مدرسه فيضيه
بناى مدرسه چهار ايوانى است و دو طبقه با چهل حجرهٔ تحتانى متعلق به دورهٔ قاجار و چهل حجرهٔ فوقانى متعلق به سده چهاردهم هـ.ق (۱۳۴۰ هـ.ق) است که به اهتمام حضرت آيت‌الله حائرى يزدى بالاى حجره‌هاى پيشين در گرداگرد ميانسرا (حياط مرکزي) بنا شد. قديمى‌ترين بخش مدرسه، ايوان جنوبى آن است که مزين به کاشى‌کارى‌هاى زيباى معرق متعلق به دورهٔ صفوى است و سردر صحن عتيق آستانه مقدسه حضرت معصومه (س) محسوب مى‌شود. اين بخش داراى تاريخ ۹۲۹ هـ.ق است.
مدرسه حجتيه
مدرسه رضويه
اين مدرسه در خيابان طالقانى قرار دارد و از قديمى‌ترين مدارس شهر قم به شمار مى‌‌رود. مى‌گويند حضرت امام رضا (ع) در سفر خود از مدينه به مرو از قم گذر فرموده و در اينجا فرود آمده‌اند.
مدرسه دارالشفاء
مدرسه دارالشفاء که متصل به مدرسه فيضيه است، در اوايل دورهٔ قاجاريه تأسيس شد. اين مدرسه ابتدا به نام مدرسه فتحعلى‌شاه خوانده مى‌شد تا آن که در سال ۱۳۰۷ هـ.ق کامران ميرزاى قاجار سردر آن را تجديد کرد و حجره‌هاى آن را به دست تعمير سپرد. از آن زمان اين مدرسه دارالشفاء نام گرفته است. اين مدرسه به علت فرسودگى زياد بعد از انقلاب اسلامى به کلى تخريب و تجديد بنا شد. اين مکان دويست حجره و يک سالن نمايش مجهز براى برگزارى گردهمايى دارد.
مدرسه ستيه
مدرسه ستيه واقع در ميدان مير شهر قم جايگاه عبادت حضرت معصومه (س) بود و اکنون عبادتگاه آن به طرز جالبى بنا شده است. در اطراف اين مدرسه حجره‌هايى براى طلاب علوم دينى ساخته شده است.
مدرسه حضرت آيت‌الله گلپايگانى
اين مدرسه در خيابان آيت‌الله گلپايگانى مرعشى روبه‌روى مدفن شهداى آزادى خرمشهر قرار دارد. مهم‌ترين درس‌هاى حوزه علميه شهر قم در اين مکان برگزار مى‌شود.
مدرسه معصوميه
اين مدرسه در سال ۱۳۶۰ شمسى از بودجه آستانه مقدسه حضرت معصومه (س) با وسعت ۱۵،۰۰۰ متر مربع و زير بناى ۲۸،۰۰۰ متر مربع احداث شد و در سال ۱۳۶۸ شمسى مورد بهره‌بردارى قرار گرفت. مدرسه معصوميه داراى سالن اجتماعات و مسجدى بزرگ است.