HBV با وجودى که از نظر ساختمان ژنتيکى (ژنوم) کوچکترين اندازه را در بين تمامى ويروس‌هاى نوع DNA دارد، ولى از نظر توليد انواع پروتئين‌ها و راندمان استفاده از ژنوم خويش بى‌نظير است. اين ويروس داراى چهار ژن مهم است که عبارتند از: ژن S براى توليد HBs Ag، ژن P براى توليد پلميراز (Polymerase)، ژن X براى توليد پروتئين X و ژن C براى توليد Hbe Ag و HBc Ag. بدن انسان نيز عليه اين پادگن پادتن‌هاى مربوطه را توليد مى‌کند. بررسى سرولوژيک اين مارکرها در بيماران با HBVدر تشخيص بيمارى بسيار با اهميت است.


در هپاتيت حاد نوع B حتى قبل از شروع يرقان و بالارفتن آنزيم‌هاى کبدى HBs Ag در خون يافت مى‌شود و هم‌زمان HBV-DNA و HBe Ag و پس از آن پادتن نوع IgM عليه HBc Ag در سرم بالا مى‌رود. وقتى بيمارى به طرف بهبود سير نمايد، بتدريج (طى ۶ ماه) HBe Ag،HBV-DNA و سپس HBsAg منفى مى‌شوند و پادتن نوع IgG عليه HBcAg همراه آنتى‌بادى HBs Ab در خون ظاهر مى‌شوند و بيمار به ‌طور معمول براى تمام عمر عليه HBV ايمنى اکتسابى پيدا مى‌نمايد. بيمارانى که به ‌سوى هپاتيت مزمن سير مى‌نمايند، در سرم آنها HBsAg،HBV-DNA و HBe Ag باقى مى‌ماند و با وجودى که گروهى از آنها پادتن‌هاى مختلف ازجمله HBe Ab،HBc Ab و حتى HBs Ab را به‌ ميزان کم توليد مى‌کنند، قادر به دفع ويروس از بدن نمى‌باشند. علل شناخته شده‌اى که بيماران را پس از عفونت با HBV به مزمن شدن مستعد مى‌نمايد در جدول زير آمده است:

جدول عوامل مستعدکنندهٔ بيماران مبتلا به HBV براى مزمن‌ شدن

- سن نوزادى
- جنس مرد
- نژاد سياه و زرد
- زمينه‌هاى ژنتيکى (براى مثال فنوتيپ‌هاى خاصى از MHC)
- عفونت خفيف و بدون علامت
- نوع ويروس و حجم زياد Inoculm
- ضعيف بودن سيستم ايمنى يا مهار آن توسط داروهاى ضدايمنى