در مارس ۱۵۲۱ گروهى از گردشگران اسپانيائى به رهبرى دريانورد پرتقالى فرديناند ماژلان که با کشتى از اسپانيا در سپتامبر ۱۵۱۹ به‌دنبال جزاير ادويه به‌راه افتاده بود در سامار واقع در بخش مرکزى مجمع‌الجزاير فيليپين لنگر انداخت. در آوريل ۱۵۶۵ اولين مستعمرهٔ اسپانيائى در جزيرهٔ سبو توسط لوپز گلاسپي تأسيس شد. در اوايل دههٔ ۱۵۷۰، سلطهٔ اسپانيا بر سبو، ليت، پاناي، ميندرو و لوزان مرکزي گسترش يافت. شکل جغرافيائى بى‌نهايت پراکنده فيليپين و سازمان سياسى بومى آن زمان، مقاومت هماهنگ و عظيم را غيرممکن ساخته بود، لذا صلاحيت و اقتدار سياسى در بارانگاي متمرکز شده بود که عبارت بود از يک اجتماع خويشاوندى که شامل ۳۰ تا ۱۰۰ خانواده بود. اين اجتماعات اغلب با يکديگر در جنگ بودند و هيچ سازمان دولتى ملى از اين جنگ‌ها به‌وجود نيامد.



هدف اصلى حاکميت اسپانيا بر فيليپين نوگرائى مذهبى بود. براى همين اسپانيا نفوذ زيادى در جمعيت بومى نمود، گرچه مردم انيميست - Animist شمال لوزان و به‌ويژه مسلمانان ميندانائو و سولو به‌طور مؤثرى با کاتوليک رومى مخالفت نمودند. حتى در بخش‌هائى که نوآورى دينى اتفاق افتاده بود، عقايد انيميست بدون هيچ مقاومتى از بين رفت. حاکميت اسپانيا عمدتاً به‌وسيله تجارت کشتى‌هاى بادبانى صورت مى‌گرفت، به‌طورى که نقره و شمش طلا از آکاپولکو - مکزيک براى مبادله با ابريشم، چيني، برنز و پشم به مانيل آورده مى‌شد. اسپانيائى‌ها براى بهره‌بردارى از منابع اقتصادى مجمع‌الجزاير تلاش کمى داشتند و به‌وسيله ايجاد محدوديت و انحصار تا آغاز قرن ۱۹ از استثمار اروپائيان ديگر جلوگيرى نمودند.


در سال ۱۸۳۴ بندر مانيل بدون محدوديت بازرگانى و بدون توجه به مليتى خاص بازگشائى شد. بين سال‌هاى ۱۸۵۵ تا ۱۸۷۳ شش بندر استانى از جمله ايلوايلو و سبو نيز باز شدند و اسپانيائى‌ها به‌ساير کشورهاى اروپائى ديگر اجازه دادند مه در کشاورزى و توليد صنعتى جزاير وارد شوند. با اين اقدامات توليد و صادرات محصولاتى همچون شکر، نارگيل، حشيش مانيلى (آباکا) و تنباکو به‌‌وجود آمد که اساس اقتصادى سلطهٔ استعمارى در دهه‌هاى بعد و دوران بعد از استقلال قرار گرفت.


اين تغييرات اقتصادى پيامدهاى مهمى در دو زمينه اجتماعى و سياسى داشت. افزايش در توليدات کشاورزى از اواسط قرن نوزدهم به‌ بعد استقرار طبقهٔ بازرگانان چينى در منطقه را تشويق نمود. پس از گذشت زمان يک مستيزو يا نظام طبقاتى تخصصى از پسران پدرهاى چينى و مادرهازى محلى مانند کاتوليک‌هاى رومى و بومى‌ها به‌وجود آورد. مستيزوها ثروت و نفوذ خود را از مالکيت زمين به‌دست آوردند و غالباً فرزندان خود که با نام ايلاسترادوع - روشنفکرها شناخته مى‌شدند را به دانشگاه‌هاى مانيل و اروپا مى‌فرستادند. اين روشنفکرها کانال‌هاى فرهنگ اسپانيائى و تفکر ليبرالى در فيليپين بودند. با پايان قرن نوزدهم آن‌ها همچنين با سرکوب و انحصار سلطهٔ اسپانيا در جزاير به مبارزه پرداختند. چنانچه در نوشته‌هاى دکتر خوزه ريزال در سال (۹۶-۱۸۶۱) شرح داده شده است، روشنفکران از طريق تبليغات به‌دنبال اصلاحات بودند اما توده روستائى و شهرى فيليپينى‌ها که به‌دليل نبودن زمين، دستمزدهاى کارگرى استثمارى و بيکارى ضعيف شده بودند به‌سمت طغيان عليه قدرت استعمارى به‌حرکت در آمدند.


