هارون‌الرشيد در سال ۱۹۳ هجرى قمرى جهت سرکوب شورش رافع‌بن‌نصر سيار به خراسان آمد و در پى بيمارى سختى در سناباد درگذشت و در همان مکانى که اقامت گزيده بود به خاک سپرده شد (هندوشاه نخجواني، تجارب‌السلف، به تصحيح و اهتمام عباس اقبال، کتابخانهٔ طهوري، تهران ۱۳۷۵، ص ۱۴۲). بسيارى از مورخان محل اقامت هارون را کاخ حميد‌بن قحطبه ذکر کرده‌اند (عزيزالله عطاردي، تاريخ آستان قدس رضوي، جلد اول، سازمان چاپ و انتشارات وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامى - انتشارات عطارد، تهران ۱۳۷۱، ص ۶۰).
حضرت امام رضا (ع) نيز در آخر صفر سال ۲۰۳ هجرى قمرى در نوقان به شهادت رسيدند و به دستور مأمون در مجاورت هارون‌الرشيد به خاک سپرده شدند.
در اينکه مدفن امام رضا (ع) در درون يا خارج از کاخ قرار داشته اختلاف‌نظر است اما از حديث اباصلت هروي که شيخ صدوق آن را در عيون‌الخبار آورده مى‌توان نتيجه گرفت که گور هارون در فضاى باز و محلى بوده که مأمون بر آن قبه‌اى ساخته به‌نام هارونيه و پيکر پاک امام (ع) را هم در درون آن قبه به خاک سپرده‌اند ٭ بنابراين مدفن امام رضا (ع) از همان ابتدا داراى قبه‌اى بوده است و مشخص نيست که کى و چگونه بناى هارونيه تغيير شکل داده و بقعه‌اى ويژهٔ امام رضا (ع) بر فراز مدفن ايشان ساخته شده است. بنابر کتاب‌هاى جغرافيائى که در سدهٔ چهارم هجرى نوشته شده‌اند، حرم حضرت در آن قرن محل و مأمن زائران و مجاوران بوده و حصارى مستحکم داشته است (سفرنامهٔ ابن‌حوقل، ترجمه و تصحيح دکتر جعفر شعار، اميرکبير، تهران، ۱۳۶۶ ص ۱۶۹).
٭ همان صص ۵۹-۵۸، حديث اباصلت هروى اين است: امام رضا (ع) به ابوصلت فرمودند: وارد قبهٔ هارون شويد و از آنجا براى من خاک بياوريد ... عطاردي، ص ۵۸.
آنچه مسلم است سامانيان و غزنويان در آبادانى بيشتر حرم رضوى کوشيده‌اند (خواجه ابوالفضل محمد بن بيهقي، تاريخ بيهقي، تصحيح دکتر على‌اکبر فياض، دانشگاه فردوسى مشهد ۱۳۵۰ ش صص ۵۳۱، ۵۳۲، ۷۱۲، ۷۱۳).
بنابر کتيبهٔ نسخ سنگ مرقد مطهر امام رضا (ع) که در سال ۵۱۶ هـ.ق حجارى شدهٔ ابوالقاسم احمد بن على بن احمد العلوى الحسيني امر به عمارة مشهد رضوى داده است (نگاهى به موزهٔ مرکزي، سيدعلى اردلان جوان، جهان اينانلو، ادارهٔ موزه‌ها آستان قدس رضوي، مشهد ۱۳۷۱ ص ۸). اگر مراد از مشهد رضوي بقعه و حرم مطهر امام باشد، منطقى به‌نظر مى‌رسد در آن سال که بقعه‌اى بر مرقد مطهر امام ساخته شده، سنگ مرقد نفيسى در شأن آن حضرت و آن بقعه حجارى و نصب شده باشد.
در فتنه‌ٔ غزها به سال ۵۴۸ هـ.ق گويا به حرم مطهر آسيبى وارد نيامده ليکن مجاورين حرم کشته و اموال آنها به غارت رفته است (عزيزالله عطاردي، همان ص ۱۰۱ به نقل از کامل‌التواريخ، ج ۱۱ ص ۱۸۱).
