سيستم کنترل داخلى مورد عمل در هر دستگاه از دو لحاظ در حسابرسى آن مورد توجه قرار مى‌گيرد. نخست آن‌که در چند دههٔ اخير، رسيدگى به کنترل‌هاى داخلى برقرار شده در دستگاه مورد رسيدگى جزء استانداردهاى پذيرفته شده و متداول حسابرسى قرار گرفته و به‌طورى که گفتيم حسابرس مکلف است رسيدگى‌هاى خود را بر اساس اصول و موازين قبول شده و متداول حسابرسى انجام داده و اين موضوع را در گزارش خود تصريح کند. دوم آن‌که به‌طورى که ذيلاً شرح داده خواهد شد چگونگى کنترل داخلى و قوّت يا ضعف آن در عمل، تا اندازهٔ بسيار زيادى در نوع رسيدگى‌هاى مورد لزوم حسابرسى و دامنه و عمق اين رسيدگى‌ها مؤثر است و بنابراين قبل از شروع به عمليات حسابرسي، لازم است حسابرس قوت و يا ضعف سيستم کنترل داخلى برقرار شده در سازمان مورد رسيدگى را بررسى نموده و برنامهٔ حسابرسى خود را با توجه به آن تنظيم نمايد.


در دستگاه‌هاى کوچک که حجم عمليات چه از نقطه‌نظر بازرگانى و چه از لحاظ مالى و حسابدارى چندان زياد نيست، حسابرس مى‌تواند بدون صرف وقت زياد کليهٔ عمليات ثبت شده در دفاتر را با توجه به تمامى جزئيات مربوط به هر يک مورد رسيدگى قرار دهد. در چنين شرايطى حسابرس از صحت يا عدم صحت صورت‌هاى مالى موضوع گزارش خود اطمينان کامل خواهد داشت و اظهار عقيدهٔ وى نسبت به‌صورت‌هاى مالى مذکور بر اساس يک رسيدگى کامل خواهد بود. ولى در بيشتر سازمان‌ها تعداد عمليات به‌قدرى زياد است که رسيدگى به کليهٔ آنها در مدت زمانى معقول امکان‌پذير نيست و بدين ترتيب از تاريخ ارجاع هر حسابرسى مدت زيادى به طول مى‌انجامد تا حسابرس بتواند گزارش خود را ارائه نمايد. از طرف ديگر مرور در تعريف کنترل داخلى به خاطر خواهد آورد که يکى از هدف‌هاى عمدهٔ کنترل داخلى آن است که مدارک مالى و عملياتى دستگاه به‌نحوى رضايت‌بخش و قابل اطمينان نگاهدارى شود و بنابراين به فرض آنکه در دستگاه مورد رسيدگى سيستم کنترل داخلى خوب و مؤثرى برقرار باشد رسيدگى به کليهٔ عمليات آن علاوه بر آنکه ضرورى نيست بلکه موجب اتلاف وقت و هزينه نيز خواهد بود. در چنين شرايط، يعنى در صورتى‌که حسابرس شخصاً از مناسب بودن سيستم کنترل داخلى براى عمليات دستگاه و کافى بودن و مؤثر بودن آن اطمينان داشته باشد، اساساً نيازى به رسيدگى به جزئيات عمليات دستگاه نخواهد بود.


البته بايد توجه داشت که براى اطمينان يافتن از مناسبت و کفايت سيستم کنترل داخلى دستگاه لازم است لااقل مقدارى از عمليات آن به‌عنوان نمونه مورد رسيدگى و آزمايش قرار گيرد. حال اگر رسيدگى‌هاى انجام يافته حاکى از وجود يک سيستم کنترل داخلى مؤثر و مطلوب باشد حسابرس بدون نياز به رسيدگى به بقيهٔ عمليات دستگاه در واقع نتيجه گرفته است که دفاتر و مدارک آن قابل اطمينان است و صورت‌هاى مالى نهائى که از دفاتر و مدارک مذکور استخراج گرديده يا خواهد گرديد قاعدتاً بايد درست باشد. اما در صورتى‌که با انجام رسيدگى‌ها و آزمايش‌هاى محدود فوق نتيجه قاطعى در جهت آشکار نمودن نقاط ضعفى در آن به‌دست نيايد، لازم خواهد بود حسابرس رسيدگى‌هاى خود را توسعه داده و به‌عبارت ديگر اقلام بيشترى را مورد بررسى قرار دهد. چنان‌چه معلوم شود سيستم کنترل داخلى از بعضى لحاظ داراى نقاط ضعفى مى‌باشد طبعاً براى اطمينان يافتن از صحت عمليات ثبت شده، حسابرس در آن مورد يا موارد به‌خصوص رسيدگى‌هاى بيشترى به‌عمل مى‌آورد.


در سازمان‌هائى که سيستم کنترل داخلى مؤثر و مناسبى وجود ندارد و يا کنترل‌هاى داخلى موجود اساساً قابل اطمينان نباشد وضع به‌طور ديگرى است. در اين نوع سازمان‌ها حسابرس براى اطمينان يافتن از قابليّت اطمينان و کافى بودن مدارک و دفاتر حسابدارى ناچار است هر چه بيشتر ريز عمليات مربوط را مورد رسيدگى قرار دهد. پس به‌طورى که ملاحظه مى‌شود حجم عمليات مورد رسيدگى تا اندازهٔ زيادى تابع چگونگى سيستم کنترل داخلى تئورئيک و عملى است که در دستگاه مورد رسيدگى استقرار يافته است. هر چقدر که کنترل‌هاى داخلى مؤثرتر و بهتر باشد احتياج به رسيد‌گى‌ها و آزمايش‌هاى محدودترى خواهد بود و برعکس هر چقدر سيستم کنترل داخلى ضعيف‌تر باشد احتياج به رسيدگى‌هاى دامنه‌دارتر و عميق‌ترى وجود خواهد داشت، تا آنجا که در صورت عدم‌وجود يک سيستم نسبتاً مؤثر و مناسب، ممکن است ضرورت بيابد که حسابرس کليهٔ عمليات مربوط را مورد رسيدگى قرار دهد.