مسئلهٔ عفونت‌هاى بيمارستانى مشکل جديدى نيست و اصطلاح Nosocomial که از واژهٔ يونانى Nosokomeion (بيماري: nosos و مراقبت: komeion) گرفته شده است بر قدمت آن دلالت دارد. آغاز تاريخ اين‌گونه عفونت‌ها را مى‌توان با تأسيس اولين بيمارستان‌ها در سال ۳۲۵ ميلادى در اروپا همزمان دانست. اين بيمارستان‌هاى اوليه که در قلمرو هر کليساى معتبر ساخته مى‌شد، همهٔ انواع بيماران را در يک جا مجتمع مى‌نمود و همين امر، انتقال عفونت‌هاى مختلف را بين بيماران تسهيل مى‌کرد. عفونت‌هاى بيمارستانى همگام با رشد سريع بيمارستان‌ها توسعه يافت، ولى تا قرن نوزدهم و دهه ۱۸۳۰ به‌طور جدى با مسئله برخورد نشد. در اين سال‌ها جيمز يانگ سيمپسون (J.Y. Simpson) اولين مطالعه را در زمينه اپيدميولوژى بيمارستانى در انگليس به ‌انجام رساند. وى ۲۰۰۰ نفر را که در بيمارستان تحت عمل قطع عضو قرار گرفته و بعد از عمل در بيمارستان تحت مراقبت قرار گرفته بودند با ۲۰۰۰ نفر ديگر که در منزل جراحى شده بودند، مقايسه نمود و دريافت که ميرائى گروه اول بيش از گروه دوم بود. وى اصطلاح بيمارى ناشى از بيمارستان (Hospitalism) را در اين مورد بکاربرد.


در سال ۱۸۴۳ اوليور وندل هولمز (O.W.Holms) در رسالهٔ تاريخى خود تحت عنوان ”درباب مسرى‌بودن تب زايمان“ ادعا نمود که پزشکان نقش عمده را در اين امر دارند.


به سال ۱۸۴۸ ايگناز فيليپ سملوايز (I.PSemelweis) اولين مشاهده‌هاى تجربى را بر روى موارد تب زايمان به ‌چاپ رساند. وى کاهش چشمگير مرگ مادران پس از وضع حمل را در نتيجهٔ شستن دست‌ها با محلول کلرور کلسيم نشان داد. در همين زمان ثابت شد که ميزان ميرائى در اثر تب زايمان در بين مادرانى که به‌ کمک ماماها وضع حمل مى‌کنند، از گروهى که تحت مراقبت پزشکان هستند، کمتر است و از اين نظر انتقال احتمالى عامل بيمارى توسط دست‌ پزشکانى که کالبد شکافى انجام مى‌دهند، روشن گرديد.


در اينجا مى‌بايد از چهره‌هاى نامدارى چون لويى‌ پاستور بنيان‌گذار علم ميکروب‌شناسى و ژوزف‌ليستر پايه‌گذار جراحى آسپتيک نيز ياد کرد.


آگاهى بر اهميت روزافزون اين‌گونه عفونت‌ها طى قرن بيستم و بخصوص از دوران جنگ جهانى دوم به ‌بعد سبب رشد سريعى در شناخت جنبه‌هاى اپيدميولوژى مسئله شده است. از سال ۱۹۷۰ اين رشد شتاب بيشترى يافته و اين امر موجب افزايش پوشش مراقبت و کنترل عفونت‌ها در بيمارستان‌ها و پديد آمدن مشاغل جديد همچون اپيدميولوژيست بيمارستانى و پرستار کنترل عفونت، و چاپ و انتشار مقاله‌ها و کتاب‌هاى بيشمار و مجله‌هاى تخصصى در اين رشته و برگزارى کنفرانس‌هاى بين‌المللى متعدد شده است.