انقلاب فيليپين در اواخر آگوست ۱۸۹۶ شعله‌ور شد و به‌وسيلهٔ انجمن مخفى کاتى‌پونان - انجمن فرزندان مردم تحت رهبرى آندرس بونيفاشيو) که در تندو محلهٔ فقيرنشين مانيل به‌دنيا آمده بود، آغاز شد. گرچه ريزال نقشى در انقلاب نداشت ولى اسپانيائى‌ها به‌دنبال او بودند و به اتهام شورش و راه‌انداختن انجمن غير قانونى او را دستگير نمودند و در ۳۰ دسامبر ۱۸۹۶ اعدام شد. مرگ ريزال يک جوشش و شور انقلابى به‌وجود آورد. مهم‌ترين موفقيت نظامى عمده عليه اسپانيائى‌ها در استان کاويت در جنوب مانيل تحت رهبرى اميليو آگوينالدو شهردار شهر کاويت به‌دست آمد.


در اواخر آوريل ۱۸۹۸ آمريکا به‌دليل غرق شدن کشتى يواس‌اس مين - Uss Maine در بندرى در هاوانا در کوبا به اسپانيا اعلان جنگ داد. به‌دنبال آن اسکادران آسيائى ايالات متحده وارد خليج مانيل شد و ناوگان اسپانيا را درهم شکست. آگوينالدو با تشويق و کمک آمريکا به فيليپين بازگشت و حکومت را به‌دست گرفت. در ۱۴ آگوست ۱۸۹۸ اسپانيا تسليم شد و در دسامبر همان سال اسپانيا، فيليپين را در برابر پرداخت ۲۰ ميليون دلار و طى معاهدهٔ پاريس به ايالات متحدهٔ آمريکا واگذار نمود.


در حالى‌که اسپانيائى‌ها، فيليپينى‌ها را حتى از فکر پيشرفت سياسى محروم کرده بودند، دولت جديد آمريکا به‌سرعت به‌سمت ايجاد پست‌هاى سياسى و بوروکراتيک که براى فيليپينى‌‌ها دست‌يافتنى باشد حرکت کرد. انتخابات شهردارى‌ها در سال ۱۹۰۱ برگزار شد و انتخابات حکومتى استان‌ها در سال ۱۹۰۲ برگزار گرديد. انتخابات مجلس عوام در سال ۱۹۰۷ و انتخابات مجلس نمايندگان نيز در سال ۱۹۱۶ برگزار شد. در سال ۱۹۰۳ فيليپينى‌ها ۴۹ درصد از پست‌هاى بوروکراتيک را اگرچه عمدتاً در سطح‌هاى پائين بود، اشغال کردند. در سال ۱۹۱۳، اين رقم به ۷۱ درصد رسيد و درسال ۱۹۲۳ عملاً تمام حکومت مستعمره (از کارمندان تا وزراى کابينه) توسط فيليپينى‌ها اداره مى‌شد.


