غلظت طبيعى باکترى‌ها در رودهٔ باريک حدود ۱۰۵/mL است. مکانيسم‌هائى که جمعيت باکترى‌ها را محدود مى‌کنند شامل جريان پيوستهٔ محتويات مجرا، در اثر پريستالسيس؛ کمپلکس ميوالکتريک مهاجر بين‌هضمى (MMC)، که بقاياى غذا را جارو مى‌کند؛ اسيديتهٔ معده؛ اثرات موضعى ايمونوگلبولين‌ها؛ و پيشگيرى از رفلاکس محتويات کولون توسط دريچهٔ ايلئوسکال هستند. اختلال هريک از اين مکانيسم‌ها مى‌تواند منجر به رشد بيش از حد باکترى‌ها و سندرم حلقهٔ کور (رودهٔ باريک آلوده، رشد بيش از حد باکترى‌ها در روده) شود. تنگى‌ها، ديورتيکول‌ها، فيستول‌ها، يا قطعات کور روده، ضايعات آناتوميکى هستند که منجر به راکدشدن محتويات روده و تزايد باکترى‌ها مى‌شوند. استئاتوره نتيجهٔ دکونژوگاسيون باکتريائى و دهيدروکسيلاسيون نمک‌هاى صفراوى در رودهٔ باريک پروگزيمال است. نمک‌هاى صفراوى دکونژوگه غلظت ميسلى آستانه‌اى بالاترى دارند، و تشکيل ميسل‌ براى محلول‌کردن چربى خورده‌شده و آماده‌کردن آن براى جذب کفايت نمى‌کند. وجود ترى‌گليسريد‌هائى که به‌طور ناقص هضم شده‌اند، در ايلئوم انتهائى باعث مهار تحرک ژژونوم مى‌شود (رفلکس ”ترمز ايلئومي“)؛ با اين حال، اسيدهاى چرب جذب‌نشده وارد کولون مى‌شوند و در آنجا ميزان ترشح خالص آب و الکتروليت‌ها را افزايش مى‌دهند و منجر به اسهال مى‌شوند. چون کلسيم در مجراى روده به اسيدهاى چرب جذب‌نشده متصل مى‌شود، هيپوکلسمى رخ مى‌دهد. کم‌خونى ماکروسيتيک ناشى از سوءجذب ويتامين B12 است، که خود عمدتاً در اثر اتصال ويتامين توسط باکترى‌هاى بى‌هوازى است.


در حال حاضر بهترين روش تشخيصى آزمون تنفسى D - گزيلوز 14C است. باکترى‌هاى بى‌هوازى در رودهٔ باريک گزيلوز را متابوليزه و 14CO2 رها مى‌کنند که در بازدم قابل رديابى است.