تدوين و پياده کردن يک طرح سازمانى مناسب را شايد بتوان قدم اول در ايجاد و استقرار يک سيستم کنترل داخلى دانست. منظور از تدوين و پياده کردن يک طرح سازمانى يا سازمان دادن آن است که وظايف گوناگون دستگاه با توجه به هدف‌ها و عمليات آن به‌نحو مناسبى طبقه‌بندى شده و براى هر وظيفه مشخص (يا گروهى از وظايف مرتبط) مسؤول يا مسؤولانى در نظر گرفته شوند. اهميت اين امر از لحاظ کنترل داخلى در آن است که بدين ترتيب علاوه بر آنکه وظايف و مسؤوليت‌هاى فردى هر يک از کارکنان معين مى‌شود، روابط سازمانى کارکنان هر قسمت و هم‌چنين روابط واحدهاى مختلف با يکديگر نيز مشخص شده و عمليات گوناگون دستگاه با هماهنگى و تحت نظارت‌هاى حساب شده انجام مى‌گردد.


از جمله مسائلى که در تدوين هر طرح سازمانى بايد مورد توجه قرار گيرد آن است که وظايفى که به‌طور مستقيم يا غيرمستقيم شامل نوعى مسؤوليت مالى است به‌نحوى تفکيک گردند که در مراحل تصويب، انجام و ثبت هر عمل مالى و حسابدارى حتّى‌المقدور دو يا چند نفر دخالت داشته و کار هر يک از آنان مستقل و به منزلهٔ کنترل کار ديگرى باشد. اين نوع کنترل که در اصطلاح حسابدارى و حسابرسى نظارت داخلي ناميده مى‌شود علاوه بر جلوگيرى از اشتباهات، موجب مى‌شود که به‌‌‌جز آنکه دو يا چند نفر با هم سازش و تبانى کنند، امکان اشتباه و خطاکارى تا اندازهٔ بسيار زيادى محدود گردد و يا در صورت رويداد هرگونه اختلاس يا تقلب، موضوع هر چه زودتر آشکار و برملا شود. براى مثال اگر شخصى بتواند براى خريد کالا يا خدمتى به حساب دستگاه رأساً اقدام کرده، وجه مربوط به آن را نيز خود پرداخت نمايد و معامله را شخصاً در دفاتر حسابدارى به ثبت برساند، طبيعى است که امکان وقوع تقلب و حساب سازى به مراتب بيشتر از وقتى است که اشخاص متعددى در انجام اين امور دخالت داشته و هر يک بنا به وظايف خودآگاهانه و يا به‌طور ناخودآگاه کار ديگرى را کنترل و رسيدگى نمايد. بديهى است لزوم توجه به مسئلهٔ نظارت داخلى بدان معنى نيست که تعداد کارکنان دستگاه بيش از اندازه‌اى که براى انجام عملات آن مقرون به صرفه باشد، افزايش داده شود. هر دستگاه مى‌تواند با حفظ تعداد کارکنان خود در حدّ متعارف، وظايف آنان را به نحوى تفکيک و تعيين نمايد که امور مالى و حسابدارى آن با نظارت داخلى رضايت بخشى انجام پذيرد.


بديهى است تدوين طرح سازمانى مشترکى که در کليهٔ دستگاه‌ها قابل پياده‌کردن باشد امکان‌پذير نيست و اصولاً با تفاوت‌هائى که در نوع وظايف و ساير خصوصيات هر دستگاه نسبت به دستگاه‌هاى ديگر وجود دارد، لزومى ندارد که وجوه اشتراکى بين طرح سازمانى دستگاه‌هاى مختلف وجود داشته باشد. طرح سازمانى هر دستگاه بايد با خصوصيات ويژهٔ آن تهيه شده و مختص‌به آن باشد. هم‌چنين بايد توجه داشت که با تغييراتى که طبعاً در هدف‌ها، وظايف، روش‌ها و ترکيب پرسنلى دستگاه پيش مى‌آيد، طرح سازمانى تغيير داده مى‌شود و بنابراين در زمينهٔ حسابرسى نيز نمودار سازمانى دستگاه که براى نمايش گرافيک تشکيلات آن تهيه مى‌شود مى‌بايست در فواصل مرتبى مورد بررسى قرار گرفته و در صورت لزوم اصلاح گردد.