کنترل‌هاى سيستم‌هاى کامپيوترى و کنترل‌هاى استفاده کنندگان از سيستم‌هاى مزبور مى‌تواند مکمل يکديگر باشد. حسابرس کنترل‌هاى عمومى و کاربردى سيستم‌هاى کامپيوترى را به‌طور مستقل و يا همراه با کنترل‌هاى استفاده کننده ارزيابي، و بر هر يک يا ترکيبى از آنها اتکاء مى‌کند. البته امکان دارد که پس از بررسى مشخص شود که هيچ‌يک از کنترل‌هاى مزبور قابل اتکاء نيست. اتخاذ تصميم در اين مورد به‌نظر تخصصى حسابرس بستگى دارد.


ميزان اتکاء حسابرس بر کنترل‌هاى داخلى سيستم‌هاى کامپيوترى مالى پايه‌اى براى تعيين نوع، حدود و زمان‌بندى آزمون‌هاى محتوا توسط حسابرس است.