کنترل واردات و صادرات کالا از کيش به ساير نقاط دنيا و بالعکس به عهده گمرک سازمان منطقه آزاد کيش است.
عمليات گمرکى در منطقه آزاد کيش با سرعت و سهولت انجام مى‌شود. اما اين سرعت و سهولت ناشى از حذف تشريفات قانونى نيست. در منطقه آزاد کيش کليه کالاهاى تجارى که از طريق هواپيما يا کشتى وارد جزيره مى‌شود، ابتدا به انبارهاى گمرک منتقل و قبض انبار آن به شرکت حمل‌کننده يا ناخداى شناور حمل مى‌گردد. صاحبان کالا با در دست داشتن قبض انبار و بارنامه يا مانيفست، صورت‌حساب خريد (فاکتور)، ليست عدل بندى کالا گواهى مبداء و گواهى بهداشت (حسب مورد) در واحد ارزشيابى گمرک منطقه آزاد کيش مراجعه مىنمايند.
اسناد فوق‌الذکر در واحدهاى ارزشيابى گمرک مورد رسيدگى قرار مى‌گيرد. سپس واحد محاسبه عوارض بر مبناى نظر واحد ارزشيابى اقدام به صدور صورت حساب مى‌نمايد. پس از صدور پروانه ترخيص، ارزيابى و شمارش کالا توسط سرويس ارزيابى گمرک انجام و در صورت انطباق اسناد با کالاى وارده، اجازه بارگيرى جهت خروج از گمرک داده مى‌شود و در آخرين مرحله پس از تائيد انتظامات درب خروج گمرک، ترخيص کالا با امضاء مديريت گمرک صورت مى‌گيرد.
کليه امور گمرکى منطقه آزاد کيش توسط سه واحد تابعه شرکت بازرگانى کيش انجام مى‌شود:
۱. گمرک فرودگاه کيش: وظيفه گمرک فرودگاه کيش عبارت است از:
- کنترل پروازهاى خارجى به کيش از جهت مقدار و تنوع کالاى همراه مسافر و کالاهاى تجارى و تعيين و اخذ ?عوارض کالا? برابر قانون مناطق آزاد کشور.
۲. گمرک بندرگاه: وظيفه گمرک بندرگاه عبارت است از:
- نظارت بر واردات و صادرات کالاهائى که از طريق خطوط دريائى به جزيره کيش وارد يا از آن خارج مى‌شود، طبق قوانين و ضوابط مناطق آزاد کشور و تعيين و اخذ ?عوارض کالا?.
- صدور گواهى مبداء
- صدور اجازه کتبى ورود و خروج (مانيفست) براى شناورها
- صدور کارت مسافري:
مسافرانى که از ساير نقاط کشور به کيش سفر مى‌کنند، ضمن استراحت و سياحت در کيش، معمولاً بخشى از مايحتاج خويش را نيز خريدارى مىنمايند.
مسافران کيش جهت استفاده از معافيت گمرکى کالاى همراه مسافر تا سقف ۸۰ دلار مى‌توانند با در دست داشتن شناسنامه يا پاسپورت يا گواهى‌نامه رانندگى و واريز مبلغ ۱۰۰،۰۰۰ ريال به حساب سازمان منطقه آزاد کيش، از واحد صدور کارت مسافرى شرکت بازرگانى کيش واقع در خيابان سنائي، حدفاصل بازارهاى مريم و بهکيش، جنب فروشگاه صيد کيش، کارت مسافرى دريافت نمايند.
از آنجا که هر مسافر در سال فقط يکبار مى‌تواند از معافيت گمرکى کالاى همراه مسافر استفاده نمايند، واحد صدور کارت مسافرى براى مسافرانى که بيش از يک بار در سال تقاضاى کارت مسافرى مىنمايند با دريافت ۱۰۰،۰۰۰ ريال بابت عوارض منطقه آزاد کيش کارت تکرارى (با قيد عبارت تکرارى برروى کارت) صادر مى‌نمايد. دارندگان کارت تکرارى مجاز خواهند بود کالاى خود را از کيش خارج نموده و در گمرک شهر مقصد، مطابق قوانين جارى کشور و حقوق و عوارض گمرکى آن را پرداخت نمايند.