تفاوت اساسى بين اپيدميولوژى و پزشکى بالينى در آن است که واحد مطالعه اپيدميولوژى جمعيت معين يا جمعيت در معرض خطر است ولى در پزشکى بالينى واحد مطالعه يک يا چند بيمار است. پزشک بالينى به بيمارى در يک شخص توجه دارد درحالى که اپيدميولوژيست‌ به الگوهاى بيمارى در کل جامعه نظردارد و از اين‌رو اپيدميولوژى هم به افراد سالم و هم به بيمار توجه مى‌نمايد. گفته مى‌شود که پزشک بالينى به اشخاص مبتلا به بيمارى توجه دارد و آمارشناسان به جمعيتى که بيمار در آن زندگى مى‌کند، ولى همه‌گيرى‌شناسان به ارتباط بين بيماران و جامعه به شکل ميزان‌ها و نسبت‌ها علاقه دارند.


در پزشکى بالينى پزشک در جست‌وجوى تشخيص بيماري، پيش‌آگهى و دستور درمانى ويژه بيمارى است، در اپيدميولوژى هم وضعيت مترادف آن است و اپيدميولوژيست‌ها با داده‌هاى متناسب بدست آمده از يک بررسى همه‌گيرى‌شناختى روبرو است که بايد در جست‌وجوى منبع مخصوص عفونت، راه انتشار يا عوامل سبب‌شناختى بيمارى به‌منظور تعيين روند آيندهٔ بيماري، و توصيه تدابير خاص مبارزه با بيمارى باشد.


اپيدميولوژيست نتايج تدابير پيشگيرى و درمانى برقرارشده را هم ارزشيابى مى‌نمايد و اين کار راهنماى لازم و پس‌خوراند مناسب براى مجريان خدمات بهداشتى فراهم مى‌آورد تا بتوانند برنامه‌هاى بهداشت عمومى را به‌نحو مؤثرى اداره نمايند. در پزشکى بالينى بيمار به نزد پزشک مى‌آيد ولى در اپيدميولوژى بررسى‌کننده به جامعه مراجعه مى‌کند تا کسانى را که دچار بيمارى موردنظر هستند يا با عامل سببى مظنون برخورد داشته‌اندا پيدا کند. پزشکى بالينى برپايه مفاهيم زيست‌پزشکى - و با توجه روزافزون به فنون دقيق تشخيصى و درمانى در سطح شخصى است، موضوع موردنظر پزشکى بالينى با فنونى مانند پزشکى و آزمايش‌هاى لابراتوارى و ازجمله گزارش کالبدشکافى پس از مرگ به‌آسانى دريافت مى‌شود ولى موضوع‌هاى موردنظر اپيدميولوژى درک شدني است و تنها مى‌توان بصورت نمودار و جداول آنها را نشان داد.


بالاخره که پزشکى بالينى و اپيدميولوژى با يکديگر تضاد ندارند، هردو با يکديگر ارتباط نزديک دارند و با يکديگر همزيستى و کمک دوجانبه مى‌نمايند. بسيارى از اطلاعات و نيازهاى اپيدميولوژى را نمى‌توان بدون ملاحظات بالينى مناسب بدست آورد، چون شناسايى بيمارى موردنظر دربين افرادى که گروه‌ها را تشکيل داده‌اند با دقت بايد انجام شود. برعکس آگاهى بر ميزان وفور، علت و پيش‌آگهى که از پژوهش‌هاى همه‌گيرى شناختى بدست مى‌آيد براى پزشک بالينى در تشخيص و درمان بيماران انفرادى و خانواده آنها اهميت دارد.