شناسائى آنتى‌ژن، سرعت سنتر آنتى‌بادى‌ها و نوع پاسخ ايمنى به‌صورت ژنتيکى کنترل مى‌شوند. اين کنترل در دو سطح اتفاق مى‌افتد. به‌طورکلى تعدادى ژن مسئول شناسائى آنتى‌ژن هستند در حالى‌که ديگران سطح پاسخ ايمنى را، بدون در نظر گرفتن آنتى‌ژنى که برعليه آن فعال شده‌اند، کنترل مى‌کنند. شناسائى آنتى‌ژن انتخابى است در هر فرد يک لنفوسيت قادر به شناسائى يک آنتى‌ژن معين مى‌باشد.


همان‌طور که قبلاً متذکر شديم نظارت بر پاسخ‌هاى ايمنى هومورال و سلولى توسط لنفوسيت‌هاى T کمک‌کننده و T سرکوب‌کننده که بر آنتى‌ژن‌ها بعد از شناسائى آنها توسط گيرنده‌هاى غشائي، اثر اختصاصى دارند اعمال مى‌شود.


در حال حاضر اين شناسائى آنتى‌ژن و سازمان يافتن ژن‌ها، عاملى که باعث تنوع آنتى‌بادى‌ها مى‌شود، به‌خوبى شناخته نشده است.


دستور پاسخ اختصاصى هر آنتى‌ژن توسط ژن‌هاى پاسخ ايمنى و سرکوب‌کننده ايمنى که در کمپلکس اصلى سازگارى نسجى قرار دارند مشخص مى‌شود. ژن‌ها توانائى هر فرد را براى پاسخ به يک شاخص آنتى‌ژنى تعيين مى‌کنند و برطبق قوانين مندل به‌طريق اتوزومال غالب به ارث مى‌رسند.


بنابراين يک فرد بسته به ميراث پاسخ ايمنى خود ممکن است به يک آنتى‌ژن پاسخ بدهد در حالى‌که به ديگرى خير. همه افرادى که يک زمينه ژنتيک دارند به يک شکل خوب يا بد به دسته‌اى از آنتى‌ژن‌ها جواب مى‌دهند. کنترل ژنتيکى نوع پاسخ چندژنى مى‌باشد و تنها يکى از ژن‌ها با MHC در ارتباط است که اين ژن قابل مقايسه با کمپلکس H2 در موش مى‌باشد.


تئورى ژن پاسخ ايمنى فقط پاسخ به آنتى‌ژن‌هاى ساده را توضيح مى‌دهد. در مورد آنتى‌ژن‌هاى قوى و چندظرفيتى فقط با به‌کار بردن دوزهاى کمى از آنها پاسخ‌هاى خوب و بد که توسط ژن‌هاى پاسخ ايمنى ديکته مى‌شوند، متمايز مى‌شوند.


سيستم ژنتيکى ديگرى که پاسخ ايمنى را کنترل مى‌کند يک سيستم چندژنى بدون ارتباط با MHC مى‌باشد و ميزان ايمونوگلوبولين توليد شده به‌عنوان يک پاسخ‌دهنده خوب يا ضعيف شناخته مى‌شود و در اين مورد ويژگى آنتى‌ژنيک پاسخ ايمنى مدنظر نمى‌باشد.