با ظهور خوارزمشاهيان امنيت مشهد و حرم رضوى اعاده شد و در دوران حکمفرمائى آن سلسله اقدامات عمرانى زيادى در مجموعهٔ حرم مطهر صورت گرفت از جمله: در شعبان سال ۵۹۷ هـ.ق سنگاب عظيمى با نقش و کتيبه تراشيده و تقديم حرم رضوى شد که اکنون در موزهٔ آستان قدس رضوى نگه‌دارى مى‌شود.
در سال ۶۱۲هـ.ق کتيبه‌هاى بسيار مرغوب و زيباى زرين‌فام براى اطراف ورودى و ازاره‌هاى حرم مطهر ساخته شدند که به کاشى سنجري شهرت دارند و برخى به غلط آنها را به سلطان سنجر سلجوقى نسبت مى‌دهند حال اينکه سنجر يکى از القاب سلطان محمد خوارزمشاه نيز بوده است (شهاب‌الدين نسوي، سيرت جلال‌الدين منکبرني، شرکت انتشارات علمى و فرهنگى تهران ۱۳۶۵ صص ۲۸۱، ۳۸).
در همان سال (۶۱۲ هـ.ق) دو محراب کاشى زرين‌فام ساخته و بر دو طرف ورودى حرم شر يف نصب گرديد که هم‌اکنون هر دو موزهٔ آستان قدس منتقل شده است. چنين به‌نظر مى‌رسد که حرم رضوى در يورش مغولان آسيب نديده چون بسيارى از آثار پيش از عهد مغول همچون سنگ مرقد مطهر امام (ع)، سنگاب خوارزمشاهي، کاشى‌هاى معروف به سنجري، مسجد بالاى سر و نيز بناى اصلى و مرکزى حرم مطهر باقى مانده که به زمان حال نيز رسيده است، گذشته از آن تاريخ گواهى مى‌دهد که چنگيز مقرر کرده بود که مشهد على‌بن‌موسى‌الرضا (ع) دارالامان و مصون از تعرض باشد يا به قول روزبهان خنجي:
رأى عالى خان چنگيزى
چون درآمد به عزم خونريزى
آن‌که را بهر قتل تعيين کرد
وقت رفتن چنينش تلقين کرد
که ز نسل محمدآقا
هست آسوده سيدى آنجا
حرمت قبر او نکو داريد
اهل آن مقبره نيازاريد
تو نگه کن بزرگ چنگيزخان
مشهد شاه ساخت دار امان ٭
٭ فضل‌الله‌بن روزبهان خنجي، مهمان‌نامهٔ بخارا، تصحيح منوچهر ستوده، بنگاه ترجمه و نشر کتاب تهران، ۱۳۵۵ ص ۳۵۰
در روزگار سلطان ابوسعيد، علاءالدين محمد هندوى فريومدى (قتل ۷۳۷ هـ.ق) وزير با استقلال و صاحب ديوان خراسان در مشهد رضويه ايوان و مناره و عمارت ساخته است (دولتشاه سمرقندي، تذکرةالشعرا، به همت محمد رمضاني، کلالله خاور، تهران، ۱۳۶۶ ص ۲۰۶). که شايد ابن‌بطوطه در سال ۷۳۳ هـ.ق آنها را هم ديده و حرم مطهر را اين‌گونه توصيف کرده است: مشهد امام رضا (ع) قبهٔ بزرگى دارد، قبر امام در داخل زاويه‌اى است که مدرسه و مسجدى در کنار آن وجود دارد و اين عمارت‌ها همه به سبکى بسيار زيبا و مليح ساخته شده و ديوارهاى آن کاشى است. روى قبر ضريحى قرار دارد که سطح آن را با صفحات نقره پوشانيده‌اند، از سقف مقبره قندى‌هاى نقره آويزان است، آستانِ درِ قبه هم از نقره است و پردهٔ ابريشم زردوزى از در آويخته. داخل بقعه با فرش‌هاى گوناگون مفروش گرديده، روبه‌روى امام قبر اميرالمؤمنين هارون‌الرشيد واقع شده که آن هم ضريحى دارد و شمعدان‌ها روى قبر گذاشته‌اند و مردم مغرب، گو روى را به علامت شمعدان‌ها که دارا باز مى‌شناسند، هنگامى که رافضيان وارد بقعه مى‌شوند قبر هارون را به لگد مى‌زنند و به امام رضا سلام مى‌فرستند (ابن‌بطوطه، سفرنامه، ج ۲ ترجمهٔ دکتر محمدعلى موحد، مرکز انتشارات علمى و فرهنگي، تهران ۱۳۶۱ ص ۴۴۱).
