خانقاه يا خانکاه ـ اقامتگاه و محل خلوت و عبادت صوفيان است که آن را به فارسى خانگاه گفته‌اند.
پيروان محمدابن‌کرام از مردم سيستان که رنگ تشبيه و تجسيم دارد و در روزگار سامانيان حتى سلطان محمود غزنوى در خراسان و در روزگار خوارزمشاهيان در هرات پراکنده بودند. و به آنان کراميان مى‌گفتند چون در ۲۵۵ هـ.ق محمدابن‌کرام در اورشليم درگذشت و در نزديک دروازه اريحا به خاک سپرده شد، پيروان وى که عادت به اعتکاف در زوايا داشتند بر سر گور او زاويه‌اى به نام خانقاه برافراشتند که در کتاب البدء و التاريخ و در احسن‌التقاسيم مقدسى از آن سخن به ميان آمده است. اين خانقاه مرکز نشر تعاليم کراميان گشت و به اين ترتيب کراميان ميان مدرسه و خانقاه جمع کردند و در ايجاد مدرسه و تشويق خانقاه‌نشينى تأثير فراوانى داشتند. چون کار ايجاد مدارسى چون نظاميه‌ها و نظاير آن بالا گرفت و فقيهان براى تعليم برنامه‌اى پديد آوردند خانقاه‌ها و رباط‌هاى مطوعه و زهاد هم که در ثغرهاى اسلام ـ و بعدها حتى در راه‌هاى واقع در قلب حوزه اسلام يا در داخل شهرها مخصوصاً به وسيله کراميه ـ عزلتگاه متصوفه و اهل زهد شده بود به اتکاء خيرات جارى و اوقاف مُستمر اهل خير به مراکز ثابت مخصوص عزلت و اعتکاف تبديل گشت. رفته‌رفته به‌طورى وسايل عزلت و راحت را براى زهاد و متصوفه تأمين کرد که در اواخر قرن ششم به قول ابن جبير آندلسي، صوفيه در اين خوانق به‌کلى از اندوه معيشت فارغ بودند و مثل شاهان در آسايش و نعمت به‌سر مى‌بردند و نعيم بهشت را هم در اين دنيا مى‌چشيدند. دعوت‌هاى آنان در اين مجالس با لذت موسيقى و سماع هم همراه بود... از کتاب جستجو در تصوف ايران ـ دکتر عبدالحسين زرين‌کوب
در بناى خانقاه تا حدى نظر آن بوده است که سياحان و فقيران صوفيه، در بلاد مختلف که سير و سياحت مى‌کرده‌اند، جاى و خوراک داشته باشند، و از اين‌رو، اشخاص متمکن که اين‌گونه بناها را در جاهاى مختلف مى‌ساخته‌اند، با اطعام اين مساکين نظر داشته‌اند.
در قرن پنجم هـ.ق و پس از آن، توانگران و نام‌آوران و نيکوکاران به ساختن خانقاه‌ها و توجه به صوفيه مى‌کوشيدند. چنانکه خواجه نظام‌الملک براى آن طائفه خانقاه‌ها ساخت. ابن‌بطوطه در غالب بلاد اسلامى از وجود خانقاه‌ها خبر مى‌دهد که مخارج آنها از درآمد موقوفات بزرگان و نيکوکاران بوده است. هر خانقاه شيخى داشته است که بر احوال ظاهر و باطن درويشان آنجا نظارت داشته است. به‌جز مقيمان خانقاه، که تعداد آنها مناسب با وسعت محل و درآمد اوقات آن بوده است. غالباً درويشان مسافر نيز در طى سفر و اکثراً براى مدت محدودى و گاه به قصد زيارت شيخ خانقاه وارد خانقاه مى‌شده‌اند. در باب هر يک از مقيم و مسافر آداب و قواعدى براى حضور در خانقاه وجود داشته است که ذکر آن در کتاب‌هاى کشف‌المحجوب، اسرارالتوحيد و عوارف‌المعارف آمده است.