او با به سلطنت رسيدن مخالفت خود با مشروطه را علنى کرد. مشيرالدوله را برکنار و امين‌السلطان را به صدرات خود برگزيد ولى اين صدرات طولى نکشيد و او در ۲۲ رجب ۱۳۲۵ هنگام خروج از مجلس کشته شد. قرارداد ۱۹۰۷: در همين سال دولت‌هاى بريتانيا و روسيه که از تحولات ايران و هند و نيز حضور آلمان در اين منطقه بيمناک شده بودند قرار داد ۱۹۰۷ را ميان خود منقعد نمودند که طبق آن ايران به سه منطقه تقسيم مى‌شد. منطقهٔ شمالى (حوزهٔ نفوذ بريتانيا) بود. اين قرارداد خشم و هيجان زيادى در ايران به بار آورد و مجلس نيز مخالفت خود را اعلام کرد و دولت نيز اعلام کرد که اين موافقتنامه را به رسميت نمى‌شناسد. محمدعليشاه که تحت فشار شرايط ناچار به امضاء متمم قانون‌اساسى شد (۱۳۲۵) به حفظ مشروطيت و اصول آزادى به قرآن قسم خورد. اصابت يک نارنجک دستى به ماشين شاه در ۱۳۲۶ باعث شد که او آن را از ناحيهٔ مجلس بداند و دست به توقيف و تبعيد عده‌اى از وزراء و وکلاى مجلس و ناطقين بزند و در ۲۳ جمادى‌الاول ۱۳۲۶ مجلس را به دستيارى لياخوف روس و عده‌اى قزاق به توپ بست.
با اين حادثه مشروطهٔ اوّل ايران پايان گرفت و دوران استبداد صغير شروع شد. سيدمحمد‌طباطبائى و سيدعبدالله بهبهانى از علماء طرفدار مشروطه تبعيد شدند و عده‌اى از ناطقين و روزنامه‌نويسان از جمله سيدجمال‌الدين واعظ اصفهاني، ملک‌المتکلمين و ميرزاجهانگيرخان صوراسرافيل در باغشاه به قتل رسيدند و عده‌اى ناچار به مهاجرت شدند. در اين هنگام قيام تبريز به رهبرى ستارخان و باقرخان شروع شد. آنها خواهان احياء مشروطه و تشکيل مجلس بودند. محمدعليشاه براى سرکوبى قيام سپاهى به فرماندهى عين‌الدوله با محاصرهٔ شهر باعث ايجاد قحطى شديدى در هر شد. دولت روسيهٔ تزارى که انقلاب را در کشور خود از بين برده بود همه گونه کمک به محمدعليشاه مى‌داد. با طولانى شدن جنگ در تبزير قيام به اصفهان و رشت و مشهد نيز رسيد. در گيلان آزاديخواهان رشت را تصرف کردند و خان‌هاى بختيارى حکومت اصفهان را به‌دست گرفتند و در نقاط ديگر نيز بسيارى شهرها به‌دست مشروطه‌خواهان افتاد. اگر چه قيام تبريز به‌دست نيروهاى تزارى فرونشانده شد ولى در نتيجهٔ حملهٔ مجاهدين گيلان و دستجات بختيارى به تهران و سقوط اين شهر به‌دست آنها، محمدعليشاه از سلطنت خلع و پسر او احمد به‌عنوان شاه معرفى شد و محمدعليشاه با مقررى تعيين شده به خارج از کشور رفت. در اين گيرودار در ۱۹۰۸ / ۱۳۲۶در جنوب‌غربى ايران نفت کشف شد و در ۱۹۰۹/ ۱۳۲۷ شرکت نفت ايران و انگليس تأسيس شد.