.

چسبندگى

توانائى ميکروب در اتصال به سلول‌هاى اپيتليال معده موجب مى‌شود تا با وجود حرکات سريع معده و ريزش سلول‌هاى اپيتليال و ترشح‌هاى معده، بتواند در سطح اپيتليال حضور پيدا کند و بيمارى ايجاد نمايد. چسبندگى نقش مهمى در ايجاد سم و تجمع لکوسيت‌ها و ساير عوامل التهابى بر سطح مخاط دارد. اتصال به سطح اپيتليال ناشى از فيبريل‌هاى ميکروب است که با گيرنده‌هاى کربوهيدرات در سطح سلول‌هاى مخاطى يک پيوند محکم ايجاد مى‌نمايد.


عدم توانائى در ايجاد اتصال به مخاط معده مانع ايجاد بيمارى مى‌شود. علاوه بر آن که اين ميکروب داراى آنزيم Atpase است که از نوسان‌هاى شديد pH از جمله محيط اسيدى و قليائى جلوگيرى به‌عمل مى‌آورد و اين کار را از طريق کاتاليز +NH4/H انجام مى‌دهد تا pH مناسب ايجاد شود و تداوم پيدا کند.