هرچند تأسيس مراکز آموزشى براى دانشآموزان ممتاز در دورهٔ تحصيلى از سال ۱۳۵۵ آغاز شده، مدارس استعدادهاى درخشان زير نظر دفتر آموزش کودکان و دانشآموزان استثنائى از قبل فعاليت داشته است. به‌موجب مصوبه يکصد و پنجاهمين جلسه مورخ ۱۰/۳/۱۳۶۷، شوراى عالى انقلاب فرهنگي، کليهٔ امور مربوط به اين‌گونه مدارس را به سازمانى با عنوان سازمان ملى پرورش استعدادهاى درخشان وابسته به وزارت آموزش و پرورش محول کرده است (نمودار تشکيلات سازمان ملى پرورش استعدادهاى درخشان).
در ماده واحدهٔ مصوب شوراى عالى انقلاب فرهنگى آمده است:
به‌منظور تحقق هرچه بهتر امر شناسائى و پرورش استعداد درخشان کشور در سطوح مختلف تحصيلى از اين پس سازمان ملى پرورش استعدادهاى درخشان به‌صورت سازمان وابسته به وزارت آموزش و پرورش اداره مى‌شود. اساسنامهٔ جديد سازمان با پيشنهاد هيئت امناء فعلى به تصويب هيئت وزيران خواهد رسيد.
در اين اساسنامه در مادهٔ دو هدف از سازمان شناسائى و پرورش استعدادهاى درخشان کشور در سطوح مختلف تحصيلي ذکر شده است. اين سازمان داراى يک هيئت امناء است که وزير آموزش و پرورش رياست آن را برعهده دارد. رئيس سازمان از طرف وزير آموزش و پرورش منصوب شده و داراى معاونان آموزشى و پژوهشي، ادارى و مالى و معاون تربيتى است.
مهمترين وظايف سازمان عبارت است از:
- فراهم‌کردن و گسترش همهٔ امکانات لازم براى شناخت و پرورش استعدادهاى دانشآموزان در مقاطع مختلف تحصيلى در سطح کشور
- پژوهش و تحقيق علمى در زمينه‌هاى مربوط به دانشآموزان سرآمد
- تأليف، تدوين و انتشار کتاب‌ها و نشريات آموزشى و کمک‌آموزشى در زمينهٔ مربوط، براى بالا بردن سطح علمى معلمان، کارکنان و دانشآموزان سازمان.