رهبرى جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو را هاشم سلامت ببر عهده دارد. وى قبلاً قائم‌مقام نورميسواري بود و در سال ۱۹۷۹ از جبهه آزادى‌بخش ملى مورو انشعاب کرد و جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو را بنا نهاد.


جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو على‌رغم جبهه آزادى‌بخش ملى مورو که خواهان استقلال و انفکاک جزاير جنوبى است، مى‌خواهد به مسلمانان جنوب فيليپين خودمختارى در حد توافقنامه ۱۹۷۶ تريپولى اعطاء شود.


اين جبهه به دنبال مذاکراتى که با دولت انجام داد، با کسب امتيازاتى از دولت در سال ۱۹۷۹ و پيروان او اسلحه‌هاى خود را تسليم نيروهاى دولتى نمودند.


عدم توفيق موافقتنامه صلح ۱۹۹۶ بين دولت و جبهه آزادى‌بخش ملى مورو در بهبود وضعيت مسلمانان ميندانائو، ادامه ناامنى و وضعيت نامطلوب سياسي، امنيتى و اجتماعى اين منطقه و بى‌کفايت جلوه‌گر شدن ميسوارى و اطرافيان وى همگى موجب تقويت نفوذ و موقعيت جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو در بين مسلمان ميندانائو گرديد.


رهبران اين جبهه صريحاً خواستار الگوبردارى از تيمور شرقى و استقلال ميندانائو مى‌باشند که مسئولين دولتى نيز بر غيرممکن بودن تجزيه حاکميت و وحدت ارضى کشور تأکيد نموده‌اند.


يکى از محورهاى مهم اولويت دولت جديد خانم آرويو، برقرارى صلح و آرامش در ميندانائو و ححصول توافق صلح با جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو و گسترش رشد و توسعه در اين منطقه اعلام شده است. در اين راستا، خانم آرويو سه عضو مهم کابينه از جمله معاون رئيس‌جمهور و وزير خارجه را از ميندانائو و وزير امور عامه وى نيز يک مسلمان است. اگرچه درگيرى‌هائى بين نيروهاى جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو و دولت فيليپين وجود دارد ولى هر دوطرف در تلاش براى دستيابى به صلح و توسعه مصمم هستند.


جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو و شوراى ۱۵ نفره جبهه آزادى‌بخش ملى مورو در آگوست سال ۲۰۰۱ موافقت‌نامه اتحاد امضاء نمودند. اين موافقتنامه در مالزى و با حضور وزير دفاع مالزى انجام شد. مع‌ذالک مقامات دو جبهه تأکيد کردند که امضاء اين موافقتنامه باعث يکى شدن دو جبهه نخواهد شد و هويت مستقل آنها را حفظ کرد و هدف از امضاء آن دستيابى به صلح وحدت، آزادي، حق تعيين سرنوشت و پيشرفت مسلمانان جنوب فيليپين مى‌باشد.


همچنين جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو در اکتبر سال ۲۰۰۱ موافقتنامه اتحادى را با مگين دانائو جناح طرفدار ميسوارى امضاء نمود. مقامات اين جبهه اعدام نمودند که منظور از اين موافقتنامه، ادغام اين دو گروه نيست بلکه هدف آن همکارى در مسائل اجتماعى مردم مسلمان فيليپين و تعهد به استفاده از راه‌هاى مسالمت‌آميز براى پيشبرد صلح و توسعه در جنوب فيليپين مى‌باشد.


تحولات اخير باعث گرديده است که موقعيت جبهه آزادى‌بخش اسلامى مورو به‌عنوان مهم‌ترين گروه مسلح و ذى‌نفوذ در بين مسلمانان ميندانائو و دولت فيليپين تقويت کردند.