طبق مادهٔ ۱۴ قانون، شوراى عالى آموزش و پرورش مى‌تواند در حدود وظايف خود کميسيون‌هائى تشکيل دهد و اعضاء آنها را از بين استادان و متخصصان و دبيران و آموزگاران انتخاب کند و برابر مفاد آئين‌نامهٔ کميسيون‌هاى شوراى عالى آموزش و پرورش مصوب مهرماه ۱۳۷۱، ضرورت تشکيل، ترکيب اعضاء، شرح وظايف و اختيارات هر کميسيون توسط شوراى عالى آموزش و پرورش تعيين و رئيس هريک از کميسيون‌ها توسط رئيس شوراى عالى پيشنهاد و پس از تصويب شوراى عالى با ابلاغ رئيس شورا به‌مدت دو سال به اين سمت منصوب مى‌گردد. ابلاغ عضويت اعضاء کميسيون‌ها با توجه به آئين‌نامهٔ خاص هر کميسيون توسط دبيرکل شوراى عالى صادر مى‌گردد که در حال حاضر کميسيون‌هاى مشروح زير در دبيرخانهٔ شوراى عالى آموزش و پرورش فعاليت دارند:

کميسيون برنامه‌ها، اساسنامه‌ها و آئين‌نامه‌ها

از سال ۱۳۱۷ که شوراى عالى فرهنگ به‌جاى شوراى عالى معارف تشکيل گرديد، کميسيونى تحت عنوان کميسيون اساسنامه‌ها، آئين‌نامه‌ها و برنامه‌ها در کنار اين شورا تشکيل شد و بررسى و اظهارنظر در مورد طرح‌ها را به‌عهده گرفت. پس از تشکيل شوراى عالى آموزش و پرورش در سال ۱۳۴۷ اين وظيفه استمرار داشت و در سومين جلسهٔ شوراى عالى آموزش و پرورش در تاريخ پانزدهم خرداد ۱۳۴۷، براساس بند ۲ مادهٔ يازدهم آئين‌نامهٔ داخلى شوراى عالي، اين کميسيون رسماً کار خود را با شرکت ۳ تن از اعضاء شوراى عالى آغاز کرد و پس از تصويب لايحهٔ قانونى و تشکيل دورهٔ جديد شوراى عالى آموزش و پرورش، حتى در دورهٔ فترت شوراى عالى نيز فعاليت داشت. آئين‌نامهٔ اين کميسيون در پانصد و شانزدهمين جلسهٔ شوراى عالى آموزش و پرورش مورخ ۲۶/۷/۱۳۶۹ به تصويب رسيد و ترکيب اعضاء آن به‌شرح زير تغيير يافت:


- سه نفر از اعضاء شوراى عالى آموزش و پرورش به انتخاب شوراى عالى


- دو نفر صاحبنظر در مسائل آموزش و پرورش به پيشنهاد رئيس شوراى عالى و تأييد شوراى عالى آموزش و پرورش


- يک نفر مطلع در زمينهٔ برنامه‌ها، اساسنامه‌ها و آئين‌نامه‌ها از سازمان پژوهش و برنامه‌ريزى آموزشى به پيشنهاد رئيس سازمان مذکور و تأييد شوراى عالى آموزش و پرورش


- دبيرکل شوراى عالى آموزش و پرورش


برابر مادهٔ ۲ آئين‌نامه، وظايف و اختيارات کميسيون عبارتند از:


بررسي، تنقيح و تکميل برنامه‌ها، اساسنامه‌ها و آئين‌نامه‌هاى پيشنهادى به شوراى عالى آموزش و پرورش و انجام بررسى‌هاى لازم و اظهارنظر در مورد موضوعاتى که از طرف شوراى عالى آموزش و پرورش، رئيس شوراى عالى و يا دبيرکل به کميسيون ارجاع مى‌گردد و هم‌چنين همکارى لازم با ساير مؤسسات در مورد نحوهٔ تدوين برنامه‌ها، اساسنامه‌ها و آئين‌نامه‌هاى مؤسسات آموزشى.


اين کميسيون پس از پيروزى انقلاب اسلامى تاکنون به‌صورت هفتگى تشکيل جلسه داده است و کليهٔ موضوعاتى را که در شوراى عالى آموزش و پرورش به تصويب رسيده قبل از طرح در شورا مورد بررسى اوليه قرار داده و در مواردى‌که طرح موضوع در شورا لازم نبوده نسبت به تهيهٔ پاسخ لازم اقدام کرده است.

کميسيون خاص شوراى عالى آموزش و پرورش

از آنجا که حيطهٔ اختيارات و وظايف شوراى عالى آموزش و پرورش وسيع است و کليهٔ موضوعات اساسى در زمينهد تعليم و تربيت را دربرمى‌گيرد، به‌منظور تسريع کار شورا، در سيصد و شصت و پنجمين جلسهٔ شوراى عالى به تاريخ ۱۲/۱۰/۱۳۶۴، کميسيونى تحت عنوان کميسيون خاص شوراى عالى آموزش و پرورش به تصويب رسيد. تصميمات و مصوبات اين کميسيون برطبق مصوبات شوراى عالى است.


کميسيون مذکور مرکب از افراد زير است:


۱. سه نفر از اعضاء شوراى عالى آموزش و پرورش به انتخاب شورا


۲. دو نفر از صاحبنظران مسائل آموزش و پرورش به انتخاب شورا


۳. يک نفر صاحبنظر در مسائل آموزشى از شاخهٔ معاونت امور آموزشى به پيشنهاد آن معاونت و تصويب شورا


۴. دبيرکل شوراى عالى آموزش و پرورش


برابر مادهٔ ۲ آئين‌نامهٔ کميسيون مذکور، وظايف و اختيارات آن به‌شرح زير است:


- تفسير و تشخيص مصاديق آراء مصوب شوراى عالى آموزش و پرورش (براساس مذاکرات جلسات شوراى عالى)


- اتخاذ تصميم درخصوص فرد يا افرادى که بنا به عللى (خارج از اختيارات آنان) مصوبات شوراى عالى در مورد آنها اجراء نشده است.


- اتخاذ تصميم درخصوص مواردى‌که به‌علت شرايط استثنائى و يا اضطراري، اجراء مصوبات شوراى عالى در آن موارد امکان‌پذير نباشد.


- بررسى و اتخاذ تصميم درخصوص مواردى‌که از طرف شوراى عالى محول مى‌گردد.


برابر مادهٔ ۷ همان آئين‌نامه، مصوبات کميسيون در حکم مصوبات شوراى عالى آموزش و پرورش است.