تيمور لنگ نيز که کشور گشائى‌هاى خود را در نيمهٔ دوم سدهٔ هشتم هجرى آغاز کرد، به مشهد على‌بن‌موسى‌الرضا (ع) و حرم مطهر آسيبى نرسانيد و کلاويخوى اسپانيائى که در سال ۸۰۷ هـ / ۱۴۰۴ م (سال مرگ تيمور) از مشهد و حرم امام (ع) ديدن کرده، آن را شهر عمدهٔ زيارتى ديده که سالانه گروه بى‌شمارى به زيارت آن مى‌آمده‌اند. او دربارهٔ مدفن امام (ع) گفته است: وى در مسجدى بزرگ و در تابوتى که در نقره و طلا گرفته شده مدفون است ٭.
٭ گنزالز کلاويخو، سفرنامهٔ کلايخو، ترجمهٔ مسعود رجب‌نيا، شرکت انتشارات علمى و فرهنگى تهران، ۱۳۶۶ ص ۱۹۲ (اشاره کلاويخو به تابوت احتمالاً همان ضريح چوبى است که ابن‌بطوطه آن را توصيف کرده است)
بعد از مرگ تيمور، شاهرخ بر خراسان حاکم شد و حرم امام رضا (ع) رو به آبادانى گذاشت.
شاهرخ که در سال ۸۲۱ هـ.ق براى بازديد از بناى مسجد گوهرشاد به مشهد آمد قنديلى به وزن سه هزار مثقال از طلا وقف حرم کرد و گوهرشاد همسر نيکوکار شاهرخ علاوه به مسجد مذکور که در جنب حرم ساخت دو تالار مجلل و بزرگ، دارالحفاظ و دارالسياده را در جنوب و مغرب مقبرهٔ امام (ع) احداث نمود، مدرسهٔ بالاى سردر جنب دارالسياده نيز در همان عصر تيموريان ساخته شد که ابوالقاسم بابر در آن مدفون گرديد (فصيح احمدبن جلال‌الدين محمد خوافي، مجمل فصيحي، ج ۳، به تصحيح و تحشيهٔ محمود فرخ کتاب‌فروشى باستان، مشهد، ۱۳۳۹).
اميرعليشير نوائى نديم سلطان حسين بايقرا صحن حرم مطهر را گسترش داد و ايوان ورودى صحن به حرم را ساخت (اسکندر بيک ترکمان، تاريخ عالم آراى عباسي، به کوشش ايرج افشار اميرکبير تهران، ۱۳۳۵ ص ۱۱۱۰).
با ظهور دولت صفوى حرم رضوى به مکانى بسيار مهمتر از آنچه بود بدل شد، شاه‌اسماعيل و شاه‌طهماسب اعانات و موقوفات زيادى بر حرم وقف کردند، از کارهاى بارز شاه‌طهماسب صفوى (۹۳۰ تا ۹۴۸ هـ.ق) طلاکارى رويهٔ گنبد حرم مطهر بود (تاريخ عباسى - روزنامهٔ ملاجلال منجم، به کوشش سيف‌الله وحيدنيا، وحيد تهران ۱۳۶۶ ص ۲۱۸).
در سال ۹۹۷ هـ.ق عبدالمؤمن خان ازبک بزرگترين صدمه را به حرم مطهر وارد آورد و سپاهيان متعصب ازبک تقريباً همهٔ اموال حرم را غارت کردند.