سرزمين يزد بدليل قرار گرفتن در کنار شاهراه اصلى شرق و غرب ايران باستان، در نخستين سدهٔ اسلامى بدست مسلمانان افتاد. قبايل عرب به سوى ايران سرازير شده و گروهى از قبيله‌هاى بنى تميم و بنى عامر در کوى عرب‌هاى يزد مستقر شدند. هنگامى که ديلميان بر قسمت‌هاى غرب و جنوب ايران و عراق چيره شدند، جمعى از علويان هم به يزد آمدند و در کوى حسينيان سکونت گزيدند. سرشناس‌ترين آنها امامزاده سيدجعفر است. او در اين شهر درگذشت و قبرش از ديرباز زيارتگاه مردم است.
سلسله‌ها و حکّامى که پس از اسلام بر يزد حکومت کردند عبارتند از:
آل‌کاکويه
در دوران حکومت سلجوقيان، طغرل سلجوقي شهر اصفهان را از ظهيرالدين ابومنصور فرامرز کاکويي گرفت (سال ۴۴۳ هـ.ق) و به جاى آن شهرهاى يزد و ابرقو را به او واگذار کرد. حکمرانى ابومنصور فرامرز مصادف با فرمانروايى پادشاهان مقتدر سلجوقي، طغرل، آلب‌ارسلان و ملکشاه بود. پس از ابومنصور، فرزندش اميرعلي و سپس علاءالدوله کالنجار و پسرش امير فرامرز که هر سه در دستگاه سلجوقيان صاحب مقام بودند، حکومت يزد را بر عهده گرفتند. حکام آل‌کاکويه باعث آبادانى و ايجاد آثار متعدد در شهر يزد شدند و مساجد، مدارس و قنات‌هاى متعددى را در دهات و محلات مختلف شهر احداث کردند.
اميرعلى در محلهٔ شارستان (فهادان) مدرسه‌اى ساخت و جهت آرامگاه خود گنبدى بر فراز آن مدرسه برافراشت که به دو منار معروف شد. او مسجد جامعى ساخت که بعدها ضميمه مسجد جامع کبير يزد شد و به قول مستوفى بافقي اولين مناره در شهر يزد به دستور همسر اميرعلى بر فراز اين مسجد بنا شد.
همچنين در زمان حکمرانى وى خندق، برج و بارو و حصارى گرداگرد شهر کشيدند. آخرين حکمران آل‌کاکويه اميرفرامرز -نوهٔ اميرعلى بود که چون پس از مرگ فرزند ذکورى نداشت- حکومت يزد به دو دختر وى واگذار و رکن‌الدين سام‌ابن‌وردان روز به اتابکى آن گماشته شد و بدين ترتيب حکومت يزد از آل‌کاکويه به اتابکان منتقل شد.
اتابکان
رکن‌الدين سام نخستين امير اين خاندان پس از اندک زمانى در سال ۵۸۴ هـ.ق از کار اتابکى دختران اميرفرامرز کنار رفت و برادرش عزالدين به اتابکى رسيد. اتابکان يزد با ايجاد پيوندهاى زناشويى با سلجوقيان، روابط دوستانه‌اى را با دولت مرکزى آنها برقرار کردند و به تدريج زمام امور را بدست گرفتند؛ به‌طورى‌که هرگاه سلاجقه کرمان و قراختاييان آن سامان به مشکل برمى‌خوردند، از آنها کمک مى‌گرفتند.
پس از عزالدين وردان‌روز، اسفهسالار ابومنصور قطب‌الدين محمود، رکن‌الدين علاءالدوله، طغان‌شاه، علاءالدوله و رکن‌الدين يوسف‌شاه بر منطقهٔ يزد حکومت کردند.
آخرين حکمران اين خاندان حاجى شاه‌ابن‌يوسف بود که حکومت او در سال ۷۱۸ هـ.ق بدست امير مبارزالدين محمدابن‌مظفر از ميان رفت. اتابکان نيز آبادانى‌هايى در يزد ايجاد کردند که تعدادى از آنها هنوز پا برجاست.
مغولان
در زمان حکومت اسفهسالار ابومنصور قطب‌الدين، چنگيز مغول به ايران حمله کرد. اتابک يزد با زيرکى و دورانديشى چيرگى مغولان را پذيرفت و حکومت خود را از انهدام مصون داشت. در سايهٔ امنيت و آرامش نسبى در اين دوره، بازرگانى و مبادله کالاهاى مختلف رونق يافت و راهدارى و نگهدارى راه‌ها اهميت بسيارى پيدا کرد. ايلخانان مغول نيز حراست و امنيت راه‌هاى يزد را به شرف‌الدين‌مظفر واگذار کردند. او نيز چنان امنيتى در راه‌هاى يزد برقرار کرد که کيسه‌هاى زر و سيم را در راه مى‌نهاد و کسى شهامت دستبرد به آنها را نداشت.
آل‌مظفر
با افزايش امنيت راه‌ها، خاندان مظفر به پادشاهى يزد رسيدند. اميرمظفر بزرگ اين خاندان، از نوادگان غياث‌الدين خراساني بود که در دربار ايلخانان مغول خدمت مى‌کرد و به حکومت ميبد رسيد. پس از او، پسرش اميرمبارزالدين‌محمد در اوايل حکومت ابوسعيد بهادرخان (۷۳۶-۷۱۶ هـ.ق) به حکومت و راهدارى يزد انتخاب شد. در سال ۷۱۸ هـ.ق حاجى شاه‌ابن‌يوسف اتابک يزد را شکست داد و از سوى بهادرخان حکومت يزد نيز به او واگذار شد.
