رسيدگى به سيستم کنترل داخلى برقرار شده در دستگاه مورد رسيدگى در هر حسابرسى بايد مورد توجه حسابرس قرار گيرد. ولى با توجه به تعريف کنترل داخلى و دامنهٔ وسيع آن، به‌خوبى مى‌توان دريافت که بعضى از جنبه‌هاى کنترل داخلى که کاملاً خارج از حدود امور مالى دستگاه است ارتباطى به‌کار حسابرس ندارد و رسيدگى وى نسبت به آن اگرچه احتمالاً فوايدى در بَر خواهد داشت ولى از حدود مأموريت وى بيرون خواهد بود. بدين لحاظ حسابرسان جنبه‌هاى مالى و حسابدارى کنترل داخلى را از ساير جنبه‌هاى آن تفکيک کرده و فقط کنترل‌هائى را مورد توجه و مطالعه قرار مى‌دهند که مستقيماً در امور مالى دستگاه و چگونگى گردش آن مؤثر باشد. براى مثال اگر مؤسسه‌اى براى تعيين دقيق روش‌ها و استخدام و کارگزينى خود دستورالعمل جامعى تهيه کرده باشد، با آنکه اين امر از لحاظ بالا بودن کارآئى مؤسسه در اين زمينهٔ به‌خصوص جزئى از سيستم کنترل داخلى آن به‌شمار خواهد رفت مع‌هذا رسيدگى به چگونگى اجراء آن چندان مورد توجه حسابرس نخواهد بود چه از لحاظ هدف نهائى وى يعنى اظهارنظر نسبت به صورت‌هاى مالى نهائى مؤسسه اثرى ندارد. ولى اگر در همان مؤسسه مقرر شده باشد که در پايان هر ماه صورت‌حساب کاملى از حساب هر يک از مشتريان تهيه و به نشانى بدهکاران مربوط فرستاده شود، اين امر يک نوع کنترل داخلى مالى است و بدون شک مورد توجه و بررسى حسابرس قرار خواهد گرفت. انجمن حسابداران رسمى آمريکا در دستورنامهٔ شمارهٔ ۲۹ از مجموعه دستورنامه‌هاى خود در مورد روش‌هاى حسابرسي، کنترل‌هاى داخلى را به دو طبقه حسابداري و اداري به‌شرح زير تقسيم کرده است.


کنترل‌هاى حسابدارى متشکل از طرح سازمانى و کليهٔ مقررات و روش‌هائى که مستقيماً به حفاظت از دارائى و نگاهدارى مدارک مالى قابل اطمينان ارتباط داشته باشد. کنترل‌هاى حسابدارى از جمله شامل روش‌هاى مربوط به تصويب و اجازهٔ خرج، تفکيک وظايف تهيه کنندگان دفاتر و مدارک مالى از مجريان امور عملياتى و يا مسؤولين حفظ دارائى‌ها، نظارت عينى نسبت به دارائى‌ها، حسابرسى داخلى و غيره مى‌باشد.


کنترل‌هاى ادارى متشکل از طرح سازمانى و کليهٔ مقررات و روش‌هائى که بيشتر به کارآئى عملياتى و پيروى از سياست‌هاى مديريت ارتباط داشته باشند و فقط به‌طور غيرمستقيم به مدارک مالى دستگاه مربوط گردند. اين نوع کنترل معمولاً شامل روش‌هائى از قبيل تجزيه و تحليل‌هاى آماري، مطالعات حرکت و زمان، گزارش‌هاى پيشرفت کار، برنامه‌هاى آموزشى کارکنان، کنترل مرغوبيّت توليد و غيره مى‌گردد.