اولين جوانهٔ مجارى صفراوى و کبد شامل ديورتيکولى است که در جنين ۳ ميلى‌مترى بر روى سطح شکمى پيشين روده ظاهر مى‌شود. کوچک‌ترين مجارى - کاناليکول‌هاى کبدى - اولين‌بار به‌صورت يک شبکهٔ قاعده‌اى بين هپاتوسيت‌هاى ابتدائى تشکيل مى‌شوند و نهايتاً به تمام کبد گسترش پيدا مى‌کنند. وجود ميکروويلى‌هاى متعدد مساحت کاناليکول را افزايش مى‌دهد. صفراى ترشح‌شده از اين قسمت از درون مجارى کوچک بين‌لوبى (کانال‌هاى هرينگ) و مجارى لوبى عبورد کرده، سپس به مجراى کبدى در ناف کبد مى‌رسد. در اکثر موارد، مجراى کبدى مشترک، از الحاق مجارى راست و چپ کبدى شکل مى‌گيرد. مجراى کبدى مشترک از نزديکى کبد منشاء مى‌گيرند ولى هميشه خارج از تودهٔ کبدى قرار دارد. طول اين مجرا قبل از اتصال به مجراى سيستيک و تشکيل مجراى صفراوى مشترک ۴ سانتى‌متر است. مجراى مشترک از ليگامان هپاتودئودنال شروع مى‌شود، از پشت قسمت اول دوازدهه عبور مى‌کند و قبل از ورود به دوازده از درون شيارى در سطح خلفى پانکراس عبور مى‌کند. ۱ سانتى‌متر انتهائى آن کاملاً به ديوارهٔ دوازدهه چسبندگى دارد. کل طول مجراى مشترک حدود ۹ سانتى‌متر است.


کيسه صفرا يک عضو گلابى‌شکل است که در سطح تحتانى کبد در درون شيارى که لوب‌هاى راست و چپ کبد را از هم جدا مى‌کند قرار گرفته است. کيسه صفرا به‌ندرت پوشش صفاقى کامل دارد، ولى در صورتى که پوشش صفاقى آن کامل باشد مستعد به پيچ‌خوردگى (تورشن) مى‌شود.


کيسه صفرا در حالت اتساع کامل حدود ۵۰ ميلى‌ليتر صفرا را در درون خود جاى مى‌دهد. گردن کيسه صفرا به يک مجراى سيستيک باريک ختم مى‌شود که با مجراى مشترک ارتباط دارد. لومن مجراى سيستيک داراى يک سپتوم مخاطى نازک به‌نام دريچهٔ مارپيچى‌ هايستر است که مقاومت اندکى در برابر جريان صفرا ايجاد مى‌کند. در ۷۵% از افراد مجراى سيستيک به‌صورت مايل وارد مجراى مشترک مى‌شود.


در ليگامان هپاتودئودنال، شريان کبدى در سمت چپ مجراى مشترک، و وريد پورت در خلف و سمت مديال آن قرار گرفته است.


اپى‌تليوم مخاطى مجارى صفراوى از نوع مکعبى در مجارى کوچک، تا نوع استوانه‌اى در مجارى اصلى متغير است.


ميزان عضلات صاف در ديوارهٔ مجارى صفراوى بسيار اندک است، ولى قسمت انتهائى مجراى مشترک با يک عضلهٔ اسفنکترى پيچيده محصور شده است.


درخت صفراوى از سيستم‌هاى پاراسمپاتيک و سمپاتيک عصب‌گيرى مى‌کند. فيبرهاى آوران در اعصاب سمپاتيک درد کوليک صفراوى را به دستگاه عصبى مرکزى منتقل مى‌کنند.