برابر مادهٔ ۱۴ قانون شوراى عالى آموزش و پرورش اين شورا مى‌تواند در حدود وظايف خود کميسيون‌هائى تشکيل دهد و اعضاء آن را از بين استادان و متخصصان و دبيران و آموزگاران انتخاب نمايد.


برابر آخرين آئين‌نامه داخلى شوراى عالي، کميسيون‌هاى زير شورا را در انجام وظايف خود، يارى مى‌کنند.


- کميسيون اساسنامه‌ها، آئين‌نامه‌ها و مقررات تحصيلى.


- کميسيون برنامه‌هاى درسى و تربيتى.


- کميسيون برنامه‌هاى توسعه و نيروى انسانى.


- کميسيون خاص و امور ايثارگران.


- کميسيون معين.


موضوع‌هائى که در دستور کار شورا قرار مى‌گيرد ابتدا در کميسيون‌هاى ذى‌ربط بررسى مى‌شود و چنانچه رسيدگى به موضوعى به تشخيص شورا يا وزير آموزش و پرورش فوريت داشته باشد مستقيماً در دستور کار شورا قرار مى‌گيرد.