کرکازون آکينو به‌عنوان رئيس‌جمهور فيليپين در ۲۵ فوريه ۱۹۸۶ رسماً کار خود را آغاز کرد. در ميان کسانى که در کابينهٔ او تعيين شدند انريل پست وزارت دفاع ملى را حفظ نمود و راموس به‌عنوان رئيس ستاد نيروهاى مسلح جانشين ور شد.


پيوستگى سياست اقتصادى بين دولت مارکوس و دولت جديد آکينو از طريق خوزه فرناندز که مدير بانک مرکزى و جيم اونگپين - Jaime Ongpin که وزير جديد امور مالى و دارائى بود محقق مى‌گرديد. دو وکميسيون جديد تحت عنوان کميسيون رياست‌جمهورى براى دولت کارآمد که کار طاقت‌فرساى احياء ثروت‌هاى نامشروع مارکوس را به‌عهده داشت و کميسيون رياست‌جمهورى براى حقوق بشر که براى تحقيق در مورد اتهامات نقض حقوق بشر در دوران رژيم مارکوس و درخواست غرامت براى قربانيان بود، تشکيل گرديد.


در اوايل آغاز به‌کار آکينو بيش از ۵۰۰ زندانى سياسى آزاد شدند، سانسور رسانه‌ها از ميان برداشته شد و فرماندهان سالخوردهٔ نظامى هوادار مارکوس بازنشسته شدند. به هرحال اين نگرانى وجود داشت که قدرت آکينو عملاً به ديکتاتورى منجر شود. چرا که وى در ماه مارس ۱۹۸۶ به‌نام قانون اساسي، موقتاً مجلس را منحل کرد و در همان زمان خواستار استعفاى چند قاضى عالى دادگاه شد و چند مقام مجلس را منحل کرد و در همان زمان خواستار استعفاء چند قاضى على دادگاه شد و چند مقام محلى را نيز بر کنار نمود.


در پايان ماه مى کميسيون قانون اساسى که داراى ۵۰ عضو بود تشکيل جلسه داد. يک قانون اساسى جديد در اوايل سپتامبر به دولت ارائه شد و توسط کابينهٔ آکينو در ۱۲ اکتبر به تائيد رسيد.


در اواسط ۱۹۸۶ دولت جديد همچنان منتظر نتايج مذاکرات خود با مؤسسات وام‌دهنده بود و هيچ اقدام اقتصادى به‌عمل نيامد. همچنين در رابطه با توانائى رئيس‌جمهور براى ايجاد سياست منسجم و منطقى از ميان نظرات کاملاً مختلفى که در کابينهٔ او ارائه مى‌گرديد، ترديدهائى وجود داشت. شورش‌هاى غير نظامى يک مشکل جدى به‌شمار مى‌آمد و ناآرامى‌هاى خيابانى که توسط هواداران مارکوس انجام مى‌‌شد غالباً به دخالت نظامى توسط مقامات احتياج داشت. مارکوس به‌وسيلهٔ تلفن از پايگاهش در هاوائي، جائى‌که او عمليات ضد آکينوئى را هدايت مى‌کرد، به‌طور روزانه با طرفداران خود در مانيل ارتباط داشت. پيوسته شايعاتى دربارهٔ قريب‌الوقوع بودن کودتاى سياسى و نظامى وجود داشت.


در ژوئن ۱۹۸۶ آکينو آغاز مذاکرات رسمى با جبههٔ غير قانونى دموکراتيک ملى را اعلام کرد که هدف آن ايجاد توافق براى آتش‌بس موقت سبب شد تا در حالى‌که آکينو در خارج از کشور به‌سر مى‌برد، انريل و راموس دوباره حملات نيروهاى دولتى عليه کمونيست‌ها را از سر بگيرند. در بازگشت، او تحت فشار شديدى از سوى اعضاء کابينه و نيروهاى نظامى به‌ويژه از سوى انريل و راموس براى اتخاذ يک موضع محکم‌تر قرار گرفت. در نوامبر موافقت شد که يک آتش‌بس ۶۰ روزه از تاريخ ۱۰ دسامبر آغاز شود ولى گرايش بدبينانه نيروهاى نظامى و جبههٔ دموکراتيک ملي، اقدامات صلح را به‌سرنوشت بدى دچار نمود و آتش‌بس از ميان رفت.


