به رغم تحميل يک دولت موقت بعد از مرگ ضياءالحق قرار شد انتخابات عمومى در نوامبر ۱۹۸۸ مطابق برنامه برگزار شود. در انتخابات مجلس ملى حزب مردم پاکستان ۹۳ کرسى از ۲۰۷ کرسى را به‌دست آورد و تنها حزبى بود که کرسى‌هاى لازم را در هر چهار ايالت پاکستان به‌دست آورد. اتحاد دمکراتيک اسلامى ((Islamic Democratic Alliance (IDA) يک گروه از احزاب اسلامى و جناح راست (شامل مسلم ليگ پاکستان) ۵۴ کرسى را به‌دست آوردند، باقى‌مانده ۵۸ کرسى (انتخابات در دو حوزهٔ انتخاباتى به علت مرگ کانديداها عقب افتاد) به کانديداهاى مستقل و نماينده هفت حزب کوچکتر داده شد. حزب مردم پاکستان در انتخابات مجالس ايالتى که سه روز بعد برگزار شد، حمايت زيادى را کسب نکرد. حزب مردم پاکستان قادر بود تا دولت ائتلافى را در ايالت سند و ايالت سرحد شمالى غربى تشکيل دهد، اما اتحاد دمکراتيک اسلامى در ايالت پنجاب که پرجمعيت‌ترين ايالت مى‌باشد قدرت را به‌دست گرفت. در سطح فدرال يک دولت ائتلافى به‌وسيله حزب مردم پاکستان و نهضت قومى مهاجر تشکيل شد که اکثريت را در مجلس ملى دارا بودند (حزب نهضت قومى مهاجر ۱۴ کرسى داست).


بى‌نظير بوتر رهبر حزب مردم پاکستان در اول دسامبر ۱۹۸۸ به عنوان نخست وزير منصوب شد، وى اولين رهبر زن يک کشور مسلمان بود. او در رشته علوم سياسى در دانشگاه‌هاى انگلستان و آمريکا تحصيل کرده است. دولت موقت در همان روز لغو شد. يک کابينه تشکيل شد و سپس در همان ماه دسامبر يک کالج انتخاباتى (شامل سنا، مجلس ملى و چهار مجلس ايالتي) غلام اسحاق خان را به عنوان رئيس جمهور انتخاب کردند.


بى‌نظير بوتر در اوايل ۱۹۸۹ تلاش کرد تا متمم هشتم قانون اساسى را لغو کند اما موفق نشد. پس از مدت کوتاهى ائتلاف شکننده‌اى که حزب مردم پاکستان در مجالس ايالتى تشکيل داد، تحت فشار قرار گرفت. در اواخر آوريل دولت ائتلافى که به‌وسيله حزب مردم پاکستان و حزب عواملى ملى در ايالت سرحد شمالى غربى تشکيل شده بود، به‌دنبال استعفاءِ پنج وزير ايالتى حزب عواملى ملى سقوط کرد. در مه ائتلاف با نهضت قومى مهاجر سند به‌دنبال استعفاءِ سه وزير نهضت انجام شد. در همان ماه مخالفان با تشکيل گروه پارلمانى غير رسمى تقويت شدند. اين گروه يا حزب متشکل از مخالفان ((Combined Opposition Party (COP) از اتحاد دمکراتيک اسلامي، حزب عوامى ملي، جماعت علماى اسلامJamiat-e-((Ulema-e Islam (JUI و اتحاد عواملى پاکستان (Pakistan Awami Ittehad) تشکيل شده بود. در اکتبر دولت شديدترين ضربه را متحمل شد، هنگامى‌که نهضت قومى مهاجر حمايت پارلمانى خودش را از حزب مردم پاکستان قطع نمود و از مخالفان حمايت اين حزب ادعا نمود که حزب مردم پاکستان مطابق توافق‌نامه اصلى بين دو حزب عمل ننموده است.


در نوامبر ۱۹۸۹ پيشنهاد رأى عدم اعتماد در مجلس ملى بر عليه دولت از طرف مخالفان به‌عمل آمد، ولى شکست خورد. در ژانويه ۱۹۹۰ مخالفان يک تظاهرات را بر عليه دولت سازماندهى کردند. آنها دولت را به فساد، رشوه‌خوارى و سوء مديريت متهم نمودند. تظاهرات و خشونت‌ها بين طرفداران حزب مردم پاکستان و نهضت قومى مهاجر در ايالت سند به اوج خود رسيد. در ماه مه حدود صد نفر در طى برخوردهاى خشونت‌آميز بين پليس و تظاهرکنندگان در منطقه کشته شدند. تظاهرات با کمک نيروهاى ارتش در ايالت سند موقتاً آرام شد.


تا نيمه ۱۹۹۰ محبوبيت دولت حزب مردم پاکستان به‌طور قابل توجهى روبه کاهش گذاشت. وضعيت اقتصادى بدتر شد و ادعاهاى زيادى در مورد فساد مقامات عالى وجود داشت. در ۶ اوت رئيس جمهور بر طبق قانون اساسي، مجلس ملى را منحل کرد، نخست وزير و کابينه‌اش را بر کنار کرد و يک دولت موقت را بر سر کار آورد. او همچنين اعلام کرد انتخابات عمومى در اواخر اکتبر برگزار مى‌شود. رئيس جمهور دولت برکنار شده را به نقض قانون اساسي، فساد، انتصاب اقوام در مشاغل ادارى و بى‌کفايتى متهم نمود. غلام مصطفى جاتوئي، مجلس ايالتى نيز منحل شد و سروزيران منصوب شدند. بى‌نظير بوتر ادعا کرد که برکنارى وى پايان اوت چند وزير سابق دولت بى‌نظير بوتر دستگير شدند و در اوايل سپتامبر بى‌نظير نيز به بيش از ۱۰ اتهام فساد و سوء استفاده از قدرت متهم شد. در اوايل اکتبر همسر بى‌نظير بوتر به اتهام اخاذي، آدم دزدى و اقدامات غير قانونى مالى دستگير شد.


در انتخابات عمومى که مطابق برنامه در ۲۴ اکتبر ۱۹۹۰ برگزار شد، اتحاد دمکراتيک اسلامى نمايندگان خود را در مجلس ملى دو برابر نمود، تنها چهار کرسى از اکثريت مطلق کم داشت، اتحاد دمکراتيک مردم People,s Democratic Alliance ((PDA) (يک اتحاد انتخاباتى که از حزب مردم پاکستان و سه حزب کوچکتر تشکيل شده بود) شکست سختى را متحمل شد. در انتخابات ايالتى نيز حمايت از حزب پاکستان کاهش يافت. احزاب قومى و منطقه‌اى به توسعه نفوذ خود، به‌طور قابل‌توجهى نهضت قومى مهاجر در مناطق روستايى ايالت سند و حزب عواملى در مناطق ايالت سرحد شمال غربي، ادامه دادند.