به‌محض اين‌که رهبرى انقلاب دراوايل سال ۱۸۹۷ با زحمت فراوان آزاد شد ايلوسترادوها شروع به همکارى نزديکى با قدرت جديد استعمارى نمودند و در مقابل ايالات متحده آمريکا نيز سلطهٔ ايلوسترادوها را به‌شدت تقويت مى‌کرد. سياست آموزش مستعمره که گسترش فرصت آموزشى در مجمع‌الجزاير مشخصه اصلى آن بود، وضعيت ايلوسترادوها و حاميان آمريکائى آن‌ها را تقويت مى‌نمود. به‌کارگيرى زبان انگليسى به‌عنوان وسيلهٔ آموزش در مدارس و معرفى شيوهٔ آمريکائى براى آموزش در مدارس، سيل ارزش‌هاى فرهنگى آمريکائى را به‌سوى فيليپين سرازير کرد که هويت عميقاً بومى را که حيات‌بخش توده‌هاى فيليپينى در مدت انقلاب و مخالفت با اشغال آمريکائى‌ها بود را، نابود کرد. سياست‌هاى فيليپين در دوران حکومت آمريکائى‌ها توسط حزب ناسيوناليست که در ابتدا سرجيو اسمنا - Osmena آن را رهبرى مى‌کرد و پس از او نيز مانوئل کوئيزون رهبرى آن را به‌عهده داشت، صورت مى‌پذيرفت. خواست عامهٔ مردم از رهبران ناسيوناليست، استقلال تمام و کامل و سريع بود، اما ناسيوناليست‌ها به‌‌خوبى مى‌دانستند که تمام قدرت و موقعيت ممتاز خود را مرهون روابط خود با ايالات متحده آمريکا هستند. همچنان که رفاه و رونق جزاير به‌طور فزاينده‌اى وابسته به‌ ورود آزاد محصولات کشاورزى فيليپين به‌بازار ايالات متحده بود.


در بين سال‌هاى ۱۹۲۰ تا ۱۹۳۰ سوءِ استفاده‌ها و بى‌عدالتى‌ها در بخش مالکان زمين باعث بروز شورش زارعان شد که به‌دنبال آن پيدايش اتحاديه‌هاى بزرگ زارعان به‌ويژه در لوزان مرکزي گرديد. به‌دنبال آن حزب کمونيست فيليپين در سال ۱۹۳۰ توسط ساکدال، با جنبش سرزنش که در برابر توزيع نابرابر ثروت، ماليات‌هاى بيش‌ از حد و زميندارى کليساى کاتوليک مبارزه مى‌کردند و خواستار استقلال کامل و فورى بودند، تأسيس گرديد. در اوايل مى ۱۹۳۵ ساکداليست‌ها از روستائيان ناراضى در ايالت‌هاى اطراف مانيل جدا شده و شورش‌هائى را آغاز کردند اما به‌سرعت سرکوب شدند.


رئيس‌جمهور کويزون، با معرفى برنامه عدالت اجتماعي، به نا‌آرامى رو به‌رشد مربوط به مالکيت ارضى پايان داد. اين برنامه بيشتر يک قانون مجلس بود که حقوقى را براى کارگران بخش کشاورزى و صنعتى پايه‌ريزى مى‌کرد و قراردادهاى مکتوب بين مالکان زمين و مستأجرين را به‌وجود مى‌آورد.


با شروع جنگ جهانى دوم، در دسامبر ۱۹۴۱ نيروهاى ژاپنى در فيليپين پياده شدند و مانيل در اوايل ژانويه ۱۹۴۲ به اشغال ژاپنى‌ها در آمد. به‌جز کويزون که به استراليا فرار کرد، نخبگان بروکراتيک و سياسى عمدتاً در مدت اشغال سالم باقى ماندند. در ۱۴ اکتبر ۱۹۴۳ ژاپنى‌ها اعلام نمودند که فيليپين يک جمهورى مستقلى در داخل قلمرو يزرگ مشترک‌المنافع شرق آسيا مى‌باشد. رئيس‌جمهور جديد اين جمهورى خوزه لوران بود. اشغال ژاپن بدون تنش و درگيرى باقى نماند. ارتش مردمى مبارزه با ژاپن در مارس ۱۹۴۲ تشکيل گرديد و نيروهاى خود را به‌خصوص از جنبش زراعى نظامى که به انقلاب نزديک بودند سازماندهى مى‌کرد. در اکتبر ۱۹۴۴ نيروهاى آمريکائى تحت امر ژنرال داگلاس مک‌آرتور در جزيرهٔ ليت پياده شده و سربازان آمريکائى در اوايل فوريه ۱۹۴۵ وارد مانيل شدند. در بعضى از مناطق نظاميان آمريکائى توسط گروه‌‌هاى چريکى تحت رهبرى فرمانده پيشين نيروهاى مسلح در خاور دور و نيروهاى محلى به پيشرفت‌هائى دست يافتند.