به‌علاوه دولت جديد به‌دنبال پايان جنگ ۱۶ سالهٔ جدائى‌طلبان بود که توسط جبههٔ آزاديبخش ملى مورو در جنوب فيليپين هدايت مى‌شد. در آگوست ۱۹۸۶ آگاپتيو آکينو برادر همسر رئيس‌جمهور و نور ميسواري رئيس جبههٔ آزاديبخش ملى مورو در عربستان سعودى ديدار کردند و در نتيجه حکومت آکينو موافقت نمود تا به چهار استان مسلمان‌نشين در جزيرهٔ ميندانائو خودمختارى اعطاء نمايد. يک ماه بعد ميسواري به فيليپين بازگشت و با ترک مخاصمه موافقت نمود و اين اقدامات توسط گروه ديگرى از جدائى‌طلبان مسلمان مورد حمله قرار گرفت، جبههٔ آزاديبخش اسلامى مورو (MILF) که در مذاکرات مورد توجه قرار نگرفته بود ادعاى بيشترى نسبت به جبههٔ آزاديبخش ملى مورو داشت و لذا هيچ توافقى به‌دست نيامد.


در ژولاى ۱۹۸۶ هنگامى‌که آکينو از ميندانائو ديدار مى‌کرد آرتورو تولنتينو - Arturo Tolentino کانديداى معاون رياست‌جمهورى مارکوس در انتخابات از محل هتل مانيل که توسط ۳۰۰ سرباز شورشى تصرف شده بود، خود را کفيل رياست‌جمهورى اعلام کرد. او ادعا کرد که بر اساس رهنمودهاى مارکوس عمل خواهد کرد و کابينه‌اى را تعيين نمود که انريل وزير دفاع ملى دولت آکينو نيز عضو آن بود. بلافاصله انريل خود را از شورشيان جدا نمود و به‌سربازان دستور داد که به آکينو وفادار بمانند و هتل را محاصره کنند.


اواسط ماه اکتبر ۱۹۸۶ انريل و لورل با حمايت راموس به برگزارى يک انتخابات رياست‌جمهورى جديد و به‌کارگيرى سياست سختگيرانه‌ترى اصرار نمودند. در اوايل نوامبر به‌دنبال ظهور او در يک فراخوانى ضد آکينو شايعاتى دربارهٔ يک کودتاى قريب‌الوقوع به‌وسيلهٔ انريل و هواداران نظامى‌ او پخش گرديد. تنش‌ها با ترور رونالدو الاليا - Ronaldo Olalia رقيب سرشناس انريل افزايش يافت. بازپرسى‌هاى پس از آن، اتهام را متوجه فرماندهان نزديک به انريل نمود. در شب ۲۲ و ۲۳ نوامبر يک شورش بدون هماهنگى توسط فرماندهان در چند پايگاه نظامى رخ داد. آکينو به‌طور سريع واکنش نشان داد و انريل را از وزارت دفاع ملى برکنار کرد و از بقيه کابينه خواست که استعفاء دهند. در اواخر نوامبر و اوايل دسامبر چند انتصاب وزارتى جديد، با هدف از بين بردن فسادهاى مالى صورت گرفت.


قانون اساسى جديد توسط کابينهٔ آکينو در اکتبر ۱۹۸۶ تائيد شد و در ۲ فوريه ۱۹۸۷ به همه‌پرسى ملى گذاشته شد. در اصل اين قانون، فيليپين را به شکل سال‌هاى ۱۹۳۵ تا ۱۹۷۳ بازگرداند. مدلى آمريکائى با دو مجلس و رئيس‌جمهور با نقش اجرائى که مجلس داراى ۲۰۰ عضو بود و مستقيماً توسط مردم انتخاب مى‌شدند و ۵۰ نفر از آنها منصوب شدگان رئيس‌جمهور بودند که از ليست احزاب و گروه‌هاى قانونى و اقليت‌هاى قومى انتخاب مى‌شدند. مجلس سنا ۲۴ کرسى داشت و مستقيماً در انتخابات ملى انتخاب مى‌شدند.


قانون اساسى جديد، ادامه کار کميسيون رياست‌جمهورى براى دولت کارآمد که با هدف احياء حجم عظيمى از ثروت مخفى مارکوس تشکيل شده بود را تمديد نمود. همچنين مقرر شد که آکينو و معاون خود سالوادور لورل تا ۳۰ ژوئن ۱۹۹۲ کشور را داره کنند و روساى جمهور بعدى نيز به مدت شش سال خدمت نمايند.


قانون‌اساسى جديد به رئيس‌جمهور اختيار مى‌داد که در زمان‌هاى اضطرارى حکومت نظامى اعلام نمايد. همچنين اين قانون تصريح مى‌کند که هيچ نوع سلاح‌هاى اتمى در فيليپين نبايد به‌کار گرفته شود، لذا اين مسئله حضور و آيندهٔ پايگاه‌‌هاى نظامى آمريکا را تهديد مى‌کند.