در اواخر مارس چند روز قبل از ورود بيل کلينتون رئيس جمهور آمريکا به پاکستان مشرف اعلام کرد که انتخابات ملى بين دسامبر ۲۰۰۰ و اوت ۲۰۰۱ برگزار خواهد شد. ژنرال مشرف ادعا کرد که در نظام دولت ايالتى اصلاح شده (با تغيير سن رأى از ۲۱ سال به ۱۸ سال) قدرت از نخبگان حاکم سنتى به سطح توده منتقل مى‌شود.


در مه ۲۰۰۰ رژيم مشرف دوازده نفر از قضات دادگاه عالى پاکستان طى حکمى ضمن تأييد کودتاى نظامى در ۱۲ اکتبر اين اقدام را براى نجات پاکستان از هرج و مرج و سقوط بسيار ضرورى دانستند. اما در اقدامى غير منتظره به ژنرال مشرف سه سال مهلت دادند تا برگزارى انتخابات حکومت غير نظامى را به اين کشور بازگرداند.


در نوامبر ۲۰۰۰ دادگاهى در شهر رالپندى حکم بازداشت غير قابل ضمانت بى‌نظير بوتر رهبر حزب مردم را صادر کرد. اين حکم در ارتباط با پرونده پنهان سازى دارائى‌هاى خانم بوتر صادر شد و از دولت پاکستان خواسته شد بى‌نظير بوتر را براى دهم نوامبر ۲۰۰۰ به دادگاه احضار کند.


در ۲۳ نوامبر انور على آخوند زاده دبير کل نهضت جعفرى پاکستان در شهر پيشاور ترور شد و گروه تروريستى لشگر جهنگوى با ارسال بيانيه‌اى مسئوليت اين ترور را بر عهده گرفت.


شيعيان پاکستان به عدم دستگيرى عاملان قتل اعتراض کردند و علامه سيد ساجد نقوى رهبر نهضت جعفرى پاکستان قتل آخوند‌زاده را نشانى از شکست برنامه‌هاى دولت براى برقرارى نظم و امنيت در کشور دانست.


در ۱۰ دسامبر ۲۰۰۰ نواز شريف پس از تحمل ۱۳ ماه زندان در نهايت آزاد و بلافاصله به همراه خانواده خود به حالت تبعيد به عربستان فرستاده شد. برکنارى و بازداشت نوازشريف بازتاب دوگانه‌اى در ميان افکار عمومي، احزاب و گروه‌هاى سياسى و مذهبى پاکستان و جامعه جهانى داشت. گروهى مخالف و گروهى موافق اين اقدام بودند. انتقاد به ويژه از سوى کشورهاى غربى و برخى کشورهاى عربى که روابط نزديکى با دولت و خانواده نواز شريف داشتند، شديدتر بود. آزادى و تبعيد نوازشريف نيز بازتاب دوگانه‌اى داشت به‌صورتى‌که سبب انتقادات زياد شد. ارتشبد مشرف در يک برنامه تلويزيونى در اين خصوص توضيحاتى به مردم داد و گفت: تصميم به تبعيد نوازشريف براساس منافع ملى اتخاذ شد و اين تصميم منافع اقتصادى زيادى براى کشور خواهد داشت.


در فوريه ۲۰۰۱ سه شکايت از سوى و سيم سجاد رئيس سابق مجلس سنا، شوراى و کلا و انجمن حقوق‌دانان پاکستان به ديوان عالى اين کشور مبنى برتجديد نظر در حکم اين ديوان در تأييد کودتا ارائه شد. ديوان عالى براى رسيدگى به اين شکايت يک هيأت قضائى ۱۱ نفره به رياست ارشاد حسن خان رئيس قوه قضائيه پاکستان تشکيل داد. ديوان عالى قبلاً درخواست حزب مسلم ليگ به رهبرى نوازشريف را در اين باره رد کرده بود.


در اواخر فوريه طرح وزير کشور براى اقدام احتمالى عليه فرقه‌هاى افراطى را تصويب کرد. فرقه‌هاى افراطى با حمل و نمايش سلاح در ميان افراد جامعه ترس و وحشت ايجاد مى‌کنند و بعضى از آنها به بهانه جهاد در فعاليت‌هاى تروريستى نيز دست دارند. درمرحله نخست اين طرح، جمع آورى اعانه، کمک، حمل و نمايش سلاح توسط اين فرقه منع خواهد شد و در مرحله بعد عليه گروه‌هايى که به نام جهاد دست به فعاليت‌هاى تروريستى مى‌زنند، اقدام مى‌گردد.


ژنرال پرويز مشرف در ۲۰ ژوئن ۲۰۰۱ با اصلاح در قانون موقت اجرائى به عنوان رئيس جمهور جديد پاکستان سوگند ياد کرد. به موجب اين اصلاحيه محمد رفيق تارر رئيس جمهور اسبق در همان روز از سمت خود کناره‌گيرى کرد. ژنرال مشرف رئيس جمهور پاکستان با صدور اولين حکم خود مجلسين سنا و ملى و هر چهار مجلس ايالتى را منحل کرد. وى تا تصدى سمت رياست جمهورى چهارمين سمت کليدى و مهم کشور را نيز از آن خود ساخت. وى قبلاً مسئوليت رياست اجرائي، رئيس ستاد مشترک ارتش، ستاد نيروى زمينى کشور را بر عهده داشت. بدين ترتيب در تاريخ پاکستان وى اولين رئيس اجرائى و اولين فردى است که به‌طور همزمان چهار سمت فوق‌العاده مهم کشور را در اختيار دارد.