وى پس از مرگ بهادرخان، دم از استقلال زد و بر کرمان، شيراز و قلمرو حکومت ملوک شبانکاره در جنوب ايران چيره شد و در سال ۷۲۳ هـ.ق حکومت آل‌مظفر را تشکيل داد و بدين ترتيب، علاوه بر اهميت اقتصادى بازرگاني، اهميت سياسى قابل توجهى را نيز براى يزد بوجود آورد.
اميرمبازرالدين‌محمد در سال ۷۶۵ هـ.ق درگذشت و قلمرو او ميان پسرانش تقسيم شد؛ به‌طورى‌که، سلطان‌محمد در کرمان، شاه محمود در اصفهان، شاه‌يحيي در يزد شاه‌شجاع در فارس به حکومت پرداختند.
پس از مرگ شاه‌شجاع، ميان خاندان آل‌مظفر اختلاف افتاد و تيمور لنگ در سال ۷۹۵ هـ.ق با حمله به فارس و يزد، به حکومت آل‌مظفر پايان داد. در حکومت هفتاد و هفت سالهٔ آل‌مظفر (۷۹۵-۷۱۸ هـ.ق) منطقهٔ يزد به اوج شکوفايى فرهنگي، اجتماعى و اقتصادى رسيد. در مدارس، مساجد و خانقاه‌ها علوم گوناگون آموزش داده مى‌شد. رواج تصوف، از ديگر ويژگى‌هاى دورهٔ آل‌مظفر در يزد است. صوفيان در نزد خاندان مظفرى اعتبار و احترام ويژه‌اى داشتند.
تيموريان
در سال ۷۹۵ هـ.ق اميرتيمور به دنبال يورش سه سالهٔ خود، طومار دولت مظفرى را درنورديد و يزد را به يکى از نزديکان خود سپرد و به ماوراءالنهر بازگشت. پس از بازگشت تيمور، گروهى از همدلى مردم نسبت به آل‌مظفر سوءاستفاده کرده و يزد را از تصرف حاکم تيمورى درآوردند. چندى نگذشت که يزد بدست سلطان‌محمد پسر ابوسعيد طبسي افتاد.
حاکمان تيمورى شهرهاى اصفهان، نايين اردستان براى اعادهٔ نظم، به يزد لشکر کشيدند. اما، شکست خوردند. پس از اين شکست، حاکم تيمورى فارس با سپاهى فراوان رهسپار يزد شد و به امر تيمور، حاکم سيستان نيز او را همراهى کرد و يزد را پس از يک محاصرهٔ طولانى که به قحطى و مرگ و مير بسيارى انجاميد، دوباره پس گرفتند. تيمور دستور داد با مردم يزد مدارا کنند، قلعهٔ مبارکهٔ نايين‌قلعه را به بهترين وجه بسازند و ماليات دو سال را بخشيد.
اهميت اقتصادي، صنايع و بازرگانى يزد، تيمور را واداشت که از نابودى شهر يزد پيشگيرى کند.
صفويان
در زمان حکومت شاه‌اسماعيل صفوي شهر يزد در تصرف مرادبيک بايندري بود. شاه‌اسماعيل مدعيان را سرکوب و يزد را به تصرف درآورد. اما، افراط در تعصبات مذهبى و کشتارهاى بى‌مورد، خسارات معنوى بزرگى را در اين دوره به ايران به‌ويژه يزد، وارد کرد. کشتن دانشمند بزرگ قاضى ميرحسين ميبدي به اتهام اهل تسنن بودن، از جمله وقايعى بود که خشم مردم يزد را برانگيخت و منجر به بروز درگيرى‌هايى شد که نتيجهٔ آن کشته شدن عامل شاه‌اسماعيل بود.
پس از اين ماجرا، حاکم ابرکوه به يزد حمله کرد. شاه‌اسماعيل براى سرکوب او به يزد آمد و پس از چندى محاصره، وى را دستگير و در اصفهان سوزاند. پس از آن، شاه‌اسماعيل نعمت‌الله باقي از نسل شاه‌نعمت‌الله ولي -صوفى معروف- را به حکومت يزد گمارد. وى ديوانخانهٔ عباسيه و مسجد شاه‌تهماسب را در نزديکى ميدان بعثت کنونى ساخت. از ديگر حکام معروف دوران صفويان، ميرميران، مه‌روح‌وحشى بافقي و شاه‌ابوالوالي بانى مسجد شاه‌ولي تفت است.
در اين زمان، يزد بدليل موقعيت ويژهٔ تجاري، اهميت قابل توجهى پيدا کرد و به اوج رونق بازرگانى رسيد. ابريشم و پارچه‌هاى يزدى در بازارهاى اروپايى شناخته شد. بازرگانان هند، چين و ديگر کشورهاى آسيايى به ايران روى آوردند. در پايان دورهٔ صفويه که افغان‌ها به ايران حمله کردند، مردم يزد به رهبرى ميرزا عنايت‌سلطان دلاورى‌هاى بسيارى از خود نشان داده و مانع از فتح اين شهر بدست محمود افغان شدند. اشرف افغان جانشين محمود، پس از چهار سال نبرد، توانست يزد را فتح کند.
افشاريان و قاجاريه
نادرشاه پس از بيرون راندن افغان‌ها از ايران، محمدتقى خان بافقي -خواهرزادهٔ ميرزا عنايت‌سلطان- را به حکومت يزد منصوب کرد. وى و فرزندانش در طول حکومت سه سلسلهد افشاريه، زنديه و قاجاريه در نقش حاکم يا متوفى يزد خدمت کردند. اين خاندان خدمات ارزنده‌اى را در اين شهر ايفا کردند و آثار متعددى از جمله باغ دولت‌آباد، باغ ناصريه، مدرسهٔ خان، ميدان خان، حمام خان، بازار خان و ... را از خود به يادگار گذاشتند.