منطقه ويژه اقتصادى خرمشهر به مساحت تقريبى ۲۳۰ هکتار در کنار اروندرود و در جنب گمرکات اين بندر ايجاد و به‌عنوان منطقه دوم به منطقه ويژه اقتصادى خوزستان اضافه و سازمان بنادر و کشتيرانى جمهورى اسلامى ايران به‌عنوان سازمان مسئول منطقه مزبور تعيين شده است.
حدود اختيارات سازمان مسئول ياد شده برطبق تصويب‌نامه شماره ۴۲۸۹۰/ت ۱۵۰۰۳/ک مورخ ۲۳/۳/۱۳۷۴ و اصلاحات بعدى آن و با رعايت قوانين و مقررات جارى کشور مى‌باشد.
منطقه ويژه اقتصادى بندر خرمشهر با مديريت سازمان بنادر و کشتيرانى به‌عنوان منطقه دوم منطقه ويژه اقتصادى خوزستان براساس مصوبه شماره ۵۸۳۸۲/ت ۱۸۲۵۱/ک مورخ ۳۰/۴/۷۶ شوراء عالى مناطق آزاد تجارى - صنعتى با برخوردارى از امکانات وسيع آمادگى خود را براى ارائه خدمات نگهدارى و انباردارى و توليد (بسته‌بندي، تبديل، مونتاژ و ...) کالا به بازرگانان و صاحبان صنايع و معادن اعلام مى‌دارد.
اعم فعاليت‌هاى مجاز منطقه ويژه اقتصادى بندر خرمشهر:
۱. نگهدارى امانى کالا
۲. تسريع و تسهيل در دستيابى به کالا، براى نزديک کردن صحنه فعاليت صاحبان کالا اعم از مواد اوليه، ماشين‌آلات و ساير کالاهاى ساخته شده با مصرف‌کنندگان داخلى به‌منظور پشتيبانى از توليد داخلى.
۳. پردازش کالا يا ايجاد تغييرات در آن براى تحصيل ارزش افزوده با استفاده از امکانات بالقوه.
۴. فراهم نمودن تسهيلات لازم جهت دستيابى خريداران عمده داخلى و خارجى به کالاهاى مورد نياز خود در اين مناطق، نزديک کردن بازارهاى تجارى منطقه‌اى و بسط و توسعه تجارت خارجى کشور.
۵. بهره‌بردارى مفيد از بازارهاى منطقه‌اى با استفاده از تمامى تسهيلات ترانزيت داخلى و خارجى صادرات و واردات.
۶. جذب سرمايه و امکانات داخلى و خارجى براى موارد فوق‌الذکر به‌منظور نيل به اهداف موردنظر با رعايت قوانين و مقررات مربوط.
ورود کالا از خارج کشور يا مناطق آزاد تجارى و صنعتى و ساير مناطق ويژه اقتصادى به منطقه و ترانزيت داخلى و تسهيلات ويژه براى انتقال کالاهاى توليد شده در منطقه ويژه اقتصادى بندر خرمشهر به ساير نقاط کشور:
۱. واردات درصدى از کالاهاى توليد شده در منطقه به داخل کشور، معادل نسبتى از مجموع ارزش افزوده و مواد و قطعات داخلى به کار رفته به قيمت کل کالاى توليدى بدون هرگونه محدوديتى مجاز است و علاوه بر عدم نياز به ثبت سفارش و گشايش اعتبار مشمول شرط غير مجاز و مجاز مشروط نيز هست.
۲. نسبت منظور در بند (۱) اين تصويب‌نامه توسط کميسيونى مرکب از نمايندگان وزارتخانه توليدى ذى‌ربط، وزارت بازرگاني، بانک مرکزى جمهورى اسلامى ايران، دبيرخانه شوراء عالى مناطق آزاد تجارى - صنعتى و سازمان منطقه مربوط (سازمان بنادر و کشتيراني) که در محل دبيرخانه شوراء عالى مناطق آزاد تجارى - صنعتى تشکيل مى‌شود با اکثريت آراء تعيين مى‌گردد.
۳. گمرک ايران براساس تشخيص کميسيون موضوع بند (۲) اين تصويب‌نامه، سهم سالانه از توليد هر واحد توليدى براى واردات به داخل کشور را تعيين مى‌کند.
تبصره:
روش اجرائى محاسبه درصد مجاز ورود کالاهاى توليد شده در منطقه ويژه اقتصادى بندر خرمشهر به داخل کشور به ترتيب زير خواهد بود:
درصد مجاز ورود کالا = قيمت CIF قطعات و مواد وارداتى از خارج از کشور ويژه اقتصادى - قيمت محصول توليدى /قيمت محصول توليدى
قيمت محصول توليدى عبارت است از: قيمت CIF محصول ساخته شده وارداتى از کشور سازنده و قطعات و مواد وارداتى.