به‌دليل تأثير سيستم عامل در تمام پردازش‌هاى کامپيوتري، ممکن است حسابرس هنگام مطالعه و ارزيابى کنترل‌هاى داخلى سيستم‌هاى کامپيوتري، سيستم‌ عامل ار نيز مطالعه و ارزيابى کند. براى مطالعه و ارزيابى کنترل‌هاى سيستم عامل که در مرکز خدمات کامپيوترى مورد استفاده است حسابرس مى‌تواند به يکى از دو روش زير اقدام نمايد:


- تعيين کنترل‌هاى مورد استفاده سيستم عامل موجود و مقايسه آن با کنترل‌هاى عمومى که توسط سيستم عامل قابل اعمال است.


- بررسى مجموعه امکانات کنترلى سيستم عامل مورد استفاده از طريق مطالعه کاتالوگ مشخصات و ساير مدارک مربوطه و تعيين کنترل‌هاى مورد استفاده قرار گرفته و کنترل‌هائى که در مرحله متناسب‌سازى و راه‌اندازى سيستم عامل از مجموعه مزبور حذف شده است. با اين روش، حسابرس با تمام کنترل‌هاى نرم‌افزارى و ساير ويژگى‌هاى سيستم عامل که ممکن است مورد استفاده حسابرسى قرار گيرد آشنا مى‌شود و مى‌تواند درباره علل عدم استفاه از کنترل‌هاى حذف شده نيز برررسى کند.


بررسى برنامه‌هاى سيستم عامل که کارى بسيار مشکل و فنى است معمولاً لزومى ندارد مگر اينکه شواهدى حاکى از سوء جرياناتى در استفاده از سيستم عامل يا انجام تغييرات غيرمجازى در آن وجود داشته باشد. تفکيک وظايف و دواير اپراتورها، برنامه‌نويسان سيستم‌هاى کاربردى و برنامه‌نويسان سيستم، در کنترل سوءجريانات احتمالى بسيار مؤثر است. اپراتورها که در اتاق کامپيوتر هستند معمولاً دانش لازم براى دستکارى در سيستم عامل را ندارند و برنامه‌نويسان سيستم که متخصص سيستم‌ عامل مى‌باشند نبايد اجراءِ سيستم‌هاى کاربردى را به ‌عهده داشته باشند تا آنها را مجاز به ورود و جلوس در اتاق کامپيوتر نمايد.