يکى ديگر از عوامل مؤثر در برقرارى يک سيستم کنترل داخلى مطلوب وجود داشتن روش‌هاى مشخصى براى انجام امور دستگاه و نظارت در اجراء صحيح آنها است. روش‌هائى که در يک دستگاه براى انجام هر يک از امور آن به‌کار برده مى‌شود البته اغلب به تدريج ايجاد و تکميل مى‌گردد و بستگى زيادى به ماهيت و ميزان عمليات دستگاه و ديگر خصوصيات آن دارد. در مؤسسات کوچک‌تر که ادارهٔ آنها از قابليت انعطاف بيشترى برخوردار است ايجاد و تکميل روش‌هاى کار امرى روزمره و خالى از تشريفات است. در اين مؤسسات آن مقدار از روش‌ها نيز که به‌نحوى از انحاء ايجاد و برقرار گرديده‌اند کمتر به‌صورت نوشته در مى‌آيد، چه از طرفى هر يک از روش‌ها تا اندازهٔ زيادى تابع سليقهٔ شخصى و متغيّر صاحبان يا مديران دستگاه مى‌باشد و از طرف ديگر کوچک بودن دستگاه، تدوين بخش‌نامه‌ها يا دستورالعمل‌هاى کتبى را چندان ايجاب نمى‌کند. با اين حال عدم وجود روش‌هاى مشخص در کليهٔ موارد لازم و يا کتبى نمودن دستورات و مقررات در اين نوع مؤسسات بنا به نظارت مستقيم صاحبان يا مديران آنها بر چگونگى انجام امور اشکالات زيادى به‌وجود نمى‌آورد. ولى در دستگاه‌هاى بزرگ ترکه نظارت مستقيم و شخصى صاحبان يا مديران دستگاه به کليهٔ امور طبعاً غيرمقدور و غيرعملى مى‌باشد، تدوين روش‌هاى حساب‌شده براى انجام امور مختلف و نظارت در پيروى صحيح از آنها اهميت زيادى پيدا مى‌کند.


صرف‌نظر از چگونگى تعيين روش‌ها، که در مورد مسائل مالى و حسابدارى در مبحث ديگرى مورد بحث قرار خواهد گرفت. نکتهٔ بسيار مهم آن است که براى ابلاغ روش‌هاى کار به مسؤولين امور سيستم مناسبى وجود داشته باشد تا مجريان مربوط حتماً از روش‌هاى تعيين شده يا هرگونه تفيير در آنها آگاهى کامل داشته و جوانب مختلف آن را به‌خوبى درک نمايند. بدين منظور در بسيارى از مؤسسات و سازمان‌ها در موارد مقتضى اقدام به صدور بخش‌نامه‌ها و يا آئين‌نامه گرديده و در مواردى نيز علاوه بر صدور دستورات کتبى و کتاب‌هاى راهنما و دستورالعمل‌ها، با تشکيل دادن جلسات و سمينارها و يا دوره‌هاى آموزشى کوتاه، مسؤولين امور را با روش‌هاى انجام کار يا بعضى از جنبه‌هاى دشوار آن آشنا مى‌سازند.


روش‌هاى کار تا آنجا که به‌طور مستقيم يا غيرمستقيم به امور مالى و حسابدارى دستگاه مربوط مى‌گردد بايد طورى تعيين شود که حتى‌المقدور:


- ايجاد هرگونه تعهد مالى يا هزينه با تصويب قبلى مقامى مسؤول و مستقل از مجرى مربوط صورت گيرد.


- ميزان درآمدهاى قابل وصول در مقابل فروش کالا يا انجام کار بر اساس معيارهاى وضع شده توسط مقامى مستقل از مجرى فروش تعيين شود.


- تحويل کالا به دستگاه و يا توسط آن به وسيلهٔ شخصى مستقل از مجرى خريد يا فروش تائيد گردد.


- مدارک مربوط به روشنى نشان دهد که مراتب فوق برحسب مورد مراعات شده است.


- ثبت و ضبط کليهٔ رويدادهاى مالى و حسابدارى تحت نظارت اشخاص مستقل از مجريان عملياتى بوده و مدارک و دفاتر حسابدارى تصويرى دقيق و روشن از اوضاع مالى دستگاه به‌دست دهد.


- منابع مالى و دارائى‌هاى دستگاه به‌نحوى صحيح نگاهدارى شده و به‌هيچ‌وجه مورد سوءاستفاده يا عمليات غيرمجاز واقع نگردد.


- در کليهٔ امور مالى و حسابداري، کار هر فرد به‌طور مستقيم يا غيرمستقيم مورد کنترل مجددّ قرار گرفته و به‌خصوص هيچ عمل مالى و حسابدارى از آغاز تا پايان تنها توسط يک فرد انجام نپذيرد.


بديهى است نکات فوق معيارهاى ايده‌آلى است که پيروى کامل از آنها در کليهٔ موارد احتمالاً امکان‌پذير نمى‌باشد و بنابراين بايد گفت حتى‌المقدور. مع‌هذا رعايت همهٔ اين نکات (و هر يک از آنها) در برقرارى يک سيستم کنترل داخلى مطلوب بسيار مؤثر است و به‌جز در موارد استثنائي، عدم‌ رعايت هر يک از نکات فوق باعث ايجاد نقاط ضعف در کنترل‌هاى داخلى خواهد شد.