توکسوپلاسما به‌طور معمول به شکل کيست نسجى همراه با گوشت خام يا نيم‌پز يا به‌شکل اواوسيست همراه با آب، خاک يا مواد غذائى آلوده از راه دهان وارد بدن انسان مى‌شود، ولى ارگانيسم به هر شکل و از هر راه (دستگاه گوارش يا تلقيح) که وارد بدن ميزبان شود، بصورت تاکى‌زوئيت درمى‌آيد و سلول‌هاى مجاور خود را مورد هجوم قرار مى‌دهد. انگل در داخل سلول تقسيم‌شده و تکثير مى‌يابد. سرانجام سلول‌هاى حاوى انگل متلاشى‌شده و تاکى‌زوئيت‌ها آزاد مى‌گردند و از سلولى به سلول ديگر مى‌روند. ارگانيسم‌ها ازطريق جريان خون و لنف در تمام اندام‌ها پخش مى‌شوند و سلول‌هاى بافت‌هاى مختلف را آلوده مى‌کنند. متلاشى شدن سلول‌هاى حاوى انگل باعث بوجود آمدن کانون‌هاى نکروزه مى‌شود. ازاين‌رو مکانيسم بيمارى‌زائى توکسوپلاسما در توکسوپلاسموز حاد مربوط به اثر مستقيم انگل روى سلول‌هائى است که ارگانيسم درون آنها تکثير مى‌يابد. اين رويداد در سلول‌هاى بافت‌هاى عصبى داراى اهميت زيادى است. زيرا سلول‌هاى عصبى ترميم‌پذير نيستند.


از طرف ديگر، زمانى که مرحلهٔ حاد بيمارى سپرى مى‌شود و پارازيتمى پايان مى‌پذيرد، کيست‌هاى توکسوپلاسما در بافت‌هاى مختلف باقى مى‌مانند. گه‌گاه کيست انگل شکافته و برادى‌زوئيت‌ها آزاد مى‌گردند. ارگانيسم‌هاى آزادشده تحت تأثير ايمنى از بين مى‌روند، اما وجود حساسيت ديررس باعث نابودى سلول‌هاى سالم بافت اطراف کيست شده، ضايعه‌اى با قطر چند برابر قطر کيست بوجود مى‌آيد. چنانچه چند عدد کيست به‌طور همزمان در يک ناحيه پاره شوند، باعث بروز علايم بالينى خواهند شد، بويژه زمانى که اين عمل در مغز يا قلب پيش آيد. اما در شبکيهٔ چشم حتى اگر يک کيست هم پاره شود، علايم بالينى ظاهر مى‌گردد و يکى از عوارض مهم توکسوپلاسموز مزمن کوريورتينيت (Chorioretinitis) است.


نکته ديگرى که در توکسوپلاسموز مزمن از نظر پزشکى حايز اهميت است، فعال شدن مجدد انگل در افرادى است که سيستم ايمنى آنها ضعيف يا غيرفعال شده است. در اين موارد برادى‌زوئيت‌هاى آزادشده از کيست از بين نمى‌روند، بلکه به ‌شکل تاکى‌زوئيت درمى‌آيند، در اعضاء مختلف بخصوص شبکيه و مغز تکثير مى‌يابند و يک بيمارى حاد خطرناک ايجاد مى‌نمايند. اين رويداد در بيمارانى که با داروهاى سيتوتوکسيک تحت درمان هستند و در افرادى که عضو پيوندى دريافت مى‌دارند و براى جلوگيرى از ردکردن عضو پيوند شده تحت تأثير مواد مهارکنندهٔ ايمنى يا سرکوب‌کنندهٔ ايمنى (Immunosuppressive) قرار مى‌گيرند و همچنين مبتلايان به سندرم نارسائى اکتسابى دستگاه ايمنى (ايدز) حايز اهميت زيادى است.